CDD聚光灯采访JAMES MOE–总裁,首席执行官和oligomerix的联合创始人

2016年4月14日

“We’RE使用CDD Vault作为将化学结构存储的一种方式,作为搜索它们的一种方式,作为存储我们所有的测定数据的一种方式。我们’还使用它来完成计算,用于分析我们的数据,用于创建报告并将数据传达给他人,然后也非常重要地与合作者合作。所以’对于所有这些目的都是乐器。”


詹姆斯莫伊

詹姆斯·米
总裁,首席执行官和oligomerix的联合创始人

Moe博士有20多年的工业经验,在早期和晚期阶段诊断,生物技术和生物制药公司的国际团队中担任高级管理职位,包括基因-Trak / Amoco Technology Vatters,BioMerieux和Mosaic Technologies。在创建oligomerix之前,他是派甲生物医学高级分子生物学家的发酵术,高级分子生物学家的产品开发总监,以及Q-RNA,Inc。的产品开发主任。

博士博士收到了他的博士学位。来自Wesleyan大学的分子生物学/分子生物物理学的学位,他在Vanderbilt University的分子毒理学中心进行了分子毒理学的博士学研究,他在医学院的生物化学部门共同任命,以及艺术与科学学院的化学系,并在波士顿大学的企业研究中具有MBA学位。


受访者采访了 Shirley Louise-May,Collaborative Discovery,Inc。

I’在这里与James Moe,总裁兼首席执行官以及oligomerix的联合创始人。 oligomerix是一个小型生物技术公司,主要对解决帐篷观念感兴趣。 TAU是中枢神经系统(CNS)中的蛋白质,如果在TAU下游或上游的途径存在问题,则涉及神经变性。詹姆斯,你能介绍我们对oligomerix的研究的性质吗?

当然,我是奥格莫里斯总统兼首席执行官的詹姆斯·迈博。我们’re a company that’S重点关注Tau作为阿尔茨海默氏症的神经变性治疗靶标 ’S病(广告),但我们的工作’再做也适用于许多其他疾病。事实上,那里’他迄今为止已知的大约二十个不同的帐篷。 Alzheimer.’S疾病(AD)是一种痴呆,其特征在于,主要是主要由聚集的淀粉样蛋白β或TAU蛋白组成的病理标志,斑块和缠结。

当我们开始该项目时,我们选择以在广告过程中基于可重复的Tau病理学的可重复模式和传播的目标之后,因为它是来自靶向淀粉样蛋白的大多数其他程序的差异化方法途径。我们还决定通过靶向TAU的低聚聚集体,而不是较大且更惰性的TAU的惰性原纤维骨料进一步区分。现在,在大约11年前开始这条道路之后,大多数针对淀粉样症靶的候选人在晚期临床试验中失败了。那么越来越多地’对Tau的很多兴趣作为目标,我们在那里开始了一个漂亮的头部。我们’vere一直认为这是广告的重要目标,所以我们’Re试图发现防止Tau的药物骨细胞和发展其神经毒性功能。

非常好。现在你已经告诉我你的研究性质,我想听到更多细节你的方法,就像最终目标是什么,以及你的谦虚或更多课程的大胆目标是什么?

在oligomerix我们’重新开发基于接近的筛选测定,用于鉴定阻止TAU在聚合过程开始时自相关的抑制剂。我们的最终目标是确定我们可以参与临床研究的化合物–这是最终目标–这将要求我们在船上带来合作伙伴并获得IND启用研究。现在我们在候选人领先优化阶段进行该项目。

那么你是怎么想到你到目前为止找到的活跃的化合物?直到这一点到你只用了生物学作为指导?您是否已经筛选了没有药用化学支持的图书馆化合物?

不,我们’使用了两个支持。在生物方面,最初,当我们决定踏上一个计划作为目标的计划,我们希望研究的坚实基础。所以我们决定不使用人们使用的纤维化类型,因为它们不是生理,这是我们从常态的偏离。其次,该领域的大多数其他研究人员没有 ’有关技术原因,请使用全长TAU。第三,大多数其他人都使用Tau序列与广告中不存在的突变。最后,他们在其测定中使用聚合增强剂或辅助者。我们决定,自从我们’通过开发近距离测定,试图防止Tau-Tau互动,我们需要全长才能。因为 - 重要的是–如果我们防止TAU汇总,我们希望有正常的TAU,仍然可以是功能的,或者能够进行正常清关。在选择这条道路时,我们能够首次发现,首次才能发现TAU’一旦形成这些类型的聚集体,就可以自动截断的能力。其他人错过了,因为他们已经使用了已经截断的tau。

最初,我们的药物化学是内部和基本的–透过我们的命中,然后设计新的结构。当我们的药用化学家留下时,当时我们认为这将是一个非常临时的解决方案,我们决定通过CRO进行化学。我们仍然与第三方合作,这是我们的药用化学,但现在已经带来了顾问药用化学家,并打算在内部带来这种功能。

最终,我们的最终目标是使大型制药能够更快地将候选人纳入诊所。我们作为一个小实体,无法通过自己或及时做到这一点,以便为此做出资金,或者拥有完全乘车的专业知识。但是,我们希望我们的战略合作伙伴来实现这一目标,以实现我们的全球常见的大胆目标来寻找广告的有效治疗方法。

好的。在oligomerix,结束的手段是什么(但是你解释了这个问题)?

所以手段是– my interpretation –你怎么到那的?以便’钱问题,那’我如何解释它。嗯,我们用两个科学家加上自己开始这个项目,并通过写入NIH Grant开始了Oligomerix– an SBIR. That’我们如何让公司离开地面。 NIH一直是一个非常好的伴侣。我们’养了自己的钱。实际上,我们的一半钱’养殖来自NIH赠款,另一半来自投资者。我们的大多数投资者都是个人投资者,虽然我们现在有一个机构投资者,Wheatley Partners。最终,这是在这方面进来的投资美元可以实现这个计划。以便’我将作为手段解释的。而且,在这项业务中,您需要进行新颖的技术。就oligomerix而言,我们正在使用的大多数技术’在公司内部开发。所以,换句话说,我们创造了它,我们’没有从学术机构获得我们的新方法。我认为将我们分开作为这一领域的一家小公司。

在托针的地区,你发现什么新技术或信息特别有趣?

嗯,作为一个有趣的东西的一个例子,因为我们正在全长的Tau,我们发现Tau是自我截断的,问题是‘该功能的目的是什么? ’具体而言,Tau具有内在蛋白水解功能,使其形成某些类型的聚集体,其自截止。那么,真正的问题是功能是否是病态的或保护?在试图理解为什么这个功能可能在TAU开发时,我们注意到Tau是稳定微管的蛋白质。那么为什么它有内在的蛋白水解功能?嗯,它还证明,TAU参与了应力响应系统。在其他实验室的工作表明,如果您在氧化条件下将细胞治疗培养物,则Tau进入核,以某种方式减少DNA中的双链断裂的数量。我推测,这一过程中可能涉及这种新功能,也许可能,这个功能在广告中的剩下的内部是Awry。这与我们的发现表达了这些截短的碎片的表达是有毒的。从纯粹的科学的角度来看,Tau是一个令人迷人的蛋白质,作为其正常和与疾病相关的功能仍未加工在神经元的内外。

所以我可以澄清一下– is tau’S蛋白水解功能,您认为应该在核和疾病状态下仅功能’在核外发生?

是的。然而,可以存在Tau蛋白水解活性的其他正常功能,以及我们未考虑的细胞内外和外部。

好的,那么oligomerix如何使用CDD拱顶?你为什么选择CDD拱顶?

我们选择了我们所看到的其他包裹的CDD拱顶的原因之一是我们认为CDD适合,鉴于我们’重新实体,我们没有’想选择我们认为大制药能够肌肉肌肉肌肉的注意力。所以我们认为它们与我们的规模很好,他们拥有我们需要的所有功能。实际上,他们的客户服务已经是示例性的!

我们如何使用它?好吧我们’RE使用CDD Vault作为将化学结构存储的一种方式,作为搜索它们的一种方式,作为存储我们所有的测定数据的一种方式。我们’还使用它来完成计算,用于分析我们的数据,用于创建报告并将数据传达给他人,然后也非常重要地与合作者合作。所以’对于所有这些目的都是乐器。当我们进入合作伙伴关系时,我们期待着我们自己和我们的合作伙伴公司能够访问一些相同的数据并将数据贡献到同一数据库中,CDD Vault对此非常有用。另一个主要问题是拥有一个数据库,我们在我们的分子上具有更好的安全性。

而且你认为,你有更好的安全性与CDD Vault这样的云托管解决方案比你可能在内部?

我想,是的。

并用合作伙伴安全地交换数据?

是的。

所以,我必须问你是否’曾经去过Dropbox选项?

我们需要更强大的药物发现能力,而不是仅提供文件Exchange文件夹提供。但是,我们现在使用Dropbox进行标准文件。

但它没有功能?

是的,基本上。我们还使用Merrill数据库进行数据共享,并具有我们放入Merrill数据库中的大量其他类型的数据。我们只是因为它而保持打开’鉴于我们相对于较大的公司所说的数据量,非常有效。您知道,这些是我们在oligomerix的两种基于云的托管解决方案; CDD拱顶和美林。然后还有很多我们’在内部进行。我们正在寻找更多方法来利用云杠杆,但与此同时我们希望聪明地执行它,所以我们’在我们实现它的情况下,重新谨慎,并且仅使用具有与CDD等可信曲目记录的提供商,这已经一直安全地托管敏感数据。

所以,你多久了’一直在使用CDD拱顶?如果你愿意,你能枚举你喜欢的一些事情和你希望的一些事情要么是你认为的未来升级或事情,如果他们被解决,使产品更好。

是的,我可以轻松地想到我们喜欢的两件或三件事。我认为搜索功能非常有用。我们’对那些人感到满意,也很满意我们创造的报告。此外,能够轻松更新协议。它’S也一直很好,因为我们开发新的测定,然后设计它们,以便我们可以用它们来计算 IC50‘s和派生参数。我也真的很喜欢物理化学物质存在,所以你可以,如果你’重新制作报告,查看您想要的那些。

您使用CDD保险库多久了?

让我们看看,我’m试图准确思考。我们现在使用CDD Vault第三年。

对,你做了大多数按化合物为中心的搜索或以分析为中心的搜索?我的意思是,你最常使用什么样的搜索?

我们有许多复合和测定的搜索。一件事我们避风港’T完成,是,将大量成像数据放入CDD保险库中,但是这一点’s something I’d将来想做。我们确实有那种数据,你知道,但是现在人们分开保持。一个问题,我已经与Charlie Weather谈过的是关于曲线的图表。当您在绘图上有异常值时,您可以隔离异常值,但它不起作用’t自动更改图的轴。我们没有’T尚未计算如何自动改变轴,但似乎必须有一种方式。所以,我认为,这是一个可以改善的小区域,但是好消息是你可以手动删除异常值。但是,这些都是可以解决的小事,因为我们不一样’得到了许多异常值。我告诉我的技术人员,“只是唐’有异常值,我们赢了’不得不担心它!“

当然,我打赌他喜欢这一点。好吧,您还可以描述您生成的报告吗?它们主要用于内部使用吗?

是的,在内部或与我们的CRO,我们选择性地和安全地与我们的CRO分享我们的CDD Vault。但是,我们使用密码保护创建了报告,因此,与别人这样做的不同之处,好消息与CDD保险库有关,您可以为不同的项目提供不同级别的访问权限。因此,当我们创建一个Excel文件时,如果它具有结构,我们将其保存为受密码保护的文件,然后我们将其发送到我们的CRO时’那样。然后,在单独的电子邮件中,我们将它们发送密码。我们觉得,为我们提供了一些赢得的安全性’t拦截两个消息并获得敏感信息。我们只是想认识到我们’保护我们的结构信息不仅仅是什么。

好的。那么你为什么不描述一个令人难忘的互动’最近与另一个辉煌的科学家有过吗?

好吧,当我在阿尔茨海默里’今年的国际会议,有很多关于Tau Pet配体的谈话。作为一些在该领域工作的人知道,在过去几年中,由于淀粉样蛋白成像能力,淀粉样蛋白研究有很多进展。现在,最后,Tau Pet配体可获得并正在验证。当您在同一脑中看淀粉样品和Tau成像模式时,您可能具有淀粉样蛋白病理学和TAU病理学。如果你看看两种病例重叠的地方,你会看到备用区域。因此,换句话说,由于这种低连接或浓缩蛋白质聚集,存在在这些区域中失去功能的可能性。没有人真的证明了这一点,但是当我与出现的首席科学家交谈时,他向我指着那些地区,我认为这是非常令人迷人的,因为它意味着那里’在同一区域发生两种病理发生的地方发生了许多神经元损失。我觉得那样’言语关于疾病机制的些什么,也许这两种病理都是突触损失所必需的。我认为它’因为对于这么多年,研究人员一直在努力了解这两种病态之间的关系。所以我想我们’最终开始通过这种新的成像数据变得更加清晰。我发现的是惊人的,那天坐在那个大厅里,看到了很多良好的Tau成像数据的演示,这都是新的– it’这个房间里的每个人都有新的。这些是世界 ’在Tau成像的专家和听到他们,坐在那里,看到它,与其他人同时,它觉得,哇,它’s almost like you’抬头看路,你知道这些是要帮助我们的工具。他们’再次帮助我们发现实际可以治愈或减慢或停止或停止或逮捕神经变性的治疗’非常令人兴奋。什么是一种对待,作为科学家,坐在那间房间里。

您对您的研究使用了哪些技术?为什么?

当我们踏上这个项目时,我们开发了一种新的接近筛选测定,我们能够筛选大型化学文库,然后使用细胞测定作为二次屏幕。然后,为了证明我们的筛选测定是选择在体内工作的化合物,我们进行小鼠研究。然而,鼠标研究的问题是没有人’任何真正重新承认阿尔茨海默病的鼠标模型,所以你’只考虑疾病的机械部件。在我们的案件中,因为Tau是我们的目标,我们正在寻找跨部落模式。现在,这些模型中的九个含有正颞痴呆症的突变与阿尔茨海默氏症完全无关紧要’s disease so that’缺点之一。作为疾病的机械部,而不是整个疾病,那’另一种缺点。但与此同时,如果您可以在其中一个模型中展示’从头开始你的目标,那么它也成为一种让你的其他利益相关者说服的方式’在潜在的治疗方法开发了一些有价值的起点,可以进入临床发展。因此,体内研究实际上是建立对潜在合作伙伴的信心的一种方式,证明验证的验证证明,即您的筛查分析是信息性的。

那么你如何在你的小组内协同工作,你可以告诉我任何与他人合作,什么样的工作,什么可以更好?

嗯,广告项目如此复杂,你必须协作地工作,因为没有人有足够的技能来做它的所有不同方面。我们有很多学术合作,虽然我们’ve开始限制那些,现在我们’主要与CROS合作。与学术组织合作的一个问题是他们不’T想要为服务和投资者提供费用’我想要为我们的一切谈判许可证’re发展。以便’为什么我们开始使用CROS更多工作。我们预计与合作公司的合作努力,我们打算做大部分生物学和一些化学。希望,合适的合作伙伴将通过他们的CRO网络进行大多数化学或化学。如果我们,这将是非常有吸引力的’重新与主要制药公司合作’再做一个Adme,P.K.和长期毒性研究,让我们能够互相搜索’在任何共同开发的IP周围的数据库。所以我设想这样做的方式是我们都使用CDD Vault进行更大的项目。以便’肯定是我的东西’卖掉了我们’期待将来期待着。

您是否有任何协作方面,您可以在CDD保险库之外,或者您希望将来进入CDD金库?

那里’没有任何我现在可以想到的东西。但我当然可以要求我的小组看看是否有其他人在我们的CDD金库中有任何想法,因为他们可能有建议,或者在我们参与更大的制药协作时可能会变得显而易见。他们可能有一些功能’re习惯了我们自己的数据库’例如,甚至知道存在。但是现在在那里’没有什么来的​​。因此,它在这个阶段满足了我们的需求。

我可以问一下,你有没有为你定制的东西?有你说过‘如果我们能够完成这种方式,并且CDD Vault已经到了这个场合?

我不’认为我们必然有定制的东西,但我认为查理(WeatherAll)在确定如何最佳设置CDD Vault时帮助我们,如何导入我们的数据并自动关闭所提供的原始数据我们的方式’重新运行我们的实验。这需要一定数量的来回来获得它。所以我想他’S一直非常接受我们需要做的任何事情,而且’s been good. We’然而,在这个时候没有大量进入计算建模方法,这是我们可能更加重视未来。我们已经达到了我们标准化了许多方法的地步,现在我们’强制执行最佳实践,以便人们不’T改变方法,换句话说,我们有S.O.P.’签署的S签名,您必须使用这些试验时,当您在许多不同的化合物中查看这些参数时有帮助。因此,一旦您开发并完全验证了测定,您就不必担心随着时间的推移而变化。这只是一个问题,但与我们这样的公司有价值吗?’T需要拥有Merrill数据库,因为它们可以在一个数据库中获取包含版本控制和审计跟踪的CDD Vault中的所有数据库,我的意思是’有些东西可以想到,但是,为了将来的升级升级。

所以更多的IP样模块?

是的,您可以在您的所有文件中放入所有文件,您知道,您所知,所有的合作者报告,如此。我的意思是,在Merrill数据库中,我们在我们的实验周围有一篇文章,我们有笔记本参考,我们得出结论,你知道,所以他们不知道’占据了很多物理空间,以至于这些aren’T非常大的文件。一些成像文件可能非常大,但总的来说,它们不是很大的文件。所以如果CDD Vault是在该功能中建立CDD Vault,那么像我们这样的公司将不会’T需要有一个Merrill数据库。

电子实验室笔记本电脑朝着那样了多远?

就是那个’我认为是解决方案。现在我们的笔记本是物理笔记本,但它们’例如,重新扫描。所以,我们正在评估 电子实验室笔记本 这时,但我们避风港’决定采用一个。

您知道2016年,CDD正在开发一个功能齐全的电子笔记本吗?

没错,我们’d想认为我们肯定会得到评估。我认为我们知道我们必须迁移到电子格式,因为我们开始与大型药物合作时的某些地方’s更容易他们与我们界面。我们不’如果我们有苹果和橘子的情况 ’凭借它们的方式,重新尝试比较事物并创造对合作的抵制,或者我们正在处理信息,所以这很重要。我也见过,即使扫描的笔记本电脑也非常有用,因为你知道,它’S比将信息放到备用抽屉,拔出笔记本并查找页面时更容易访问信息。所以我们’在这些方面的现代化,并且有兴趣看到CDD Vault eln被推出时。

好的。所以,我对贵公司谁使用CDD的过程有一些问题,他们登录的CDD是多少次登录的?谁搜索?您是否以不同的方式使用CDD Vault的不同功能?喜欢,你有你的生物学家正在计算曲线,你让你的药用化学家做他们的sar挖掘…贵公司的人使用CDD的不同角色或方式是什么?

我们的生物学家进行筛选测定并将数据导入CDD Vault和我们的药用化学家和科学家搜索和分析数据。我们还定期会面,通过所有功能区域的循环。当我们拥有这些时,我们使用CDD万库生成用于将项目状态传达给整个团队的报告。所以我们’重复使用它对于内部报告,然后也与外部报告一起使用。

然后他们如何安全地获取信息?

它们向我们发送了SMILES代码的加密文件,然后我们将其纳入CDD保险库。它’S SOMET FOOK OFF很好。我们正在使用来自Fox-Chase化学多样性中心的Allen Reitz,他’备受尊敬的药用化学家。

您是否在CDD Vault(CDD Vision)中使用新的可视化模块?

是的。我们已经开始使用它来制作这四个维度的情节’实际上非常适合沟通我们的化学空间。事实上,我们在阿尔茨海默姐妹们有一张海报’S协会国际会议,我们在海报中包含一个彩色地块,直接从CDD金库。我认为这是一个非常良好的沟通工具,一些人来到了大型制药Med Chemist-yey,他们对情节非常感兴趣。因此,与他们跨越与药物相关的多参数进行沟通是一种有用的方法。我们’d想扩大那些早期分析,因为当然,我们在使用它时非常新手。我今天在查理看到了’介绍,我们可以通过多种方式增强我们对它的使用,给出了新的可视化模块真正的强大。现在建模功能非常有趣。我们确实经历了这个,只是为了看看它是如何工作的。我可以’T给你一个答案是预测的。我可以’t告诉您该模型是否有效地发现命中,因为,我认为我们首次尝试了这样的有限模式,我们尝试过它,是模型是否有效或不是没有’这很重要。它更像是建立模型的经验的概念。但我想做的就是尝试建立一个模型,以用作分离来自异常单例的真实趋势的方式。我们的测定中有许多单身人士有趣,我们’完成了三个工作。我们大多专注于一个系列,因为当您有一个系列时,您对底层信号有更多的信心。当我们演出了十万个化合物的大屏幕时,我们的一些系列中的一些赛中有很多击中。所以如果你’重新获得三十或四十次点击,所有相同的结构化学型,更容易关注那里。但我们也发现了我们在单身人士所做的有限工作中取得了一些成功。所以问题是,而不是尝试在许多单例周围做综合,我们可以使用CDD建造模型进行一些虚拟筛选,并将其中一些单例比其他人更有趣,也许可以帮助我们优先考虑它们。所以我’D喜欢看那是否有效。

另一件事是,现在我们有一个领导系列,我们’与一些药物讨论我们是否可以进入他们的数据库并拔出我们可以测试的类似结构。所以我最爱的第一件事之一是在这些结构上运行经过验证的CDD模型,以查看是否有任何命中率。然后,布丁的真实证明是,如您所知,请在该测定中工作?以便’真的在哪里看到模型的潜在用途。什么会使模型有效的是它可以预测的能力。但它没有’意味着它必须预测一切。如果它’S预测子集,它在方向上指向您,即使它也会有用’没有完全预测一切。因为我们使用多种方法来解决这些难题,用于寻找阿尔茨海默病的药物类化学系列。所以,我觉得在别人周围,无论如何,往往会被忽略,这将是我的一个领域’d想尝试更多地使用更多的建模。当然,你知道我的背景是分子生物物理学,这让我不怕或犹豫使用建模功能。

您的研究努力是否有利于您使用CDD保险库?

绝对,我们的研究努力利用CDD拱顶了。这是一个非常有用和有利的体验,我推荐高度潜在的用户。此外,我期待着看到您计划推出的其他一些模块,包括电子实验室笔记本。此外,我想花这个时候感谢您和谷仓为我和oligomerix参加聚光灯!


此博客由CDD Vault社区成员创作。 CDD Vault是一个托管的 药物发现信息学 安全地管理私人和外部生物和化学数据的平台。它提供核心功能,包括 化学注册, 结构活动关系, 化学库存, 和 电子实验室笔记本 capabilities!

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