CDD聚光灯采访南非开普敦大学罗尼特·索尔顿

2015年9月15日

“当然,生物学家和生物团队不仅仅是欣赏CDD金库。我认为,关于生物团队中的每个人都发现CDD金库对我们来说非常有用,我的意思是,我不能强调这一点。如果我们可以在一个空间中完成这一切,它可以帮助我们的整个团队。它是18个月进入生物学,它只是在增长,CDD金库提供一致,共享,安全的环境。这真的很重要,因为我们生成更多数据。“


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罗尼特雪松了
南非开普敦大学MMRU中H3-D筛选技术人员
多次结核病研究和药物发现联盟的贡献者

星期三,2015年6月24日,罗尼特·斯德顿(Ronnett Seldon)在南非大都会大学(UCT)的传染病和分子医学研究所(IDM)的筛查技术员以及我们对合作药物的使用Discovery CDD Vault平台。

Ronnett由H3-D药物发现和发展中心(Kelly Chibale,Director)雇用,但她与结核分枝杆菌的作用,导致结核病(TB)的细菌意味着她在分子细菌学研究单位中花费她的时间(MMRU ),它由Valerie Mizrahi教授指导。 MMRU的目标是通过应用综合遗传,生物化学和生理方法来解决结核病耐药性,持续性和代谢脆性,以研究TB的生理和代谢。作为主要筛查技术人员,Ronnett在UCT的TB药物发现的前线,促进了来自账单资助的拨款的几个主要联盟的研究&Melinda Gates基金会根据TB药品加速器计划(HIT-TB),欧盟第七框架计划(MM4TB), TIA(技术创新机构)和南非医学研究委员会(通过战略卫生创新伙伴关系计划)。

H3D是非洲的第一个综合药物发现和发展中心,是位于开普敦大学。 H3D的使命是通过表演最先进的研发和促进基础科学与临床研究之间的差距,发现和开发创新药物以获得非洲大陆和超越的未满足医疗需求。我们拥有与当地和国际政府,制药公司,学术界和私营部门的合作伙伴关系,以及非营利性和慈善组织,同时培训科学家成为该领域的世界专家。

 

CDD支持开发鲁棒,中产量,小分子传染病生物学测定筛选方法,用于TB药物发现。 Ronnett的工作和密切参与CDD的Anna Coulon Spektor简化数据上传,开发和实施自定义曲线计算宏,为其他联盟成员提供了一个模型“PlayBook”。他们可以使用仔细制作和保存的模板,不仅可以将数据上传到Consortia数据库,而且还可以尽可能无缝地使其协作体验。可提供可定制的宏和CDD技术支持,每步都可以促进多个大陆的合作。


受访者采访了 合作药物发现,Inc。
当你加入H3-D时,他们已经使用了CDD金库?

是的,CDD Vault是一个中央数据库,所以每个人都可以访问数据。我现在一直在这个项目18个月,我运行了一种剂量 - 反应抑制测定,产生了大量的数据分析。我曾打算使用GraphPad Prism或Stata进行我的分析,其中我必须定义控件并使用4个参数逻辑回归对曲线生成。对于大数据集,这需要很多时间。我有临床微生物学研究研究的经验,因此我有一个公平的大型数据集经验。

在将数据上传到CDD时,我注意到CDD Vault的帮助部分中,该平台具有用于处理和分析数据的自定义4参数逻辑回归。这已经改变了,一大批,效果更好,我需要上传和处理数据的时间。 CDD Vault不仅仅是我批量上传数据的数据库,而且我实际上使用它来分析和处理所有数据。

 

在使用CDD Vault进行分析数据之前,您是否正在使用GraphPad或其他内容?

试验刚刚得到了优化,我们正在使用该分析来看待Excel中的数据,但我意识到所产生的计算是不准确的,因为我们没有考虑来自控制的数据,因此它只是一个估计,只是绘制Excel曲线。我的意图是使用GraphPad,但我从未去过GraphPad,因为我找到了CDD Vault。对GraphPad可能需要我一小时,因为我必须自己做所有的注释,而这一切都促进了CDD算法。

 

使用CDD Vault您需要多长时间才能完成相同数量的分析?

由于CDD通过宏促进了整个上传过程,因此在批处理模式下运行分析是自动化的。目前,我确实花费了相当多的时间仍然处理注册,但这是因为我们尚未标准化了我们的注册格式,我们正在执行此操作,然后一旦我们定义了,那么这也将自动化。这个过程。我们正在忙于创建一个Web界面,其中化学家以可转换为宏的格式,化学家将其复合细节上传,但是一旦我将其加载到宏中,它就需要2-3分钟。我的大部分时间都花费了处理原始数据,以使其在化合物的注册方面将其上传到宏,但从那时开始,让我们说10分钟的原始数据的微型板,它需要至少10倍使用尚未自定义为此数据输出的应用程序。

 

学习如何使用曲线发生器需要多长时间?您是否有支持CDD Vault技术人员学习如何使用它?他们是否为您的数据进行了自定义脚本或宏?

是的,绝对,他们做得很好。我通过电子邮件联系了Anna Coulon Spektor,最初写信给她,只需一些技术问题,以确保我对输出的理解是正确的,并且从在线描述中对我所需要的是有效的。我们来回有几封电子邮件并确认它适用于我的数据,因为我想象着,我们在线会议,宏已经到位,所以我认为在1或2个在线会议内与安娜在线会议之内用它上传和分析数据并生成报告。她的支持一直很重要,仍然是,这是惊人的,复杂的批量数据分析如此快速且简单,常规高效,具有最小,聚焦的相互作用。它有助于她在线帮助资料。

 

您是否可以使用Graph Pad无法完成的数据,您可以使用附加功能吗?

我还没有探索任何其他软件,因为从CDD Vault应用于我的主要测定的曲线生成算法实际上是我现在所需要的。但是我们联系了Anna另一项试验,我们正忙于优化,这将完全不同的数据格式。我们基本上等待样品数据,以便我可以与她在线在线见面并与之玩。我不知道在哪里可能导致,因为它可能不适合我们,因为该测定是报告基因测定,但它还报告了必须在最终分析之前未包装的基因表达和调节动力学。但安娜表示,她当然热衷于评估CDD Vault也可以为这些类型的数据做些什么,我们将探讨它。

 

还有谁看出你生成的数据?

药用化学家。他们使用拱顶共享复合数据并搜索数据库。我们与安娜有一个即将到来的在线会议,以解决一些关于他们希望如何查看从查询返回的数据的请求,以使其使用它更加令人满意。有挑战有关复合筛选日期的挑战,但在与安娜的讨论中,似乎问题是我们对协议的定义,而不是在平台本身,因此我们将在线会议解决我们定义协议的方式来解决方案,基本上定义了许多不同条件的一个协议而不是许多不同的协议来简化分析。

 

您多久有一次失败曲线生成宏的数据以及系统如何通知您可疑数据记录? CDD拱顶中有什么意思以单独注释该数据?

我唯一有数据展示我们最近经历的非典型曲线的数据是针对特定的化学系列或化合物。它很少发生我的国旗异常值,所以我没有真正需要做那种故障排除。对于最近提到的化合物,我只是在评论部分的最终报告中标记这些化合物。它非常简单。

 

上传数据时,CDD Vault是否会给您发出任何异常曲线,或者您只能通过目视检查找到吗?

因为数据是预处理的,在上传之前,你通常可以判断出了什么问题,谢天谢地告诉你,当点不允许生成曲线时,它会说出“无法生成的曲线” IC99曲线'或“无法生成的数据和IC99值”,但在几乎所有情况下,它不是具有问题的数据,而是我在预处理数据中的错误。

 

每天一次使用CDD Vault吗?

这取决于实验室工作的节奏。在过去的两周里,我每天第二天一直在线。通常,我至少有数据至少每隔一周处理和分析。但最近我们在筛选的化合物数量上有一个相当迅速的增加......在过去的9个月中,我们从100%增加到400%的增加。在过去的9个月中,我们的工作量增加了400%。这意味着我运行了两个直周收集数据的测定,然后我花了两周的分析数据。在此期间,我至少每隔一天都在CDD拱顶上。

 

您是否有能力在测定的生命周期内生成报告?

我这样做,但我不需要。这是一个14天的测定,我在7天和14天阅读它,以便我可以比较,但我只需要在14天的测定结果上处理,分析和报告。

 

在项目的生命中呢,看看测定的任何方面是否随着时间的推移而变化?你能分析趋势吗?

我可以,是的,我可以虽然不是必要的。我可以轻松地在过去几个月里经过5次运行的复合的报告,并确定是否存在任何趋势。我认为CDD Vault在那种报告生成时表现得很好。

 

您是否在CDD愿景中查看了所有人,以查看可以使用数据进行哪些分析?

是的,我们预定与安娜会面来修改报告处理,以获取愿景的教程,我理解将记录呼叫,以便我们可以回到团队的其余部分。这真的很难同时让我们共同,因为我们在许多校区蔓延,但很快就会发生这种情况。

 

您是否参与了分析超出IC50曲线的数据的分析?您是否参与了药用化学家在分析生成的数据的SAR时?

是的,但这不是我的主要作用。我们在CDD Vault中查看所有数据,并围绕正式击中评估进行讨论,达到铅评估。

 

您目前使用什么来查看这些分析?使用哪种可视化平台或应用程序?

我认为联盟的一些成员都有他们的个人数据库和数据分析和报告生成平台,因此他们可以分析他们需要使用其他平台,而且还在CDD Vault上加载数据。他们目前正在寻找在他们的方法中创造某种形式的统一性。看到他们在SAR上呈现的图形方法的类型,对我来说非常令人兴奋,即CDD愿景可以做到这一点,我们可以在一个地方做到这一切,所以我非常热衷于他们被引入CDD愿景。在一个地方拥有它会很棒。

 

对于您的目标和您的类型,您可以查看CDD中的公共数据集,以查看潜在的公共数据集的相关性吗?

频繁发生但再次发生是药用化学团队的产出。我从我们团体会议上的讨论中知道他们确实使用它们。

 

Consortia的其他人如何使用CDD拱顶?他们是否访问CDD Vault数据库生活在团队会议上?

我们已经看到CDD Vault作为一个整体集团,当我们与Anna达成了Anna以进行复合登记和分析议定书注册。

 

您在团队会议中使用的测定运行是否会产生报告?

当我分析它并在CDD Vault中生成它,我经常在团队成员中传播数据。当我们被要求提供反馈并回报特定化合物的报告时,我们宣传另一个工作表,所以我热衷于学习Anna如何在哪里生成报告,即使它不存在,我们也可以在会议中使用该报告为我们提供一切,除了特定的特区,药用化学家将来会产生的,但我们在那里的所有这些化合物都有生物学。我希望很快地分享。

 

联盟中还有其他组,也可以使用CDD Vault生成生物数据吗?

是的,最近有几个群体。我们在美国的合作师最近刚开始上传他们在CDD保险库中产生的生物数据。用于生成该数据的测定不需要统计分析或公式,这是一种使用截止的视觉测定。但是,我们还有几种其他测定,也产生了庞大的数据集,并且需要一个类似的,如果在未来更加强烈,算法类型。

 

他们是否与您互动,了解如何上传数据并产生曲线,或者他们与安娜直接互动吗?

他们与安娜互动,从我们的最后一次大会中。安娜是我们的“去”的人为我们的团队的大多数事情。与技术一样,跨组的一致性有用。
您是否能够通过该数据搜索或保持分开?

我能够搜索并查看该数据。

 

这有助于促进讨论吗?你谈论你正在生成的数据吗?他们正在生成?

这有点复杂。这是一个相当大的财团,因此我们产生的数据不一定在相同的化合物上。当然,总而言之,对整体画面讨论了发生的事情,但到目前为止,除了最近,没有任何差异,药物化学家将从报告中接受任何差异。

我认为,目前,CDD拱顶的使用对于药用化学家和生物学家来说显着不同,因此对于每个互补需求而言,它很好。

 

联盟多久会聚一次并讨论数据?

整个联盟,我们每年有2大会。它真的对于两种不同的联盟,这是一种大规模的努力。大联盟内部有联盟。如果您要提交目前在我的仪表板上列出的项目,其中一些是Pharma以后的药物开发数据,有些是早期的研究数据。

 

组联盟的所有成员是否使用CDD Vault并以这种方式将其数据上传到同一CDD保管库数据库。

据我所知,是的,这是意图。

 

您是否使用过CDD拱顶进行几种不同的生物学测定?

迄今为止,我们有一个测定的分类,它们包括我上传到数据库的两个主要数据类型。我们有一组随访屏幕,已知的TB突变的反屏幕,其具有比色读出,但是我们已经开始使用了荧光分子,并且我具有第一屏幕,其中我具有荧光读数。我设计了板布局与我的第一个屏幕相同,我已经比较了数据,看起来很好,看起来值相关,所以我将使用CDD万库处理该数据。

 

您是否曾使用过各种类型的测定,并在这些不同的数据类型中无缝地执行CDD Vault?

是的,现在。 Lux测定,一种荧光素酶报告菌株,因为它融合的方式非常接近另一个基因的上调,并且有所有动力学都会解压缩它可能需要比我们现在所拥有的算法更多,但我当然需要更多。希望能在同一个地方做到这一切。我认为,关于生物团队中的每个人都发现CDD金库对我们来说非常有用,我的意思是,我不能强调这一点。如果我们可以在一个空间中完成这一切,它可以帮助我们的整个团队。它是18个月进入生物学,它只是在增长,CDD金库提供一致,共享,安全的环境。这真的很重要,因为我们生成更多数据。

 

如果您可以在CDD Vault中考虑一个功能,这将使您的工作上传,分析和报告生成更容易,那会是什么?

现在我现在导出我分析到CDD Vault的Excel格式的每个数据集,然后我通过电子邮件发送并传送该文件,以便我积累了相当大量的数据文件及其完全不必要的,因为所有数据都是不必要的可从数据库中获取。所以CDD Vault可以做些什么来促进用留言板。然后,人们可以轻松继续CDD拱顶,以便在同一个地方找到所有数据。我认为这就是我们将在与她的未来会面上与安娜一起工作的。

 

CDD保险库有什么方面,你认为在你的工作中最有价值吗?

是的在线定制分析对我最有用。它不是一个罕见的分析,当然还有其他平台和应用程序,我可以进行分析,但它很容易为我为我定制这个输出是一个巨大的好处。只要我们的测定设计为我们的宏,就没有任何东西可以做到,我实际上上传了,并在另一个统计分析计划中这样做,上传了从宏生成的CSV,这对我来说是一个巨大的好处,我目前每周测定大约250个化合物,如果我不得不在没有为我定制的平台中单独分析,我永远不会回到实验室。

 

您是否在CDD Vault中使用了任何通知功能?在上传数据时通知药用化学家?

不,目前不是因为我没有时间。如果我与团队合作,那支球队有10名药用化学家,每个化学家都会给我一个数据表来运行,即10个项目,所以现在更容易用他们的化合物向数据表发送回报数据表但是,理想情况下,它都可以在数据库中有效地在数据库中来回通信。人们自然习惯于看Excel床单。

 

当您多次运行复合时,您可以很容易地查看该化合物的所有先前运行值吗?

是的,我是,当我搜索一个化合物时,我可以看到所有的运行日期。它对化学家来说比对我更有用,因为它们总是有兴趣将最新结果与以前的结果进行比较。
最后 - 如果你得到那个模块,你是否使用CDD Vision预见了自己?

绝对地。我对Anna向我展示的内容留下了深刻的印象,因为报告产生职能和我从化学家看来的演示文稿也对他们有用。

由于项目的成长方式,由于工作量增加,以及研究环境,多个资助者,我们正在达到那个阶段,我们将被要求获得年度报告,并且那种报告生成功能的类型是令人难以置信的有价值的,并将节省大量的时间。


此博客由CDD Vault社区成员创作。 CDD Vault是一个托管的 药物发现信息学 安全地管理私人和外部生物和化学数据的平台。它提供核心功能,包括 化学注册, 结构活动关系, 化学库存 , 和 电子实验室笔记本 capabilities!

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