CDD聚光灯采访Enrique Michelotti,Nimh / NIH

2014年5月7日

“我认为最大的影响是没有用于数据库的学术界的人,并且随着培训和使用,他们来实现了拥有永久中央存储库的强大功能,在那里您可以在那里非常快速地访问数据并将其相关联突出模式。我认为这是通过为刚刚不习惯数据库的人们提供这种新功能,这是最重要的影响。它真的可以易于使用和整体设计 CDD保险库.”


enrique linkedin照片
enrique michelotti,博士。

nimh / nih.,
计划总监
分子库和蓝图神经治疗程序,神经科学分工和基本行为科学(DNBBS)

Enrique Michelotti.博士在NIH管理跨学院项目,包括跨越15 NIH研究所的蓝图神经治疗项目。 Michelotti博士在大型和小公司工作的学术界和工业中拥有多年的国际经验。他的制药行业经验包括在Rohm和Haas的研究员中工作,以及洛卡发现的药物化学总监。


由巴里布纳,博士学位采访 合作药物发现,Inc。

巴里布恩
我以为我会用一个简单的问题开始,只是为了解释什么是蓝图。

Enrique Michelotti.
有两件不同的东西。一个是 蓝图 另一件事是 蓝图神经治疗。让’s call it a BP. ,蓝图,和一个 BP. N.,蓝图神经治疗。蓝图是来自NIH的大型跨机构项目。蓝图神经治疗是蓝图的一部分,并专注于与所谓的脑机构,与心理健康,神经疾病,眼病,听力问题等有关的项目。现在我们使用CDD的BPN是一个尝试开发的大型项目,或者将命中率带到导线,或者将命中率转换为一阶段临床候选人。 BPN是一个复杂的项目,因为它涉及从眼部疾病一直到精神疾病的生物问题,目前我们正在使用CDD作为化学信息学数据库,我们将所有化合物结构放在项目中,加上生物活性那些化合物。

巴里布恩
太棒了’对人们的精彩基本介绍。并在这个项目中的NIH中谈论您的角色,以及CDD如何支持BPN的目标,如您所说的那样。

Enrique Michelotti.
BP. N.工作的方式基于虚拟药物模型。参与互补群体。一个是主要的调查员,提出该项目的PI,这是对同行评审,如果是的话’已接受,PI将成为项目生物发展的关键部分。第二组是NIH支付的顾问。这些顾问拥有一个非常强大的工业制药背景,其中大多数来自Mainma的覆盖专业知识,来自测定的发展,Adme专业知识,药物化学以及临床专业知识,然后有CROS,公司实际上正在制作或跑步 in-vivo. 测试。我们有一个化学CRO,还有一个化学 in-vivo./ PK CRO,以及GMP合成和配方CROS。 CDD是帮助我们制作一个常见的数据存储库,所以团队中的每个人都有这样的,不仅不同的背景,还有不同的地理位置,每个人都没有在同一个“房间”,可以在它之后非常快地访问数据’s生成,因此每个人都可以访问相同的数据。

巴里布恩
我认为一个关键点,我只会添加每个人都可以访问他们有任何数据来查看的数据,因此协作分区......选择性共享组件至关重要,谁具有允许查看哪些数据的权限。

Enrique Michelotti.
好的,让我解释一下。这是这个项目的一件事是CDD的力量。我们从七个项目开始,然后进化到现在有八,很快我们将有十一点,每个项目都是独立的,所以在不同的项目之间没有跨谈,因为每个项目的IP都是完全不同的。 。我们’LL转到一个大学或另一所大学,CDD允许我们创建正式友好的进程,其中一个项目中的所有人只能看到与该项目相关的数据,而不是另一个项目。根据我们决定并允许人们看到的,可以看出更多的人,如管理员或者也许是涉及多个项目的化学家,可以看到多个项目。数据分区权限严格控制我们允许这些人看到的内容。

巴里布恩
优秀,也许只是谈论所涉及的东西,因为人们都在不同的地方。你能谈谈CDD和NIH如何能够在这个不同的项目中与技术,也可以从技术的角度来看一个月的时间来起床和运行吗?

Enrique Michelotti.
在此过程中,我们有两个非常不同的阶段。第一阶段涉及每个PI的团队之前在访问BPN资源之前生成的所有历史数据。所有数据必须放在CDD中。而第二阶段是所有新生成的数据。新生成的数据相对简单,因为我们决定了如何构建模板。模板严格确定如何将数据放在数据库中,而不仅仅是哪些数据以及与数据捕获的条件。历史数据不同,我认为’总是如此,因为显然我们可以 ’t在事实之后改变它,因此数据库必须足够灵活,以便以相关的方式允许上传此前生成的数据,而不仅与项目,而且在新数据之后在挖掘所有人一起前进时,上传最有用。这一切都在CDD中完美无瑕地完成了CDD人员的很多专家帮助。帮助在两个方面,在上传和如何最好地使用微笑或将数据以标准化的,有用的格式上传数据来挖掘CDD所需的SD文件来最佳生成Excel文件。而且,正如你提到的那样,在所有七个项目的一个月内都会令人惊讶地完成。

巴里布恩
我可以想象其他人可能会惊讶于我们的虚拟过程可以有效地管理,所以有些东西可能来自你的行业背景,影响有效的推出以及迄今为止已经完成的一些持续改进?所以那里’s初始启动时段,然后一旦设置了,您将如何改进一次 ’VE获得了第一级基线效率,您如何达到第二级效率,特别是在处理与不同群体协同工作的固有复杂性时?

Enrique Michelotti.
项目升起并运行后,我们所做的两件事。首先,上载了所有主要和辅助测定的SAR数据。然后我们还将体内PK数据上传到CDD中。要确定没有什么缺失,另外上传关键的PK参数到CDD数据库,我们还上传了完整的分析报告PDF,这真的很强大,因为人们不仅可以访问少数参数的体内PK,但完整的报告,这是对项目最新阶段非常重要的事情。

第二部分是我们开始项目,BPN项目,我们还调查了不同团队的成员,看看他们认为的改进将使CDD更轻松地,或CDD没有真正支持的某些新事物那一刻。在该调查之后,选择了许多改进,然后与CDD人员讨论,我们基于三件事优先考虑。首先,BPN的需要。其次,CDD的需求,对CDD更重要的是,鉴于您对更广泛的市场需求和发展的见解。并基于它的快速或如何成本效率效率。在去年,我们至少有20个想法。我们在努力解决了许多改进,使数据库更容易用于从化学家从化学家们向生物学家提供adogishers的广泛的人。

巴里布恩
因此,至少对我来说,至少对我来说,这是一个涉及这些药物发现筛查项目的CNS科学的广度。有在Alzheimer上工作的项目’S和脊髓损伤,以及公司联合创始人最近赢得的另一个项目 诺贝尔GPCR研究奖。您能否谈谈平衡创新的生物学方面与实际应用的药物发现方面以及如何整合互补专业知识?

当然只是为了什么’已经发表和公开发布的科学,你可以分享你的方式吗?’重新努力将这些候选人翻译成新的药物候选人,最终,如您所提到的,进入诊所......

Enrique Michelotti.
蓝图神经治疗专注于与大脑有关的项目,并且由于生物学,往往是风险的项目,往往比传统上的公司更加新颖,以及为此大部分涉及的生物学与BPN相关的项目非常小说。新的生物学测定使它们风险较大。正如您所知,我们有来自Alzheimer的项目’S,帕金森病,抑郁,黄斑变性在眼中,听力损失等。所有这些项目,我们倾向于支持它们,因为新的生物学可以改变疾病所看到的,正如我之前提到的那样,它们可能比制药行业的传统项目风险。我们肯定没有’T与他们竞争,目的是项目完全或部分破坏后,该项目将被私营部门的某人接受。

巴里布恩
所以我的话之一’ve注意到,NIH似乎有更多的人参与该计划的行业经验。在蓝图中,我们与您在洛杉矶制药和罗赫姆和哈斯以及Charles Cywin以及Charles Cywin的行业经验,以及在Boehringer Ingelheim的董事水平上升,以及NIMH的许多其他人的行业经验。在那里的ncats’S Christopher Austin,NCATS主任来自Merck以及吉姆·斯宾格尔斯和其他来自Merck的NCATS,并在Pharmacopiea遇到了HTS的经验。

也许你可以谈谈你的行业经验如何影响,并影响你在NIH和这些合作中的工作。当您在位于洛杉矶的行业时,我们与您的一位同事有一位同事,所以我很想听到从行业到NIH的过渡以及您在行业中学到的过渡以及如何’S现在对NIH的工作影响您的工作。

Enrique Michelotti.
我现在一直在NIH三年半,并在NIH呼叫跨学院项目的始终是在分子库中,这是一个涉及任何研究所的共同基金项目,其中27个研究所中的任何一个研究所。蓝图神经治疗也涉及现在15种不同的机构。作为一般药用化学家,让’叫它,我没有疾病具体的焦点,即我’不与生物学一样与生物学等疾病联系在一起,并且这种多功能性在处理许多不同的项目或不同背景时帮助了我很多,这是我需要在分子图书馆项目和蓝图中进行的项目。行业经验也一般都在某种程度上带来了一些严谨的人,以推进真正重要的项目,特别是在与没有那种没有第一手药物发现专业知识的人的人员时。有时在NIH,从生物学的角度来看,从生物学的角度来看,当你掌握一个良好的概念证明时,这是一个非常重要的推动项目,以展示一个良好的目标证明,以证明真正发生的事情。这与过去的行业甚至有点不同。行业现在也在那方面强烈移动。业界经验带来的第二件事是习惯于工作组,其中一个人不仅可以使项目能够成功,您需要一切或每个单击的区域,在诊所和市场中有一些东西。从化学,生物学,临床和所有IT专业知识等等,这在我工作的大型跨学院项目中非常重要。

巴里布恩
你能谈谈你的谈话吗?’喜欢使用CDD,什么’S顺利,未来的东西也可以去哪里?

Enrique Michelotti.
让 ’首先谈论并不是关于数据库本身,而是处理CDD公司。人员一直非常愿意,灵活,帮助我们改变或适应项目的福祉。非常灵活,所以我真的很感激。它真的帮助我们以每个人都将使用的方式获得事物。我们的用户从数据库中非常专业的人员出发,对来自行业的药物发现数据库非常复杂的人,这不仅应对数据库,而且是复杂,多参数,多维SAR搜索,然后在另一个极端,对从未与数据库做过的人来说,这使得培训挑战,并最佳地服务如此广泛的专业化或理解程度是一个根本的挑战。我认为我们已经设置的所有培训课程,并且已经对不同的人量身定制了相当多的人,这一直很有帮助,CDD一直非常愿意帮助我们这样做。

关于数据库,我欣赏的是灵活性,允许我们拥有项目的所有信息 - 实际上来自各种项目,所有这些项目都放在数据库中,并不仅可以通过化合物,生物学和IC50搜索的相应能力,但也能够在BPN号码中搜索时间束缚报告和指标。这些报告显示了项目的具体或全面进展。这些不仅是PK报告,而且是传统上难以在数据库中追踪的其他生物学报告。

总之,我认为这两件事,CDD人员的意愿真的与我们一起工作,这是一个加号,第二加是数据库的固有灵活性。

巴里布恩
那’非常符合我们的态度’在挑战和挑战方面一直在我们身边看到’s needed. I’M好奇,在你开始使用CDD之前,在管理数据或协作之后,在您知道这件事之前,它就会在没有数据库的情况下,这是如何思考如何评估CDD的思考是什么样的?你能谈谈如何在管理协作项目之前以及如何在何后呢?

Enrique Michelotti.
好吧,当我们开始蓝图神经治疗方法时,我们立即意识到我们需要一个数据库,我们需要’LL有一个中央永久性数据库。当我们在2010年开始该项目时,2010年初,我们铭记了一个数据库系统,并出于我们评估的许多人,我们决定使用CDD。因此,BPN从数据库开始使用CDD作为提供程序。在像分子库这样的其他项目中,例如,它完全不同。 Pubchem是数据的存储库,搜索在Pubchem中运行。这是一个公共系统,它是一种不同类型的系统,具有不同类型的功能(例如与其他NIH数据库直接集成以及作为公共存储库),其中搜索不像在CDD或其他领先地位一样开发商业数据库。所以预先或发布CDD,我无法在BPN中发表评论,因为我们开始了CDD。

巴里布恩
让 me ask the last CDD question, and then I’LL搬到更多的一般科学问题。因此,当您查看在合作项目中使用CDD的影响时,您是否可以谈谈不同成员的影响,在不同的地方运行屏幕,在分子上工作,然后NIH管理项目。您能讨论各种类型的用户中的有形影响是什么吗?

Enrique Michelotti.
影响尤其是刚刚获得适当的访问,立即为项目做出有意义的决策。我们在BPN中运营的方式,有预定的会议或计划的电话会议,整个团队在那里讨论数据,然后讨论如何基于该数据向前向前移动。这些电话会议均举行双周,所以每隔一周都有一段时间,特别是在电话会议前两天,通过其中在CDD中存放所有新数据,因此人们有时间真正评估并讨论知识的电话会议中的数据。因此,使用CDD或类似的数据库的积极影响之一是它确实强迫每个人都按照时间安排,而不仅要阅读上传的内容,而且在上传的数据上读取数据中非常重要的数据项目,我们希望跨越分布式文化和地理位置的同样严格。当人们在– let’呼叫它在传统的砖和迫击炮制药中,每个人都在一个地方,所以数据在那里,虽然我们不是我们的情况,但如果我们没有允许每个人用安全,选择性地上传数据的协作数据库,那么适当的数据访问查看权限。因此,通过使用这一协作CDD Vault数据库,CDD在结合一个流程时确实产生了最大的影响,以便以严谨的方式与每隔一周进行数据讨论数据。

巴里布恩
它更加恰当就是不同成分的益处…就像生物学家的角度来看,他们之前或未使用过的数据库,或者是拥有的行业化学家以及具有不同角色和责任的管理者......

Enrique Michelotti.
我认为最大的影响是没有用于数据库的学术界的人,并且随着培训和使用,他们来实现了拥有永久中央存储库的强大功能,在那里您可以在那里非常快速地访问数据并将其相关联突出模式。我认为这是通过为刚刚不习惯数据库的人们提供这种新功能,这是最重要的影响。它真的可以易于使用CDD的使用和整体设计。来自行业的人员,他们习惯了数据库。他们只是在非常快速地和实际上混合了一个有趣的事情是改善数据库的不同类型的建议。他们中的许多人来自那些知道数据库的人,但其中许多,特别是在易用类别中,来自与数据库相对天真的人,这是真正有趣的观察。但同样,最大的影响对于具有不同专业知识的合作者的多样性,但大多数关于数据库中几乎没有专业知识的人。在某种意义上,他们最多地获得了,因为在没有任何数据库的情况下从做药物发现时,他们的东西都没有任何东西可以使用CDD。

巴里布恩
因此,在这里切换齿轮一点,我喜欢在这些聚光灯采访中做的一件事,因为我们都是最初被训练为科学家,因为科学家独立于我们最终完成了我们的职业生涯,只是询问形成性科学体验或令人难忘的互动你’与你职业生涯的另一个辉煌的科学家。它可以是NIH或其他一些项目中的东西之前的东西’在NIH或这个完成了,但只是有一些令人难忘的东西,有些“ah-ha”,一些见解。我认识你’通过直接或管理它们的几个部分。你能分享一些有趣的东西吗?’发生在各种科学项目中?

Enrique Michelotti.
我开始在杀菌剂中开始,并且来自现在有商业化合物的主要项目之一,将毒性与活动中的毒性分解至关重要。这是我与SAR项目的第一次经历。有正确的计算工具,不仅是数据库,这是非常重要的,这对于能够相关和分解植物毒性或细胞毒性和活性的数据库是至关重要的。后来,我使用组合化学和并行合成移动到其他药用化学项目,其中,让数据库不仅使用和关联数据是非常重要的’S生产,但也计划和组织测试。要在全面和有效地完成整个过程,拥有数据库至关重要。然后是一个非常好的和变革的经验是我在洛杉矶发现的时候,那么洛杉矶药品。它们是一家基于结构的公司,不仅通过蒙特卡罗方法计算分子的设计不仅可以计算地运行,而且每种目标也被评估用预测器来看 先验 他们原则上有多好,然后制作化合物。它全部被数据库跟踪,最终看到测试中的结果,不仅关联生物学和化学,还要相关,也是预测。因此,有一个直接反馈循环来评估计算工具。这真的是一种有趣的过程,即从化学家成为化学家,一种合成化学家,能够理解所有这些计算方法和更多的整体药物发现过程。


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