公共访问

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火花数据:化合物&物理化学特性

发布时间:3/28/2021分子:158809

收集复合数据,用于发布和未公布的来源的火花。数据收集主要集中在对革兰阴性细菌和抗生素靶标重合的抗生素靶标重合,与生长或生物化学抑制测定中的主要贡献相吻合。该数据集仅包括复合结构,物理化学属性和相关信息。有关火花的更多信息,请参阅 托马斯等人。 2018 ACS INF DIS 4(11):1536。可以下载火花数据 这里 只能按照这些使用 使用条款.


火花数据:MIC测定

发布时间:3/27/2021分子:24585

收集最低抑制浓度(MIC)测定数据,用于发布和未公布的来源的火花。数据收集专注于革兰氏阴性细菌。选择数据标准化并由策展人注释(策略&转换数据);未策划数据也可用(提取&上传数据)。有关火花的更多信息,请参阅 托马斯等人。 2018 ACS INF DIS 4(11):1536。可以下载火花数据 这里 只能按照这些使用 使用条款.


Spark数据:共同增加贡献

发布时间:3/26/2021分子:24090

昆士兰大学的公开抗菌药物发现(共加入)社区贡献了数据从他们的筛选计划中引发了数据。可以在其在线数据库中找到额外的筛选数据,包括非细菌靶标,细胞毒性和溶血。有关火花的更多信息,请参阅 托马斯等人。 2018 ACS INF DIS 4(11):1536。可以下载火花数据 这里 只能按照这些使用 使用条款.


火花数据:IC50测定

发布时间:3/26/2021分子:2539

从出版和未公布的来源进行生物化学抑制(IC50)测定数据被收集来自发表和未公布的来源的火花。数据收集的重点是与革兰氏阴性细菌相关的抗生素靶标。选择数据标准化并由策展人注释(策略&转换数据);未策划数据也可用(提取&上传数据)。有关火花的更多信息,请参阅 托马斯等人。 2018 ACS INF DIS 4(11):1536。可以下载火花数据 这里 只能按照这些使用 使用条款.


Spark数据:Quave Lab {Emory University}出版物

发布时间:3/26/2021分子:2208

Cassandra Quave,埃默里大学皮肤科副教授,两种出版物存入补充数据(乳酸,等,2021前药嘉11:586548和Porras等2020 ACS Chem Rev)。两种出版物对天然产物提取物和纯化化合物的抗菌活性进行了全面的审查,临床相关的细菌。有关火花的更多信息,请参阅 托马斯等人。 2018 ACS INF DIS 4(11):1536。可以下载火花数据 这里 只能按照这些使用 使用条款.


Spark数据:避孕药贡献

发布时间:3/26/2021分子:1875

Achaogen,Inc。贡献数据以引发其LPXC抑制计划。贡献的数据包括MIC,MIC50 / 90,IC50,细胞毒性,血浆蛋白结合和PK / PD测定结果。这些数据部分由国防威胁署署长,国防部,合同号HDTRA107C0079的联邦资金支持;军事医学研发计划,国防部,国防部,归属国防部W81XWH1220040;而且,国家过敏疾病研究所,国家卫生院校,卫生和人类服务部,合同号HHSN272201500009C。有关火花的更多信息,请参阅 托马斯等人。 2018 ACS INF DIS 4(11):1536。可以下载火花数据 这里 只能按照这些使用 使用条款.


Spark数据:诺华贡献

发布时间:3/26/2021分子:1727

Novartis生物医学研究所,Inc。(nibr)(nibr)将数据贡献为来自多种抗生素发现程序的火花,包括旋泻(Gyrab),脂多糖合成(LPXA,LPXD,LPXK)和综合排出面板检测已知的抗生素对来自胞生突变体菌株的抗生素大肠杆菌。贡献的数据包括MIC,50%细菌生长抑制和IC50测定结果。有关火花的更多信息,请参阅 托马斯等人。 2018 ACS INF DIS 4(11):1536。可以下载火花数据 这里 只能按照这些使用 使用条款.


火花数据:细胞内累积测定

发布时间:3/26/2021分子:464

收集细菌细胞内积累测定数据,用于来自已发表的来源的火花。数据收集专注于革兰氏阴性细菌。所有数据都由策展人标准化和注释(策略&转换数据),包括将所有数据转换为同一单元。有关火花的更多信息,请参阅 托马斯等人。 2018 ACS INF DIS 4(11):1536。可以下载火花数据 这里 只能按照这些使用 使用条款.


火花数据:默克& Kyorin Contribution

发布时间:3/26/2021分子:249

默克& Co, Inc. (MSD) &Kyorin Pharmaceutical Co.,Ltd。从他们的联合Gyrab / Parce抑制剂计划中贡献数据。贡献数据包括MIC测定结果。有关火花的更多信息,请参阅 托马斯等人。 2018 ACS INF DIS 4(11):1536。可以下载火花数据 这里 只能按照这些使用 使用条款.


Edasa Covid-19可用于合作的复合存储库

发布者:Andrea Altieri,PHD分子:2733

发布时间:5/12/2020

伊莎莎科学,一个小型Medchem组织(http://www.edasascientific.com)正在寻找Covid-19区域的生物伙伴。据牛皮章含有约2700种化合物,愿意为测试和在任何阳性结果的情况下,免费提供大量的化合物(运费是接收器的责任),准备分配化学家以优化活性化合物和进一步的进展。伊达萨愿探讨任何这些化合物的硅修饰,并合成(无充电)作为概念证据的有限数量的改性化合物。所有收到的数据或其一部分将在与科学期刊的联合提交中发表,其中>3.请注意,所有这些化合物都在内部,伊莎莎科学的专有版,我们为所有这些都制定了验证的合成协议。


covid-19 mpro活动碎片

发布者:Alex Clark分子:1003

发布时间:3/28/2020

发现与MPRO / Covid19的碎片通过钻石光源提供的晶石结构,英国国家同步射箭科学设施与Dectris合作(其探测器已被用于金刚石的所有MX实验)。有关原始数据,请参阅: //www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem/Downloads.html


perlara arkbase.

发表于:Perlstein实验室分子:56756

pi:ethan perlstein

发布时间:10/27/2019

一种完全开源的模型生物体的表型筛选数据语料库,包括酵母,蠕虫,飞行和人体细胞模型的药物重新抑制和铅发现筛选,原料的代谢误差等溶酶体疾病和先天性糖基化。这些数据已在期刊G3的三个案例研究中发表(Lao等,2019年 //www.g3journal.org/内容/ 9/2 / 413.Long)和疾病模型&机制(Iyer等,2019a //dmm.biologists.org/内容/ 2019 / 09/18 / DMM。040576.LONG.; Iyer等,2019b //dmm.biologists.org/内容/ 2019/10/19 / DMM。040584.LONG.)。


血清素受体体外和体内活动

发布者:Nichols分子:84

pi:戴夫尼科尔斯

发布时间:2019年10月14日

数据集专注于利用多巴胺或血清素作为神经递质的脑系统。这包括分子探针,其仅对五种一般类型的多巴胺受体(D1-D5)中的一种具有特异性,以及血清素5-HT1A,5-HT2A和5-HT2C受体上的数据集。这些项目包括系统结构改性,与药理测定结合,以探讨这些受体中配体结合结构域的结构决定簇。这项工作的一个主题一直是识别来自不同化学类别的分子如何容纳在同一受体结合位点内。


多发性硬化:OL差异化

发表于:Myelin维修基金会分子:710

PI:Tassie Collins

发布时间:2016/10/21/10

急性少压肾细胞分化测定O4免疫纯化的OPC在5K /孔中镀。镀后1小时,加入试验制品,将细胞孵育4天,然后固定细胞并为MBP和总核(DAPI)固定和免疫染色。通过定量MBP染色/细胞数(由DAPI核染色鉴定)测定OPC分化。化合物的筛选在2个浓度的四份(10& 2 uM; 2 & 0.4 uM; 0.4 &0.08嗯)。数据被归一化为DMSO(0%分化)和40ng / ml T3(100%分化)。 EC50相对于测试制品的EMAX确定。有关技术细节,请参阅Lariosa-Willesham,ET。 ,al,BMC Res Notes。 2016年9月5日; 9(1):419或联系方式 [电子邮件 protected] 有关详细协议。


多发性硬化:OL保护

发布者:Myelin维修基金会分子:723

PI:Tassie Collins

发布时间:2016/10/21/10

少突胶质细胞保护测定法 - 活力(TNF + IFNG)膨胀的OPC在10K /孔中镀。电镀后24小时,加入试验制品,加入1小时后,加入10U / mL IFN-Gamma / 1ng / ml TNF-α的损伤。孵育2天,加入Alamarblue并孵育四个小时。量化氟荧光以读出细胞活力。数据缩放到DMSO(0%活动)和1.1UM Quetiapine(100%活动)。有关技术细节,请参阅Rosler等。 ,al,BMC Res Notes。 2016年9月5日; 9(1):444联系方式 [电子邮件 protected] 有关详细协议。


多发性硬化症:myelinal assay

发表于:Myelin维修基金会分子:715

PI:Tassie Collins

发布时间:2016/10/21/10

从E18脑皮层中制备和覆盖来自E18脑皮层的皮质髓鞘测定细胞。四天后,媒体切换到MyM媒体。在第5天,添加试验文章,并允许髓鞘进行八天。在体外的第13天,将细胞固定并针对MBP和OLIG2进行免疫染色。通过定量MBP / olig2 +核染色和MBP形态的变化来确定髓鞘(连续MBP染色 - 纤维长度的对准)测定。通过定量MBP密度X面积/ olig2 +核来确定OL分化。用4个图像/孔的两份筛选化合物,在2个浓度下(5& 1嗯)。数据被标准化为DMSO(0%分化/髓鞘)和DAPT(100%分化/髓鞘)。 EC50S相对于响应1UM DAPT确定。有关技术细节,请参阅Lariosa-Willesham,ET。 ,al,bmc neurosci。 2016年4月22日; 17:16或联系 [电子邮件 protected] 有关详细协议。


多发性硬化症:HEK293唐尼霉素保护试验

发表于:Myelin维修基金会分子:740

PI:Tassie Collins

发布时间:2016/10/7

HEK-293保护试验

 

HEK-293细胞(10K /孔)孵育24小时,然后加入试验制品。 1小时后,加入100ng / ml毒素。孵育另外48小时后,加入阿拉莫布鲁,并在4小时后量化荧光。数据被归一化为DMSO(0%活动)和5 um guanabenz(100%活动)。 EC50相对于测试制品的EMAX确定。接触 [电子邮件 protected] 有关详细协议。


多发性硬化症:OL毒性筛选

发布者:Myelin维修基金会分子:709

PI:Tassie Collins

发布时间:2016/10/7

oligodendrocyte毒性测定(TNF + IFNG)

 

毒性测定对传代的大鼠OPCs,在10K /良好的用药物孵育2天。读数是4小时孵育后的荧光荧光。数据显示为相对于DMSO的存活百分比(100%)。最大杀灭是用5个ng / ml unicamycin,其活着留下〜15%的细胞。有关技术详细信息,请参阅Lariosa-Willesham,et。,Al,BMC Res Notes。 2016年9月5日; 9(1):419或联系方式 [电子邮件 protected] 有关详细协议。


绿色溶剂

发布者:Alex Clark Sandbox分子:117

发布时间:2016/016/2016

绿色溶剂 data, used by the eponymous mobile app (http://molmatinf.com/greensolvents.html). Compiled from information published by the ACS Green Chemical Institute and GSK Solvent Guide. Published in http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/sc3000509.


寄生虫:GSK KINETO盒子用PIC50命中

发布者:GSK Kineto Box项目(TCAK)分子:592

PI:Pilar Manzano

发布时间:2016年6月16日

Using whole-cell phenotypic assays, the GlaxoSmithKline high-throughput screening (HTS) diversity set of 1.8 million compounds was screened against the three kinetoplastids most relevant to human disease, i.e. Leishmania donovani, Trypanosoma cruzi and Trypanosoma brucei. Secondary confirmatory and orthogonal intracellular anti-parasiticidal assays were conducted, and the potential for non-specific cytotoxicity determined. Hit compounds were chemically clustered and triaged for desirable physicochemical properties. The hypothetical biological target space covered by these diversity sets was investigated through bioinformatics methodologies. Consequently, three anti-kinetoplastid chemical boxes of approximately 200 compounds each were assembled. This data-set includes hit compounds and all associated screening results. http://www.nature.com/articles/srep08771


供应商:ASINEX PPI库

发表于:ASINEX分子:8400

PI:Mark Parisi

发布时间:2016年3月3日

自2008年以来一直致力于蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPI)文库的设计和合成。最新一代ASINEX PPI文库包括各种尺寸,框架和形状的分子,所述分子状实体与设计为次要的宏环衍生物结构模拟物或表位模拟物。


供应商:asinex精英图书馆

发表于:Asinex分子:12960

PI:Mark Parisi

发布时间:2016年3月3日

初始“击中?”之后有什么问题ASINEX已经解决了这些问题,具有广泛的Adme分析,易于Medchem修改的最佳设计以及IP评估,以确保新颖性。


供应商:asinex表型图书馆

发布者:ASINEX分子:9840

PI:Mark Parisi

发布时间:2016年3月3日

asinex在房屋中运行靶向基础的和表型测定,并使用它收集的实验信息来创建其基于目标和不同的筛选集。通过这种经验,Asinex创造了一种表型筛选组;此设置的过滤器如下:

MW:200-450,CLOGP:-1.0-7.0,CLOGD(pH 7.4): - 5.0-4.0,rot.bond:0-10,HA:1-10,高清:1-5,TPSA:15-135 A ,N + O:2-10,HAC:19-34,偶极:0.3-3.30,SHP2:0.240-0.450。


供应商:asinex多样性图书馆

发表于:ASINEX分子:9968

PI:Mark Parisi

发布时间:2016年3月3日

多样性仍然是一个强大的筛选工具,特别是在药物发现的早期“探针”阶段。在创建此集合中,ASINEX已应用计算工具,以确保化学空间被正确地表示,同时还包含其“精英”和“生物阶段”概念的元素。


供应商:asinex生物选择性

发布者:Asinex分子:8041

PI:Mark Parisi

发布时间:2016年3月3日

asinex的生物阶段性方法将已知的药理学相关天然产物(例如生物碱和其他次级代谢物)的关键结构特征掺入合成可行的药物化学支架中。


目录:分布式药物发现(D3) - Iupui

发布者:Iupui - D3枚举73K N-Acylaa-OH,-ome,-NH2分子:73234

PI:M. J. O'Donnell和W. L. Scott

发布时间:2/24/2 / 24/24

免费,开放式访问虚拟目录/库>73,000分子:(a)(a)正酰酰基非自然α-氨基酸,(b)N-酰基非自然α-氨基酸的甲酯,和(c)正酰基非自然α-氨基酸的伯酰胺。目录中的分子通过基于100R1x的甘氨酸阴离子的固相组织烷基化的枚举获得,然后用100 r 2 CO 2H和树脂裂解(TFA,MeOH / Et 3N或TFA)进行N-酰化。 48,818分子的传统数据集(高于A和B套加R1X和R2CO2H输入)于2009年1月1日公布。我们鼓励同事与我们有关在D3项目的兴趣沟通(电子邮件: [电子邮件 protected]<mailto:[电子邮件 protected]> or [电子邮件 protected]<mailto:[电子邮件 protected]>)。参考文献:J. Comb。化学。 2009,11,3-13,14-33,34-43; J.Org。化学。 2014,79,3140-51; J.Chem。教育。 2015,92,819-26。


疟疾:生物化学屏5 p. falciparum kinases与GSK的TCAMS

发布者:Gregory J. Crowther分子:13451

PI:Gregory J. Crowther

发布时间:2016年3月2日

筛选〜13,500个细胞活性化合物,用于针对五种不同的蛋白激酶的活性。在疟原虫钙依赖性蛋白激酶1和4的生化测定中筛选到葛兰素达杆菌抗疟装置(TCAMS)(CDPK1 / PF3D7_0217500和CDPK4 / PF3D7_0717500),促丝带相关蛋白激酶2(MAPK2 / MAP2 / PF3D7_1113900),蛋白激酶6(PK6 / PF3D7_1337100)和蛋白激酶7(PK7 / PF3D7_0213400)。新型强效抑制剂(IC50<发现了三个激酶:CDPK1,CDPK4和PK6发现了1μm)。 PK6抑制剂是这种酶最有效的,并且应该得到进一步的审查。


公共暗物质化合物

发表于:暗物质化合物分子:139352

PI:Guillermo Morales

发布时间:2015年12月7日

Novartis发现,在至少新的100个测定中已经测试了803,990种化合物,并且112,872化合物无活性(14.0%)。对NIH数据的分析表明,在至少100个测定中测试了363,598种化合物,其中131,726化合物是无活性的(36.2%)。

Anne Mai Wassermann,Eugen Lounkine,Dominic Hoepfer,Gaelle Le Goff,Frederick J King,Christian Studer,John M Peltier,Melissa L Gippo,Vivian Precle,Jianshia,ansgar Schuffenhauer,Iain M Wallace,Shanni Chen,Philipp Krastel,Amanda Cobos -correa,Christian N Parker,John W Davies&Meir Glick。暗化学物质作为药物铅发现的有希望的起点。自然化学生物学2015,Vol。 11,PP。958-966(DOI:10.1038 / Nchembio.1936)


ADME:AZ Public Chembl数据

发布者:AZ Public ChemBl数据分子:5799

PI:肖恩·贝斯

发布时间:2015年10月5日

在Astrazeneca确定的一组公开公开的化合物上的实验体外DMPK和物理化学数据。为测定提供的参考文献据示出了生成数据的实验过程。

//www.ebi.ac.uk/chembl/doc/inspect/CHEMBL3301361% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole guinea pig plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole dog plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole rat plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole mouse plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.Intrinsic clearance measured in human hepatocytes following incubation at 37C. Experimental range <3 to >150 microL/min/1E6 cells. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 1730-1736.Most basic pKa value (pKa B1) determined by absorption and potentiometric titration using standard methodology from Sirius Analytical. Experimental range Bases: >= 2.Second most acidic pKa value (pKa A2) determined by absorption and potentiometric titration using standard methodology from Sirius Analytical. Experimental range Acids: <= 11.

第三大部分基本PKA值(PKA B3)通过使用Sirius分析的标准方法的吸收和电位滴定来决定。实验范围基础:>= 2.

第二大部分基本PKA值(PKA B2)通过使用Sirius分析的标准方法的吸收和电位滴定决定。实验范围基础:>= 2.

最酸性的PKA值(PKA A1)通过使用Sirius分析的标准方法的吸收和电位滴定来确定。实验范围酸:<= 11.


PDB配体

发表于:蛋白质数据库(PDB)分子:16826

PI:Dale R. Cameron,Ph.D.,M.C.I.C.,P.Chem。

发布时间:2015年8月3日

从PDB中提取配体信息,过滤以除去“聚合物”和其他相关的“非游离”配体以及金属或金属结合配体。对筛选过程的更新可能会发生没有警告。提供数据,没有额外的策策或纠错。 PDB的链接由RCSB PBD提供,可以引用

H.. Berman,J. Westbrook,Z. Feng,G. Gilliland,T.N. Bhat,H. Weissig,I.N. Shindyalov,P.E. Bourne(2000)蛋白质数据库核酸研究,28:235-242。

请向保管库管理员报告损坏的链接,请求其他数据等


埃博拉:埃博拉病毒的小分子抑制剂

发表于:Nadia的沙箱分子:55

PI:纳迪亚博士窝博士

发布时间:2015年2月2日

该共享数据集包含来自文献的55个小分子(高达2015年1月),其对埃博拉病毒和各种疾病模型具有体外和或体内活动。我们已从经验丰富的药用化学家以及疼痛过滤结果中的评估。 (这项工作已由Nadia垃圾箱,克里斯托弗Lipinski和Sean Ekins发布到F1000Research)。


供应商:Synthonix - 建立更好的债券

Published By: http://www.synthonix.com     Molecules: 10286

发布时间:2015年1月1日1日

SynthOnix通过提供10286个建筑块的目录来帮助药用化学家推动药物发现的界限,这些块允许它们探索更具挑战性的化学空间,并扩大潜在的显着治疗目标的范围,以治疗世界慢性和可治疗的疾病。 Synthonix,Inc:919-875-9277;一般电子邮件: [电子邮件 protected]; Synthonix Ltd(欧洲办事处):办公室:+44 1223 597934;电子邮件: [电子邮件 protected]


探针:NIH化学探针

发布者:探针金库分子:319

PI:克里斯托弗莱斯基

发布时间:11/12/2014

国家卫生院校(NIH)已经资助了广泛的HTS努力,估计在历史内和学术中心,以通过分子文库筛查中心网络(MLSCN)和分子来鉴定小分子化学探针或工具化合物。图书馆探针生产中心网络(MLPCN)。对于作为探针所选的化合物,已经使用了基于效力,选择性,溶解度和可用性的组合的各种定义。迄今为止,NIH资助的学术筛查中心发现了300多个化学探针。该集合包括探针结构,目标,反目标,IC50值和其他参考。它还包括各种药物相似度,包括克里斯利斯基博士所分配的可期望分数,如“专家对化学探针的评估的计算预测和验证”中所述。 Litterman NK,Lipinski Ca,Bunin Ba,ekins S. J Chem Inf Model。 (2014)


供应商:Azepine Ltd.构建块集合

发布者:Azepine Ltd.分子:600

pi:朱莉娅

发布时间:2014年10月8日

600个积木,有股票价格上涨。接触 [电子邮件 protected]


Neu-CSIC-GSK激酶靶向HTS

发表于:Pollastri Lab - 东北大学分子:78

PI:Michael Pollastri

发布时间:9/25/2014

该数据集包含通过东北大学(Pollastri实验室),CSIC(Navarro实验室)和Glaxosmithkline Tres Cantos实验室(发展中国家DPU疾病)的合作所执行的高吞吐量屏幕的发布结果。这篇文章是Diaz等,PLOS-NTDS:

 

DOI:10.1371 / journal.pntd.0003253

 

请联系 [电子邮件 protected] with questions


供应商:Vitas-M实验室库存HTS系列

发表于:Vitas-M实验室分子:388375

发布时间:7/11/2014

Vitas-M实验室HTS化合物的收集约为400 000个单独的分子,有库存。所有这些都可以以不同的形式快速交付,包括Mg,Micromole,干粉,DMSO溶液和干膜。 www.vitasmlab.com伊琳娜ryabushenko: [电子邮件 protected]


供应商:Vitas-M实验室积木

发表于:Vitas-M实验室分子:33297

发布时间:7/10/2014

Vitas-M实验室有机构建块的集合含有超过33 000个识别和测试的物品。 www.vitasmlab.com伊琳娜ryabushenko: [电子邮件 protected]


供应商:Vitas-M实验室脚手架

发布:Vitas-M实验室分子:2898

发布时间:2014年7月8日

Vitas-M实验室脚手架的汇集(杜鹃花项目)。先进的想法来合成药物样迷你库。它是获得无其他供应商提供的绝对新化合物的最佳选择。 www.vitasmlab.com伊琳娜ryabushenko: [电子邮件 protected]


供应商:Vitas-M实验室碎片

发布:Vitas-M实验分子:18631

发布时间:2014年7月8日

Vitas-M实验室片段的汇集(化学物质通过了3“和其他特殊过滤器的规则),用于基于碎片的药物发现。 www.vitasmlab.com伊琳娜ryabushenko: [电子邮件 protected]


供应商:生活化学品 - GPCR图书馆

发布者:Life Chemicals分子:15948

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:6/20/2014

Similarity/pharmacophore search was based on Topomer Search prediction provided by Sybyl-X. First step - a similarity search assumed a comparison of entire stock compounds to known inhibitors derived from BindingeDB and ChemblDB. Second step - generation of 3D structures of known inhibitors and their co-alignment. This chemical spatial space was used as a template for fitting of the rest of "similar" compounds. However this is method was designed for "cherry-picking" and an alternative library can be done with virtual screening methods (all screening models a ready and proved with training sets) against such receptors - adenosine, chemokine, dopamine, gaba-, histamine, muscarinic, opioid, sphingosine. http://www.lifechemicals.com/


供应商:生活化学品 - 激酶相似性

发布者:Life Chemicals分子:62467

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:6/20/2014

Similarity search using MDL public keys and the Tanimoto similarity cut-off of 90%. Almost 25K reference compounds that tested active in 168 biological assays (more than 100 different kinase targets), were used for similarity search. All this compounds could be screened against more specific target up to the customer order. http://www.lifechemicals.com/


供应商:使用对接的生活化学品 - 激酶

发布者:Life Chemicals分子:15174

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:6/20/2014

Kinase library was prepared basing on virtual docking in a Sybyl environment. For this purpose a set of kinase structures' binding sites (about 20) were aligned and analyzed. Such superposed sites were used for structure-based pharmacophore modelling via Unity module from Sybyl-X. After all preparation an entire 3D stock was screened against this multi-pharmacophore model and in the end a top-ranking was performed. http://www.lifechemicals.com/


供应商:生活化学品 - 核受体

发布者:Life Chemicals分子:9896

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:6/20/2014

Life Chemicals. Virtual docking and similarity/pharmacophore search. http://www.lifechemicals.com/


供应商:生活化学品 - CNS库

发布者:Life Chemicals分子:16535

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:6/20/2014

CNS filters which are described in the literature were used as a sieve for our entire stock. As it was shown the only compounds with such parameters can have appropriate characteristics for nervous tissue permeability. All descriptors were obtained from Spreadsheets and Volsurf modules of Sybyl. (MW 200 = 350 cLogP =< 3.6 H-Bond Acceptors =< 8 H-Bond Donors =< 5 tPSA =< 120 Rotatable Bonds =< 5 LogBB1 = -3.0 to 1.0) http://www.lifechemicals.com/


供应商:生活化学品 - 天然产品类似图书馆

发表于:Life Chemicals分子:7808

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:6/20/2014

First method was based on statistical anlysis of descriptors. Previously a large database of NPs was analyzed to study NP scaffolds by arranging them in the form of a tree. Thus analysis of property distribution of more than 130 000 NP structures as well as identification of substructures typical for particular classes of natural compounds were carried out to generate a set of fragments usually present in natural compounds. This method was tested on CRC Dictionary of Natural Products (DNP) and synthetic molecules (SMs). Another method is based on scaffold similarity assessment. The number of atom signatures (from fragmnets) generated for a molecule is equal to the number of atoms that make up the molecule. Every atom signature independently represent a structural feature/fragment of the molecule, and an individual score for it is calculated. higher number of atoms from gaining higher score. To reproduce such experiment we used an implemented module Chemistry Development Kit in CDK-Taverna 2.0. It contains a NP-Likeness scorer v1.4.1 which calculates Natural Product(NP)-likeness of a molecule, i.e. the similarity of the molecule to the structure space covered by known natural products. All results were scored and ranged from -3 to +3. http://www.lifechemicals.com/


供应商:生活化学品 - 筛选集合

发表于:Life Chemicals分子:371998

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:6/20/2014

Carefully designed, novel, drug-like small molecules with Lipinski rule of 5 and the only reason for deviation from the set of this parameters is a unique scaffold or non-standard chemistry. It is ready for application of medicinal chemistry filters like PAIN or any target-focused filters (solubility, permeability, BBB). http://www.lifechemicals.com/


供应商:生活化学品 - 具有保证溶解性的碎片

发表于:Life Chemicals分子:8241

PI:Alexandr Kucherak

发布时间:6/20/2014

Fragment compounds were selected by filtering of entire LC-stock with modified “Rule of three”. Fragments have been tested for solubility in analytical laboratory. Solubility is guaranteed at 200mM concentration in DMSO, and 75% of fragments are soluble in pH7.5 buffer at 1mM concentration. http://www.lifechemicals.com/


TB:文学中的体内鼠标疗效

发表于:TB In-Vivo Data2分子:778

PI:肖恩·贝斯,博士

发布时间:4/10/2014

回顾未来:预测小分子的体内疗效与结核分枝杆菌。在疾病的动物模型中选择和翻译体外导致疾病的分子中的分子是一种挑战,这需要相当多的时间和金钱。我们使用由773种化合物组成的机器学习分类模型(贝叶斯,支持向量机和递归分区)来展示在体内活跃和非活性化合物中的学习。贝叶斯模型预测了11个中的11个,其中包含在模型中未包含在模型中的Vivo Active,作为外部测试集。因此,七十年的MTB数据可以提供统计上稳健的计算模型,以聚焦在体内活性小分子抗核分中的资源。这突出了在其他疾病的其他地方进行体内测试的成本效益预测因素。 PMID:24665947


TB:TB Mobile 2的数据

发布者:TB Mobile 2.0更新分子:79

PI:肖恩·贝斯

发布时间:2014年3月3日

79来自近期纸张中的化合物,其中TB中的一个或多个目标添加到AP的第2版的TB Mobile中。将20个另外的分子用作测试组。本文提交。


寄生虫:施斯科族曼森的MMV疟疾盒屏幕

发布者:CDIPD Vault分子:400

发布时间:2013年11月6日

Whole-organism screens of Schistosoma mansoni somules (post-infective larvae) and adults with the 400 compounds that comprise the MMV Malaria Box (http://www.mmv.org/malariabox). Only those Malaria box 'Drug-like' compounds yielding the most severe phenotypes vs. somules were tested against adults. The data are also uploaded to ChEMBL. Contact Conor Caffrey, Center for Discovery and Innovation in Parasitic Diseases (www.cdipd.org/), UCSF ([电子邮件 protected])。


激酶:激酶催化活性(Theanie Anastassiadis在自然生物技术中出版物)

发表于:激酶催化活性分子:178

PI:Theonie Anastassiadisdis

发布时间:2013年8月30日

激酶催化活性

自然生物技术2011年10月30日;图29(11):1039-1045。测试的图书馆由已知的178种化合物抑制来自所有主要蛋白激酶亚脲的激酶,必须在10μmATP存在下以0.5μm的浓度测试。选择0.5μm,尽管将这些化合物的平均报告的IC50朝向66nm的主要靶标,以捕获较弱的偏移抑制活性。将激酶抑制剂对重复测试,结果表达为平均底物磷酸化作为百分比溶剂对照反应(以下称为“剩余激酶活性”)。提出了每个激酶抑制剂对的平均剩余激酶活性。与载体(二甲基亚甲醚)反应相比,激酶活性数据表达为试验样品中剩余激酶活性的百分比。


TB:更新药物和带目标的领导

发布者:TB:药物和目标导线 - 更新分子:38

发布时间:2013年6月14日

从最近的TB文献出版了来自TB的TB的化合物,该目标也可以用作TB移动应用程序的更新

激酶:GSK发表的激酶抑制剂套装(PKIS)

发表于:Kinome2分子:364

发布时间:2013年6月6日

GSK公开的激酶抑制剂组(PKIS)是一组367个蛋白激酶抑制剂,该抑制剂已被注释,用于蛋白激酶家庭活动,可用于公开筛选努力。可以在下面显示的链接中找到有关屏蔽集的详细信息。 ChemBl数据库是在该组上的生物测定数据的“转到”站点。从精神改善对重要数据的访问,我们收集了ChemBl慷慨地提供的PKIS数据,并处理它,因此可以在这里可以在协作药物发现(CDD)网站(如前为以前做过的那样)访问Kinase Sarfari数据库)。

转移到CDD使数据以更“Med-Chemist”友好的方式提供。我们也完成了一些整理数据集。例如,实际上只有364种化合物(一些复制品是由于盐形式或相同分子的交替名称)。我们还尝试在可能的情况下正常化目标名称(例如,Kinases Ikka,Ikkb和Ikke被称为IKK-Alpha,IKK-Beta,IKK-epsilon for UNC的数据集)。不是我们完美......我们也会感谢我们数据集的任何更正!

总而言之,存在364种化合物,其在0.1和1μm下针对225个靶标进行测试。在此数据集中,只有一个协议,但是在一个读数中列出了225个目标。浓度也是读数,因此很容易将搜索限制在1和/或0.1 um处运行。

链接:

1)关于GSK PKIS的更多信息

http://www.maggichurchouseevents.co.uk/bmcs/Downloads/CBDD%20-%20Zuercher%20Bill.pdf

http://www.chordomafoundation.org/wp-content/uploads/2013/04/2013-Flanagan-Drewry.pdf

http://chembl.blogspot.co.uk/2013/05/pkis-data-in-chembl.html

2)上一种CDD上的Chembl激酶数据

//www.selacapo.net/buzz/2013/04/04/kinome-sar-for-collaborative-drug-discoverers/

激酶:Chembl激酶Sarfari化合物& BioAssay Data


发布者:CDD Vault分子:54211

PI:CDD.

发布时间:3/27/2013

Chembl的有价值的资源是激酶Sarfari,“集成的化学Modomics工作台聚焦在激酶上。该系统包含并链接激酶序列,结构,化合物和筛选数据“。该数据库的一种非常有用的资源,该数据库可提供用于激酶活性化合物的大量SAR数据,以在广泛的测定中针对各种激酶,其中大部分地手动开采并从文献中愈合。要使此数据可用在CDD接口中,我们拍摄了激酶Sarfari的核心表,并将其与来自ChemBL数据库的另一个关键表合并,提供了一个字段,该字段描述了每个记录中使用的测定,比本土萨法利的细节更大细节。我们现在已通过CDD接口进行了可用的数据集。有400个激酶的体外数据的详细情况是可行的。此外,在Vivo功能中,也发布了备用数据。


结论:ARRA.

发布者:TB Arra分子:1924

pi:鲍勃雷诺兹

发布时间:2013年3月15日

来自Sri(Bob Reynolds)和Scott Franzblau集团的数据 - Ekins等人提交的纸质。

来自以前的Sri屏幕的命中用于寻找在供应商库中的类似化合物,在一系列接受的新药发现候选人的屏幕上的体外聚类和测试。该化合物还用作以前产生的贝叶斯模型的试验装置,其具有生物活性和细胞毒性信息。


结论:GSK.

发布者:TB GSK分子:177

PI:肖恩·贝斯,博士

发布时间:2013年2月8日

来自Ballell等人纸ChemMedchem 2013的补充数据在压榨“加油开源药物发现:177个小分子导致结核病”

Original datasets are hosted at //www.ebi.ac.uk/chemblntd only M.tb data is shown here but more BCG data is available at ChEMBL


锥虫组:Chagas病文化化合物

发布者:Chagas公共数据分子:531

发布时间:12/21/2012

在公开的文献中,将复合结构和文献参考抑制于对危机瘤Cruzi测试的531分子进行测试。


锥虫组:针对人非洲锥虫病(帽子)的特定化学系列优化

发布者:Chagas公共数据分子:5559

发布时间:12/12/2012

SCYNEXIS Inc, as a member of the DNDi HAT Lead Optimization Consortium developed and screened 4926 compounds for activity against T. brucei. Compound structures and in vitro activity data against T. brucei brucei are included. Cytotoxicity data and activity against the related eukaryotic parasites T. brucei rhodesiense, L. donavani, and P. falciparum for a subset of 34 compounds. All of the reported compound series are no longer in development for HAT as they were found to have poor selectivity or properties incompatible with in vivo activity. http://www.dndi.org/diseases-projects/open-innovation/1011-hat-001


锥虫:DNDI-优化Fenarimol系列用于治疗Chagas病

发布者:Chagas公共数据分子:743

发布时间:2012年12月9日

The DNDi Lead Optimization Consortium, including Epichem, Murdoch University, and CDCO, developed and screened an SAR series based on the plant fungicide fenarimol. DNDi made public compound structures, T. cruzi activity data, and L-6 cell toxicity data for 743 compounds from this series in ChEMBL-NTD. Compounds and biological assay data are included here in CDD Public. http://www.dndi.org/diseases-projects/open-innovation/1012-chagas-001


锥虫组:广泛的主要HTS,用于鉴定T.Cruzi复制的抑制剂

发布者:Chagas公共数据分子:303230

发布时间:12/6/2012

The Broad Institute performed a high-throughput screen of 303,224 compounds in duplicate in the recombinant Tulahuen strain of Trypanosoma cruzi stably expressing beta-galactosidase reporter co-cultured with host cell, mouse fibroblast NIH3T3. Of the 4,394 hits, 4,063 were further evaluated for inhibitory activity and host cell toxicity. Finally, 27 compounds were selected as potential probe compounds and further validated. Data from the primary screen and subsequent secondary assays were deposited PubChem. Chemical compounds and biological assay data for the primary screen and six secondary assays from PubChem are included here in CDD Public. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21634083


TB:Guzman等人。,M.TB. mure连接酶抑制剂

发布者:CDD - Sean Ekins分子:8

PI:肖恩·贝斯

发布时间:12/6/2012

来自以下TB出版物的整个细胞和目标的筛选数据:Guzman JD,Gupta A,Evangelopoulos D,Basavannacharya C,Pabon LC,Plazas Ea,Muñozd,德尔戈多瓦,Cuca Le,Ribon W,Gibbons S,Bhakta S. J Antimicrob Chemother。 2010年10月; 65(10):2101-7。来自哥伦比亚植物的天然产物的抗结核筛查:3-甲氧基环球菌,结核分枝杆菌的抑制作用。


供应商:NIH临床集合2阵列(281分子)

发表于:NIH临床收集分子:281

PI:项目经理:Mei Steele

发布时间:11/21/2012

NIH临床收集2是镀膜阵列281具有人类临床试验中使用历史的小分子。该系列由国家卫生研究院(NIH)组装通过分子图书馆路线图倡议,作为其使命的一部分,以使得在生物医学研究中使用复合筛查。


供应商:NIH临床收集阵列(446分子)

发布者:NIH临床收集分子:446

PI:项目经理:Mei Steele

发布时间:11/21/2012

NIH临床收集是含有446个小分子的镀膜,具有人体临床试验的使用历史。该系列由国家卫生研究院(NIH)组装通过分子图书馆路线图倡议,作为其使命的一部分,以使得在生物医学研究中使用复合筛查。


结核病:药物和具有目标的引线 - 移动应用中使用的数据

发布者:SRI分子和移动应用分子的目标:707

发布时间:10/23/2012

更新的数据在体内基本性中策划了TB目标

来自TBDB,Biocyc,MeticiCC,PDB和PubMed的信息以及

斯坦福研究所马拉比卡萨克斯的其他参考文献。

Johns Hopkins大学的Gyanu Lamichhane提供了基础

information.ref.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22477069

Explore this dataset on mobile: //itunes.apple.com/app/tb-mobile/id567461644


TOX:肝毒性分类的药物和化学品

发布者:CDD Vault分子:83072

PI:CDD.

发布时间:7月16日

通过辉瑞(HU 2008)组装了基于肝毒性的临床数据的药物和化学品列表,以便以前通过辉瑞(HU 2008),以评估体外人肝细胞成像测定技术(HIAT),导致75%的一致性临床肝毒性。这种具有或未引起药物诱导的肝损伤(DILI)的该化合物的相同数据集已通过贝叶斯模型与Silico预测的分子描述符一起使用。


TB:SRI分子具有针对TB的全细胞活性

发布者:SRI Group Vault分子:23

PI:肖恩·贝斯,博士

发布时间:4/24/2012

分子评估在Pharm Res。 2012年4月4日PMID:22477069

结合化学汇编方法和途径分析,鉴定抗结核分枝杆菌的全细胞活性分子。

Sarker M,Talcott C,Madrid P,Chopra S,Bunin Ba,Lamichhane G,Freundlich JS,Ekins S.


疟疾:MMV疟疾盒

公开发布:公共:疟疾盒子分子:400

发布时间:3/29/2012

Molecules from MMV Malaria Box, ChEMBL-NTD (//www.ebi.ac.uk/chemblntd) : MMV Malaria Box, Simon Macdonald, Paul Willis, Paul Kowalczyk, Thomas Spangenberg, Jeremy Burrows and Tim Wells. Medicines for Malaria Venture (MMV), PO Box 1826, 20, rte de Pré-Bois, 1215 Geneva 15, Switzerland and SCYNEXIS Inc. P.O. Box 12878 Research Triangle Park, North Carolina 27709-2878 USA.

疟疾盒中的所有化合物都已在体外筛选到3D7(氯喹(CQ)敏感但是P. falciparum的硫氧基抗性菌株,对人胚胎肾细胞系(HEK-293)进行细胞毒性测定。数据表示为FalciParum数据的NM中的EC50。


Adme:AdmeData.com - 高质量的Adme数据的商业存储库

发布者:G2 Research Admedata.com分子:1760

PI:乔治草

发布时间:1/13/2012

实例:CaCo-2渗透率,平衡溶解度@ 5ph值,蛋白质结合人,蛋白结合大鼠,兔肠道渗透性,人血液等离子体分配&分血器。对于完整的数据集和型号,直接联系乔治玻璃,Pharm.D。博士at. [电子邮件 protected] (通过CDD分发)


供应商:Porse Building Blocks Collection

发布者:CDD Vault分子:29241

PI:CDD.

发布时间:1/13/2012

PORSE文件化学公司致力于定制新型复合合成的药物发现,并提供具有竞争性价格和优质的广泛产品系列。目前的设定是在吗啉,哌啶,哌嗪,嘧啶,氨基酸和API系列中的1554个新的各种化合物和建筑物的选定子集。 www.porsefinechemical.com, [电子邮件 protected] +86-20-28069055


寄生虫:Schistosoma Mansoni Schistosomula:MicroSource谱& Killer Collections

发表于:Brian Suzuki的沙箱分子:119

发布时间:2011年10月5日


Schistosoma Mansoni Schistosomula:微源谱的表型筛选& Killer Collections.

PI:Conor R. Caffrey

发布时间:2011年10月5日

CDD:公共数据119命中

作为药物重新定位(重新定位)策略的一部分,用于在UCSF Sandler药物发现中鉴定新型抗寄生虫,我们为血流量开发了一种血流量的部分自动化的整个生物体(表型)筛网,导致感染性热带病,血吸虫病。我们筛选了上述上述收集的1,260种化合物,包括药物,类似物化合物,天然产物和杂种化合物。我们用简单的描述符在血吸虫曼逊的幼虫阶段(Schistosomula)中的表型改变,以传达寄生虫对复合侮辱的多发性和动态反应。全量化表型反应正在进行中。数据呈现为只有“击中”化合物;可以从MicroSource Discovery Systems Inc.联系人获得各个集合中化合物的完整列表 [电子邮件 protected] 更多细节。血吸虫病药物发现:通过中通量表型筛选在已知药物文库中鉴定的HIT和铅化合物。 Abdulla MH,Ruelas DS,Wolff B,Snedecor J,Lim Kc,Xu F,Renslo Ar,Williams J,McKerrow JH,Caffrey Cr。 Plos opprop top ten。 2009年7月14日; 3(7):E478.PMID:19597541


TB:SRI激酶库表型屏幕

发布者:CDD Vault分子:23823

PI:CDD.

发布时间:8/29/2011

激酶目标正在超越各种疾病中

癌症,包括免疫和代谢以及病毒,寄生,

真菌和细菌。特别是,有一个相对较近的

在分枝杆菌中对激酶和ATP结合靶的兴趣

结核病为了鉴定抑制剂和潜在药物

目前药物方案未靶向的基本蛋白质。

在此,我们报告了目标的高吞吐量筛选结果

基于当前激酶抑制剂支架和已知的激酶结合位点设计的约26,000种化合物。本文呈现的表型数据可以基于在体外细菌的表观活动中选择对特异性激酶或结核分枝杆菌的特异性激酶或其他ATP结合靶标的支架/化合物的基础.PMID:21708485

结核病(EdInb)。 2011年6月25日。[epub领先于印刷]

版权所有©2011 elselvier有限公司版权所有。

联系Melinda Sosa了解更多详情: [电子邮件 protected]

基于激酶抑制剂的文库高通量筛选

对结核分枝杆菌H37RV的支架脚手架。

Reynolds Rc,Ananthan S,Faaleolea E,Hobrath JV,Kwong CD,Maddox C,Rasmussen L,Sosa Mi,Thammasuvimol E,White El,Zhang W,Semist JA 3RD。

资料来源:南部研究所,2000年南部大街,

伯明翰,Al 35205,美国。


FDA批准:NCGC药物收集(NPC)V1.1.0

发布者:NCGC Pharmaceutical Collection NPC V1.1.0分子:14579

PI:Noel Southall

发布时间:2011年8月8日

NCGC制药收集:临床批准的药物的综合资源,可以重新估算和化学基因组学。黄,R.,南城,N.,Wang,Y.,Yasgar,A.,Shinn,P.,Jadhav,A.,Nguyen,D.,Austin,C.Sci Transm Med 2011年4月27日:Vol。 3,问题80,p。 80PS16。

http://stm.sciencemag.org/content/3/80/80ps16.abstract


供应商:BioBlocks目录具有定价信息

发布者:BioBlocks分子:2971

PI:Doug Murphy

发布时间:2011年8月3日

2989种化合物。

Bioblocks提供超过2200多支脚手架,构建块和碎片的聚焦集合,这些块和碎片是预先合格的药物组件。这些化合物的大多数由生物块提供独特的提供,并已发现应用范围从中间体用于药物发现中的蛋白质氨基酸在肽化学中。

有关BioBlocks构建块的最新详细信息,请访问www.bioblocks.com


TOX:药物诱导肝损伤数据(DILI)

发布者:BBB分子:519

发布时间:4/29/2011

药物诱导的肝损伤数据 - 训练集是JIM XU的实验数据和测试集代表文献数据。

发表于药物元脱脂。 2010年12月; 38(12):2302-8。 EPUB 2010 SEP 15.一种用于人类药物诱导肝损伤的预测性配体的贝叶斯模型。

ekins s,威廉姆斯aj,xu JJ。

TB:体内必需基因的目标数据库


发布者:SRI TB目标数据库分子:314

PI:肖恩·贝斯

发布时间:4/21/2011

来自TBDB,Biocyc,MeticiCC,PDB和PubMed的体内基本信息的TB目标的数据以及Malabika Sarker博士在斯坦福研究所的其他参考文献。 Johns Hopkins大学的Gyanu Lamichhane博士被承认提供基本信息。

**请注意,此数据集没有小分子** **


供应商:Enamine代表多样化筛查库

发表于:烯胺分子:200000

pi:dmytro mykytenko

发布时间:4/12/2011

原始的200k不同的筛查库是特别适用于合作药物的

从世界上最大的商业筛选化合物的发现用户

(物种超过1.7米)。图书馆具有独特的药物状化合物,具有精制的Adme

特性。我们的优质化合物可以立即挑选和提供

不同的格式。


重新定位,FDA批准:使用HTS方法重新批准的药物

发布者:体外重新施肥分子:109

发布时间:2011年3月3日

使用HTS方法用新用途鉴定的药物。此表大大扩展了先前发布的版本“Ekins S,Williams AJ,Krasowski MD,Freundlich JS。在今天的批准和被忽视的疾病的批准和被忽视的疾病药物Discov上的硅重新定位。2011 Mar 1. Pmid:21376136 Doi:10.1016 / J.drudis .2011.02.016表列出了分子,旧的使用/目标,新使用/目标,如何发现和引用。

缩写:CCR5,趋化因子受体5; DHFR,二氢氢醇还原酶; DOA,滥用药物,FDA,食品和药物管理局; glt1,谷氨酸转运蛋白1; HSP-90,热休克蛋白90; JHCCL,John Hopkins临床复合图书馆; MTB,结核分枝杆菌; NK-1,Neurokinin-1受体; Octn2。


重新定位,FDA批准:孤儿指定产品

发表于:罕见的疾病重新调整分子:76

发布时间:2011年3月3日

FDA Table 2 - from the FDA resource, the rare disease research database (RDRD), which lists Orphan-designated products (http://www.fda.gov/ForIndustry/DevelopingProductsforRareDiseasesConditions/HowtoapplyforOrphanProductDesignation/ucm216147.htm) with at least one marketing approval for a rare disease indication. This data was analyzed by Ekins and Williams (paper submitted).


重新定位,FDA批准:孤儿指定产品

发表于:罕见的疾病重新扫描分子:105

发布时间:2011年3月3日

FDA Table 1 - from the FDA resource, the rare disease research database (RDRD), which lists Orphan-designated products (http://www.fda.gov/ForIndustry/DevelopingProductsforRareDiseasesConditions/HowtoapplyforOrphanProductDesignation/ucm216147.htm) with at least one marketing approval for a common disease indication.

FDA没有将数据与分子结构相关联。


供应商:科罗拉多州药物发现中的飞行员库

发布者:C2D2公共分子:2240

PI:Greg Miknis,副主任

发布时间:2011年3月7日

图书馆含有结构不同的小分子,其符合药物等标准。代表了几种趋化物,图书馆旨在适用于各种潜在的目标。

要索取有关该集合的信息,请发送请求 [电子邮件 protected]


脂质:Lipid地图结构数据库

发布者:Lipid Maps数据库分子:22215

PI:脂素网关

发布时间:2/11/2011

The Lipid Maps (http://www.lipidmaps.org/) structures were annotated with 5 common ions (H+,2H++, K+, Na+, NH4+) including mammalian fatty acyls, glycerolipids, glycerophospholipids, sphingolipids, sterol lipids, and prenol lipids. The structures and ions are searchable by structure and MW to facilitate identification of novel lipids.


TB:药细胞药物

发布者:虚拟代谢物分子:274

发布时间:11/5/2010

来自Kinnings等人的出版物,PLO计算生物学Vol 6:E1000976(2010)的出版物,274种药物(批准用于美国和欧洲的人和欧洲)

与PDB中的至少一种结构共结晶的药物。该数据集可以与CDD中的其他TB筛选数据集一起使用,以确定哪些批准的药物对MTB的活性(来自文献。

TB:从文献中非复制MTB的抑制剂


发布者:CDD - Sean Ekins分子:26

PI:肖恩·贝斯

发布时间:10/28/2010

来自已发布文件的结构和数据:

DARBY和NATHAN J Antimicrob Chemother 2010:65:1424-1427

Bryk等人,细胞主机和微生物2008:3:137-145

林等人。,拱生物学士学位。 2010年501:214-220

Lin等人,J Biol Chem 2008:283:34423-34431

De Cavalho等:J Med Chem 2009:52:5789-5792

林等,自然2009:461:621-626


供应商:Astatech,Inc。构建块集合

发布者:Astatech,Inc。分子:6140

发布时间:10/15/2010

Astatech,Inc。提供高级和新型中间体,以促进药物发现过程。我们的广泛选择包括构建块,新型胺,受保护胺,不自然氨基酸,酮,醛,杂环,异酸酐,硼酸和手性中间体。接触 [电子邮件 protected] 用于订购信息。


供应商:Chemik 2010目录

发布者:CDD Vault分子:3889

PI:CDD.

发布时间:2010年10月10日

Chemik在早期的项目中成功地帮助了像Wyeth这样的药物发现公司。我们为原料和钥匙中间体提供给他们的多吨。在这一领域拥有10年的经验,我们可以帮助客户在4-6周内开发新的中间,具有竞争力的定价,优质和持续的服务。


疟疾:菲和蒽氨基醇

发布者:CDD Vault分子:35

PI:CDD.

发布时间:9/21/2010

卤素取代的蒽和菲苯乙烯N-二 - 和单烷基二醇氨基醇盐酸盐的抗疟情况与小鼠中的抗疟情况Vs p. p. p. p. berghei。二十七种化合物显示活动(平均存活时间增加>6天);八种化合物是治愈性的(IMST>60天)。表包括有关详细信息和合成的PubMed ID。


TB:BCG / MTB活动

发布者:Novartis:TB数据分子:283

PI:Srinivasa Rao

发布时间:2010年9月15日

有氧BCG活性(MIC50) - 274化合物

有氧MTB活性(MIC50) - 283化合物

厌氧BCG ATP活性(IC 50) - 283化合物

Anaerobic MTB ATP Active(IC50) - 283化合物

细胞毒性(CC50) - 223化合物:结核分枝杆菌,细胞杆菌,BOVIS,TB


疟疾:JHU JHCCL疟原虫抑制

发布于:Johns Hopkins - Sullivan(2008)分子:2693

发布时间:2010年6月4日

抑制2663批准的药物在10微米下抑制百分比

TB,疟疾:GSK Malaria Hits的贝叶斯预测


发布者:GSK数据贝叶斯型号(Ekins等)分子:13355

PI:肖恩·贝斯

发布时间:5/28/2010

GSK Malaria Hits的预测(由Gabo等人发布,Nature 465:305-310(2010))使用贝叶斯模型(由Ekins等人发布,Mol Biosyst 6:840-851(2010))。

切断活动(220,000型号>0.31, 2,200 model >-1.37被归类为整个细胞屏幕中的活动)。

疟疾:圣裘德儿童研究院全蜂箱疟疾数据集


发表于:St. Jude - 疟疾/锥虫类生物生物分子:1524

pi:kip guy

发布时间:5/26/2010

ST.Jude CRH(Guiguemde,W等人)发表的自然文章的补充数据。疟原虫的化学遗传学。自然465,311-315(2010年5月)),包括在主屏幕中测试的1524个结构,附加数据在八种协议中:Bland-Altman分析,计算备用探测器,Phylochemocy筛选,灵感,协同筛和酶测定,以及热熔分析。


疟疾:Novartis GNF-PF数据集

发表于:Novartis Malaria分子:5695

发布时间:5/21/2010

从MR4获得的疟原虫菌株3D7(药物易感)和W2(氯喹,,吡米甲胺 - ,环比和抗亚磺酰肟抗性)在基于红细胞的感染测定中进行测试,以易受抑制增殖的影响选定的化合物。


供应商:ASINEX新型抗疟疾筛选套装

发表于:Asinex分子:1

PI:Mark Parisi

发布时间:5/20/2010

机密数据集:594个来自Asinex的新型化合物。请参阅附件,在asinex设计上详细说明。

对于访问:新的CDD用户 - 您的注册将通过授予数据集之前通过批准过程传递。现有CDD用户 - 请联系 [电子邮件 protected]


供应商:ASINEX TRES CANTOS(GSK)抗动力子集

发表于:Asinex分子:278

PI:Mark Parisi

发布时间:5/20/2010

278 asinex主动反疟疾数据匹配GSK数据。

可用于立即筛选。相应的数据集是由ASINex的专有和拥有。有关更多信息,请联系Mark Parisi:电子邮件: [电子邮件 protected]

电话:1-877-asinex1

传真:1-336-721-1618


疟疾:Tres Cantos Antimalarial Set(TCAM)

发布者:GSK抗疟疾数据分子:13471

pi:javier gamo

发布时间:5/19/2010

筛选大约200万化合物在GlaxosMithkline的筛查库中,鉴定了人红细胞中的13,500多种抑制剂P.Malciparum的抑制剂。这项工作是在Tres Cantos Medicent Development Campus,Flaxosmithkline,Severa Ochoa 2,28760 Tres Cantos,西班牙。

TB:Sacchettini等。 al。综述 - 额外的抗核分泌药剂

发表于:PK分子:18

发布时间:2010年2月25日

来自图1的非批准的抗亚霉菌剂在Sacchettini J.C.,Rubin E.J.和Freundlich J.s.毒品与错误:追求持续的捕食性结核分枝杆菌,自然评论微生物学,6,41-52,(2008)。


TB:结核病小分子专利数据

发布者:TB专利数据分子:20775

PI:协作药物发现

发布时间:1/27/2010

关于来自美国专利和商标局,欧洲专利局和世界知识产权组织的结核病研究的结构和专利信息。


TB:Makarov等人,NM4TB Consortia

发布者:CDD - Sean Ekins分子:32

PI:肖恩·贝斯

发布时间:1/21/2010

1,3-苯并噻嗪-4-氮(BTZ)的结构活动关系数据。本文中获得的数据“苯并噻唑酮通过阻止武阿拉伯综合杀死三分枝杆菌杀死分枝杆菌杀死分枝杆菌核糖”,Makarov等人在科学中发表了2009年,并在NM4TB Consortia(PMID:19299584)。


供应商:Timtec多样性集

发布者:Timtec分子:9998

PI:供应商

出版:1/5/2010

筛查10,000种不同药物的文库,如化合物


供应商:Timtec OGT-抑制剂类似物集

发布者:Timtec分子:334

PI:供应商

出版:1/5/2010

O-GlcNAc转移酶抑制剂类似物


供应商:Timtec Actitarg-K,激酶调制器

发布者:Timtec分子:6212

PI:供应商

出版:1/5/2010

Actitarg-k,计数超过6,000种化合物,提供一种高价值筛查库,用于鉴定新蛋白激酶抑制剂的合成方向

供应商:Timtec天然产品衍生品库

发布者:Timtec分子:3001

PI:供应商

出版:1/5/2010

来自Timtec的NDL-3000天然衍生物


供应商:Timtec自然产品库

发布者:Timtec分子:479

PI:供应商

出版:1/5/2010

来自Timtec的NPL纯天然产品


供应商:筛选库

发布者:Asischem分子:43121

发布时间:10/26/2009

用于您的自定义选择超过40,000种药物的小分子化合物的集合。所有化合物均可存入25毫克。


供应商:构建块

发布者:Asischem分子:176

发布时间:10/26/2009

一系列可用于药物发现的化合物。如果没有库存的所有化合物在几周内可用,最高可达10克。


TB:TAACF - NIAID CB2库

发表于:南方研究所分子:102634

PI:Robert Goldman

发布时间:9/30/2009

筛选商业(Chembridge)复合文库的结果,以抑制抗结核菌株H37RV的生长。查看PMID:19758845


TB:Ethr抑制剂(Willand等)

发布者:CDD - Sean Ekins分子:5

PI:肖恩·贝斯

发布时间:9/28/2009

转录阻遏物的药物抑制剂。来自Willand等人的分子和数据自然医学15:537-544(2009)PMID:19412174


供应商,Adme:来自一套结构各种商业药物的基准数据。

发布于:NM4TB:Karlen Group Site分子:24

PI:Anders Karlen

发布时间:6/11/2009

瑞典市场对药物的多变量分析是选择小型物理化学多样化的24种药物化合物的基础。在选择中考虑了结构多样性,商业可用性,价格和适当的分析技术等因素。测量对人Caco-2细胞单层的亲脂性,PKA,溶解度和渗透率进行编译数据集。我们预计此数据集可以作为用于验证新实验技术或硅模型的基准集。它也可以用作用于开发新的计算模型的不同启动数据集。

来自以下数据的数据:

介绍用于相关性和基准测试的结构多样化和市售药物数据。

Sköldc,WiniWarter S,Wernevik J,Bergströmf,Engströml,艾伦r,box k,comer j,mole j,Hallberg A,Lennernäsh,Lundstedt T,Ungell al,KarlénA。

J Med Chem。 2006年11月16日; 49(23):6660-71。


TB:发表文献中的吸收数据

发表于:CDD:结核病策划文献分子:24

发布时间:5/28/2009

来自参考文章的TB吸收数据

通过5'-o-(Salicyl)磺酰氨酰基腺苷的2-三唑取代类似物的抑制二唑代替代的类似物:抗菌核苷酸有效地结核病。

gupte,a .; Boshoff,H. I .;威尔逊,D.J ;;书呆子,j; Labello,N. p .; Somu,R.V。;邢,c。; Barry,C. e ;; Aldrich,C. C.

J Med Chem(2008)Vol 51,No 23,PP 7495-7507易熔化数据。


TB:来自发表文献的药代动力学数据

发表于:CDD:TB策划文献分子:28

发布时间:5/28/2009

发表文献来源的TB药代动力学数据。 SAR数据对于28个独特,以及普通化合物。

数据包括经过测试,生物利用度,VM,VD,Cmax等的PubMed Citations,靶,细胞和生物体。


TB:发表文献的毒性数据

发布者:CDD:TB策致文献分子:638

发布时间:5/28/2009

发表文献来源的TB毒性数据。 SAR数据对于638个独特的,以及来自PubMed参考的普通化合物。

数据包括PubMed Citations,靶,细胞和生物测试,细胞活力,LD50,CC50,MNTD等。


结核病:发表文献的疗效数据

发布者:CDD:TB策划文献分子:6768

发布时间:5/28/2009

来自发布文献来源的TB疗效数据。 SAR数据对于6771个独特的,以及来自300多个PubMed参考的普通化合物。

数据包括PubMed Citations,靶,细胞和生物测试,MIC,%抑制,EC50-EC100,IC50等。


TB:MLSMR.

发表于:南方研究所分子:214507

PI:Robert Goldman

发布时间:5/8/2009

由分子文库小分子储存库(MLSMR)收集的超过200,000种化合物的各种集合用于2008年春季研究分子库筛查中心,用于对MTB H37RV进行一次测试。选择来自该初级筛网的最活性化合物并在10个浓度下在剂量响应测定中以10次浓度进行测试,并使用VERO细胞作为细胞毒性反应圈。


疟疾:Johns Hopkins临床复合图书馆

发布者:Johns Hopkins - Sullivan(2008)分子:1878年

发布时间:4/28/2009

将药物以10μm的浓度筛选。将来自氯喹敏敏感3D7或多药抗性DD2的同步环阶段寄生虫在RPMI 1640培养基中培养10%的人血清,并在药物存在下培养48或96小时,[3H] - 卵黄嘌呤。在0.2%寄生血症和2-4%血细胞比容下,具有0.2ml培养物质的96个孔板,在0.2%升水血症和2-4%的血细胞比容下,在48小时和20,000cpm的情况下,在96小时的情况下,在少于500pm的背景计数下给出约10,000cpm的放射性掺入信号。筛选实验一式两份进行,抑制百分比报告为两个实验的平均值。


结核病:文献综述

发表于:TB文献数据分子:49

PI:芭蕾水等人。

发布时间:2009年4月17日

在2005年6月,在2005年6月,在对肺癌有针对性的药物治疗患者的调查中编制的肺结核SAR数据,包括具有已知和未知的作用方式(Ballel等人)抗菌药物和化疗中的新的小分子合成抗细管“。更新了4/17与结核病/ TBDB /其他目标链接和改进的参考。


TB:Sacchettini等,审查

发布者:CDD - Sean Ekins分子:14

PI:肖恩·贝斯

发布时间:2/18/2009

来自表1和2中的第一和第二线抗核酸剂在SacchettiniJ.C.,Rubin E.J.和Freundlich J.s.毒品与错误:追求持续的捕食性结核分枝杆菌,自然评论微生物学,6,41-52,(2008)。


供应商:Iupui - 分布式药物发现(D3)公共数据

发布于:Iupui - D3枚举73K N-Acylaa-OH,-OM,-NH2分子:48818

PI:M. J. O'Donnell和W. L. Scott

发布时间:1/1/2009

酰化非天然氨基酸及其甲酯的开放式虚拟目录。我们鼓励我们的同事与我们有关在分布式药物发现项目和合成方法的兴趣进行沟通,这些方法在组合化学杂志(印刷机)中的一系列三篇论文中描述。


供应商:asinex构建块

发布者:Asinex分子:6745

PI:Mark Parisi

发布时间:12/23/2008

药物等构建块,如果您正在考虑领先优化计划,我们的建筑块可能证明是您正在寻找的。


寄生虫:气味

发布者:CDD - Sean Ekins分子:228

PI:肖恩·贝斯

发布时间:12/21/2008

罗马凯泽的一本书的分子和结构名称数据由Wiley-VCH发表的罗马凯勒书“有意义的气味”。分子号涉及他们在书中的编号。


tox:toxcast.

发布于:CDD - Sean Ekins分子:306

PI:肖恩·贝斯

发布时间:12/18/2008

EPA toxcast library of compounds (mostly pesticides) available at http://www.epa.gov/ncct/dsstox/DataFiles.html

http://www.epa.gov/ncct/toxcast/


FDA批准,TOX:最大推荐的每日剂量

发布者:CDD - Sean Ekins分子:1215

PI:肖恩·贝斯

发布时间:12/10/2008

FDA数据库包含超过1200药物的最大推荐的日剂量值。该数据集代表以下公开马修斯,E.J.等人使用的一些分子,目前的药物发现技术,1(1):61-76。 (2004)


供应商:Ayurvedic传统Vis-A-Vis MeveryCare& Wellness Needs

发布于:Falguni Dasgupta:个人数据编译分子:37

PI:Falguni Dasgupta

发布时间:10/30/2008

关于近代观点讨论了印度药用植物及其提取物的传统使用,目的是寻找共同点,重新评估索赔和创造医疗保健和健康的机会,符合监管要求以及寻找新药物的索利。 “


寄生虫:Sandler-UCSF Celera半胱氨酸蛋白酶抑制剂文库

发布者:McKerrow组分子:1860

PI:吉姆麦克托

发布时间:10/23/2008

体外T.Cruzi和T.Brucei寄生虫和特定的酶筛。


FDA批准:批准的药物

发布于:Johns Hopkins临床复合库分子:2815

PI:大卫沙利文

发布时间:10/16/2008

FDA批准了具有定义分子结构的药物,包括来自医生书桌参考的763分子,来自药房的780个,橙色书籍2007年1151年,以及克里斯利斯基博士的FDA列表1007


供应商:ASINEX GPCR专注的图书馆

发表于:Asinex分子:3502

PI:Mark Parisi

发布时间:10/2/2008

高质量的特殊药物,如GPCR导向设置以折扣率为CDD社区。该图书馆纳入了我们的药用化学专业知识,以及我们从文学中识别特权碎片并以前所未有的方式组建它们的能力。


GPCR:PDSP ki数据库

发布者:PDSP KI数据库分子:20026

PI:布莱恩罗斯

发布时间:9/16/2008

来自NIMH精神病药筛查计划(PDSP)数据库的699个GPCR靶标超过47,000千卡值


供应商:ASINEX协同库

发表于:Asinex分子:25008

PI:Mark Parisi

发布时间:4/26/2008

Asinex开发出一种新的高多样性库,富含药物碎片等药物。图书馆的设计基于两种形式的协同作用。首先是多样化和目标取向技术之间的相互关系,第二个是多步键中间体的收敛(6-9步)以形成复杂的化合物。有关详细信息,请参阅下面的PDF。


TOX:具有已知毒性配置文件的结构的公共数据

发表于:具有已知毒性谱分子的结构:135

PI:肖恩·贝斯,博士

发布时间:3/28/2008

具有参考文献的已知化合物的组织特异性毒性谱


混杂的抑制剂:Shoichet公布了混杂抑制剂

发布者:Shoichet已发表的混杂抑制剂分子:111

PI:Brian Shoichet

发布时间:3/26/2008

通过在水溶液中的自我关联产生“假阳性”的聚集体


TOX:UC Davis - Hammock的公共数据

发布于:UC Davis - 吊床分子:714

PI:布鲁斯吊床

发布时间:3/17/2008

可溶性环氧化物水解酶(SEH)的抑制剂 - 这些酶具有3个主要功能:排毒,分解代谢和信号分子调节。


疟疾,锥虫:圣裘德公共数据

发表于:St. Jude - 疟疾/锥虫组生物分子:2426

pi:kip guy

发布时间:3/5/2008

在圣裘德儿童研究医院的Kip Guy实验室的开放式访问结果,包括对抗疟疾和T. Brucei的生物症


疟疾:Drexel公共数据

发表于:Drexel大学分子:195

PI:Jean-Claude Bradley

发布时间:3/2/2008

正在进行的开放数据之间的结果

Drexel(UGI-4CC产品)和UCSF(抗动性筛查)。此数据集表示研究人员如何选择公开发布所选结果的示例。 (默认情况下,相反,所有组都是私有的。)


疟疾:美国陆军调查

发表于:美国陆军疟疾文献调查分子:12318

 

发布时间:2/29/2008

广泛收集的抗疟药动物SAR数据,包括化学结构,生物活性数据,药理数据和毒性数据(由美国军队于1946年出版为“疟疾药物调查”)


疟疾:Plasmodb.

发布者:Upenn - 疟疾文献数据分子:120

PI:大卫Roos

发布时间:2/19/2008

从文献中编制的疟疾抑制剂的Plasmodb,包括化学结构,Plasmodb基因标识符,靶基因名称和针对P. falciparum,P.Vivax,P. Berghei,P. Yoelii,P.Chabaudi,P.Vinckei Petteri的参考文献


疟疾:天然产品(NPPDB)

出版:国家天然产品中心研究分子:426

PI:Babu Tekwani

发布时间:2/15/2008

黄酮天然产品数据库,包括抗疟和细胞毒性数据(密西西比大学,国家天然产品中心研究)


TB:Taacf测定结果

发表于:TB早期药物发现程序分子:812

PI:Bernard Mumos

发布时间:2/12/2008

Alamar蓝色全细胞测定中的812例抗核分咽分枝杆菌(H37RV)化合物的公共文库的抗菌活性


FDA批准:孤儿药物

发表于:已知的药物分子:1721

PI:克里斯托弗莱斯基

发布时间:10/26/2007

FDA批准了指定指示,赞助商名称和化学结构的药物(可用时)