GSK发表的激酶抑制剂集(PKIS)现在可以在CDD拱顶中获得

2013年7月8日

GSK蛋白激酶抑制剂组(PKIS)周围有很多嗡嗡声。

 Kinome博客图像

used with permission from http://kinase.com/human/kinome/

正如Derek Lowe在管道博客中所指出的那样,“公司已经为在激酶领域工作的任何学术调查员提供了367种化合物,只要他们公开可用的结果...所以,如果你’在学术界,对激酶途径感兴趣,你绝对需要看看这个复合组。” As Lowe noted, the dataset has been made available via the Chembl. 网站。博客上的一些评论指出,鉴于激酶Sarfari数据库和新的Chembl数据库不同步,从ChemBl中获取所需的数据棘手棘手。

从改善对重要数据的访问的精神,我们聚集了Chembl慷慨地制作的PKIS数据 可用的 ,并处理它,以便在协作药物发现(CDD)网站(如我们所做的那样)这里可以访问它 之前 对于Kinase Sarfari数据库)。同样,在GSK和NCATS的精神中(DOI:10.1371 / journal.pone.0057888)和CDD的 公共数据政策 ,CDD自由地为公众提供研究人员希望分享甚至帮助格式化数据的SAR数据,尽可能有用。

转移到CDD使数据以更“Med-Chemist”友好的方式提供。我们也完成了一些整理数据集。例如,实际上只有364种化合物(一些复制品是由于盐形式或相同分子的交替名称)。我们还尝试在可能的情况下正常化目标名称(例如,Kinases Ikka,Ikkb和Ikke被称为IKK-Alpha,IKK-Beta,IKK-epsilon for UNC的数据集)。不是我们完美......我们也会感谢我们数据集的任何更正!

总而言之,有364种化合物已在0.1和1mm处针对225个靶标进行测试。对于熟悉CDD的人,数据已通过两个项目提供。在第一(多协议)中,每个目标都将作为单独的协议发布。因此,您可以通过化合物结构(或子结构)以及目标名称进行搜索。在正交项目(OneProtocol)中只有一个协议,但是在一个读数中列出了226个目标(对于我们更喜欢该格式的客户端)。

无论哪种方式,现在都可以使用这个伟大的数据集 换句话说。我们希望您觉得有帮助。


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