CDD保险库更新:剂量 - 反应Aredordinaire

CDD保管库更新标识
2013年8月30日

此版本带来了许多追捧的增强功能 剂量响应曲线 拟合,例如覆盖IC50和各个曲线约束拟合参数。还有更多;继续阅读以找出答案!在所有这些功能的生物学家中,我们为化学家添加了一个新功能,尤其是:保留拉伸的分子取向。

用于化学家

保持分子取向和注释

化学家在此版本中只能获得一个功能,但这是一个好人!从Molfiles导入化学结构现在将保存并渲染该表示捕获的所有细节,包括注释和方向。

  • 从SDF文件导入的新分子将被存储并使用MolFile结构的绘制完全相同。将剥离盐和水合物,核心结构将被中和。
  • 当使用Chemaxon Marvin结构编辑器编辑现有分子时,将根据您所做的编辑保存并显示新的Molfile结构。
  • 执行子结构搜索时,结构将基于查询结构的方向对齐。
  • 导出到SDF时,将使用您导入的原始MolFile(如果可用)(减去盐和带有注册系统的拱顶中的水合物)。

在可能的情况下,我们正在恢复用于导入现有分子的Molfiles,因此在此版本中的一两天内,您可能会看到您在导入时完全呈现的全部或大多数结构。

一个保证说明:在没有更改的情况下,将继续支持SMILES格式,因为对所有结构导入的结构验证 学到更多.

对于生物学家

数据标准化:增长而不是抑制

如果您执行测量增长而不是禁止的测定,您在CDD Vault中看到的值和曲线可能是您想要的反比力。好吧,现在你可以创造正确的计算,而不是在看着地块时站立在你的头上。除了将原始数据标准化为计算控制百分比或抑制百分比,您可以计算“100% - ”这些值。在定义单点数据或剂量响应计算的标准化读数时,此归一化选项可用。

下面的示例屏幕截图显示了剂量响应设置的一部分,但在这两种情况下表单看起来非常相似。

逆

对于剂量响应数据,这将基本上翻转曲线。

inverse_plots.

覆盖IC50,MIC,EC50,& Co.

当曲线拟合产生数学上正确但生物学无效的结果时,您现在可以选择覆盖计算的剂量响应值。也许这是化学家的一个特征:毕竟:它将帮助他们解释那些特别糟糕的曲线。

可以手动更改计算值:

  • >最大浓度。测试(例如“> 10uM”)
  • < Min Conc. Tested
  • “无法计算”
  • “不要覆盖”(恢复自动计算)

覆盖功能可通过Dose-Response Mini-App获得,当您单击“搜索结果”表中的绘图时,或在“标志异常值和覆盖”链接下方时,在新窗口中打开。

IC50_override.

别忘了拯救你的变化!

已覆盖的值将在搜索结果中出现斜体和下划线 - 如果您在过去的曲线中删除了异常值,则此格式将是熟悉的。此外,使用协议搜索选项易于找到这样的值。

search_overridden.

约束参数范围

在设置剂量 - 响应计算时,您已通过协议中的所有曲线均匀地锁定单个拟合参数。现在,您可以将参数限制为范围,但允许它们在该范围内浮动。

新选项可在剂量响应读数定义的同一部分中提供。除了现有的确切数字(“=”)选项之外,您可以定义显式范围(“来自”)或较低(“≥”)或较低的(“≥”)或较低(“≥”)或三个曲线适合参数中的每个(“≤”) 。

protocol_fit_ranges.

例如,如果您希望抑制测定中的所有曲线都有正斜率,可以将山坡​​斜率设置为≥0。

曲线钳工将像往常一样优化参数,除了它将强制执行您指定的范围。

单个曲线适合参数

通过明确定义的协议级别参数约束,大多数曲线应适合正确。但是,如果您需要进一步改进参数约束,则可以为每个单独的曲线执行此操作。

此功能在Dose-Response Mini-App中找到,以及计算值覆盖。

batch_run_fit_parameters.

如果存在协议级参数约束,则它们将自动为每个曲线填充它们。然后,您可以使用新的一组参数覆盖这些默认值,或通过清除值来选择浮动参数:可用选项镜像协议级别可用的选项。

bate_run_range_options.

最小活动门槛

您现在可以设置最小活动阈值,以便不计算出于活动不足的化合物的伪造商IC50。相反,这些曲线的报告值将是“>最高的测试浓度“。此设置是剂量响应读数定义的一部分,有两个选项:

  • “超过3个标准偏差与负​​面控制意味着”。“对于在CDD Vault中的控件归一成的原始数据,可以根据导入的负控制值设置为浮动。
  • “自定义”设置可用于任何曲线适合。

Activity_must_be.

95%置信区间

通过曲线验证和QC步骤后,可以检查计算值的统计置信度。

95%置信区间的上限和下限与其余曲线统计一起提供。您可以通过上下95%的CI限制过滤掉协议结果:

search_confidence_intervals.

然后自定义报表选项以与IC50值一起查看:

customize_your_report_confience_intervals.

有信心如何!

请参考 剂量响应工具包 在我们的帮助现场,了解在保险库中设置剂量响应计算。

其他值得注意的增强

防止与拱顶设置共享的意外分子/批次/板

我们添加了一个Vault设置,以防止在导入数据时无意中共享化学资源。你们中的许多人都使用多个合作者,其中意外共享知识产权具有严重后果,因此我们默认情况下已打开了这一点。导入验证报告将显示作为可疑事件的共享:用户必须明确接受该事件。

restergetted_sharing.

此前,CDD将把您的注意力作为一个值得注意的事件,但不需要明确的接受。如果您更喜欢此,Vault管理员可以更新设置。

设置

未选中此框时,共享是自动的,并且值得注意的事件用作分子/批次或板在项目之间共享的警报。如果共享事件是无意的,则可以使用“拒绝”选项覆盖它。

注意到

较小,更快的Excel Exports

这里的标题描述得很好:当您使用许多图像下载详细的Excel报告时,导出的文件的大小较小,需要更少的时间才能下载。

化学特性显示

我们整理了所有计算化的化学特性的格式,使它们在整个网站和文件导出中保持一致。