想要3D视觉吗?蛋白质数据库(PDB)配体结构现在居住在pc蛋蛋彩票平台appVault®(第1部分)中

pc蛋蛋彩票平台app保管库更新标识
2015年8月26日

想要3D视觉吗? PDB配体结构现在居住在pc蛋蛋彩票平台app Vault中

来自pc蛋蛋彩票平台app倡导者的访客博客:Dale Cameron博士
第1部分

最好的药用化学家可以在3D上思考他们设计的化合物(无论是在没有和存在分子靶标)。他们理解,3D结构是动态的,依赖于他们的环境,并且对于优化候选物业来说很重要。

配体 - 目标共结晶数据可以增加传统结构活动关系分析。现在,您可以使用来自蛋白质数据库(PDB)的最新配体结构集体考虑pc蛋蛋彩票平台appVault®中的所有权数据。公开的结构信息的数量继续迅速增长(图1)1虽然RCSB进行了寄存在此数据的奇妙作业,但对于小分子药物发现分析(以及想法生成),可以在其中以配体中心格式(如pc蛋蛋彩票平台app拱顶)提供。此外,可以将结构与您自己的数据或其他公共数据集进行比较,例如来自PDSP的GPCR配体,来自ChemBL和GSK PKIS组的激酶配体,或者与可以通过许多供应商购买的类似化合物。请参阅完整的公共数据pc蛋蛋彩票平台app,包括来自PDB公共数据集的配体的关键结构信息 这里pc蛋蛋彩票平台app拱顶.


图1: PDB全结构年增长率。 Ligand结构现在包含在pc蛋蛋彩票平台app Vault中作为实时链接,并完全搜索。

pc蛋蛋彩票平台app保险库的商业用户可以在与自己的数据中一起对这些重要化合物进行查询和分析。 pc蛋蛋彩票平台app已捕获有关配体及其蛋白质(或其他)复合物的关键信息,直接从PDB提取,并在指尖中提供。来自PDB的所有配体都在一个地方进行整理,因此您可以在感兴趣的结构上直接找到链接的摘要信息。今天尝试一下,如果您对可以存储pc蛋蛋彩票平台app Vault的其他关键数据有建议,请告诉我们,因为该值作为使用该软件的参与合作者的数量的函数。 pc蛋蛋彩票平台app努力融入科学界最有用的信息,即使当然,大多数数据仍然仍然保​​持安全和私有。在第2部分,我们’LL分享如何在pc蛋蛋彩票平台app Vault中使用此惊人的新数据的示例,其中一些有用的屏幕截图可以让您入门– 点击这里 订阅我们的博客并获得第2部分。

1.贝尔曼,H.M.核酸Res。 2000,28,235-242。


此博客由pc蛋蛋彩票平台app Vault社区成员创作。 pc蛋蛋彩票平台app Vault是一个托管的 药物发现信息学 安全地管理私人和外部生物和化学数据的平台。它提供核心功能,包括 化学注册, 结构活动关系, 化学库存, 和 电子实验室笔记本 capabilities!

pc蛋蛋彩票平台app保险库:药物发现信息学您的整个项目团队将拥抱!