CDD在智能化学结构浏览器上授予第1阶段SBIR Grant,用于药物发现和优化

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CDD在智能化学结构浏览器上授予第1阶段SBIR Grant,用于药物发现和优化

伯灵名,加利福尼亚 - 2019年7月15日 -  CDD Vault Web的药物发现信息平台的协作药物发现,宣布他们荣获来自NCATS的竞争性同行评审阶段1 SBIR授权,标题为:“用于药物发现和优化的智能化学结构浏览器”。

Collaborative Discovery,Inc。(CDD)建议开发一种新颖的智能数据浏览器,使得药用化学家能够以直观的方式更有效地浏览和组织实验数据 - 首次匹配他们的精神映射包含化学铅系列的密切相关分子之间的关系。

我们的方法的关键创新是一种基于格子的新颖方法,我们构思了代表铅系列中分子之间的关系。天真的算法远得太慢,需要时间来构建几百个分子之间的合适关系图。我们估计我们的方法将在几分钟内(在同一硬件)中缩减到数千次,最终数百万,使我们能够创建一个令人愉快的用户体验,该体验将在隐藏内部复杂性的同时提出直观,自动化的化学超链接。晶格表示还将实现新型的先进系列数据的复杂的自动化结构关系(SAR)分析,例如自由威尔逊分析的广义形式和自动化建议,其中缺少实验数据最佳地加强对SAR的理解。在第1阶段,我们将开发晶格表示和相关算法,并证明它们可扩展地支持实现软件愿景所需的所有操作。在第2阶段,我们将建立完整的应用程序,开发进一步的分析方法,并使用外部合作伙伴测试。

一些假想分子的例子
铅系列(顶部行)中的一些假想分子的示例及其与其彼此的关系和未显示的其他分子。

通过和扩展牵头系列以发现最佳的药物候选者进入动物研究,临床试验包括药物发现管道的关键阶段:大型后续投资的成功取决于做出正确的决定。这个阶段还特别强调了创造性和直观的思维。有助于科学家从事此任务的现有软件按格式列出数据,使其难以组装和比较快速探索如何进一步优化承诺候选人所需的基本数据所需的基本数据。我们建议的智能浏览器代表了一种高度创新的解决方案,基本上将“超链接”化学空间。它将允许化学家在与他们直观地映射到头部的心理模型中的相同途径之后的化合物中容易导航的化合物,并立即创建包含正确实验数据的紧凑型表来回答问题探索任何特定途径。这些能力依次使药用化学家能够做出更好的决定,以便在实验评估其药理性质的昂贵的测定中合成和提交哪些新化合物。由于只能测试有限数量的化合物是可行的,因此在这个阶段的更好的科学决策可以显着增加毒品候选者将通过临床管道作为批准的药物成功出现的机会,并导致一种更有效和更有效的药物更安全。

特定阶段1阶段 are to:

  1. 开发一种算法以有效地构建根据结构组织一组输入分子的晶格。我们还旨在在最多10,000个分子上展示快速性能,并且所得到的格子obeys部分有序集的基本数学特性,使得该算法构造了任何一组分子的相同图,无关正在处理。
  2. 开发第二个关键算法,可以自动识别格子中的SAR邻居。
  3. 定义用户界面概念,并显示数据表示支持所有计划的功能。
来自初步UI模拟的几个屏幕的综合
来自初步UI模拟的几个屏幕的综合

如果阶段1成功,那么在第2阶段我们将提出:

  • 构建完整的应用程序并使用一个或多个外部合作伙伴测试其性能。
  • 进一步优化关键算法,以支持数百万化合物,具有合理的计算资源。
  • 开发先进的功能,例如自动化,广义自由威尔逊回归。

(1)Shneiderman B.使用高级信息丰富的用户界面支持创造力。在:Earnshaw Ra,Guedj Ra,Dam Av,Vince Ja,编辑。以人为本的计算,在线社区和虚拟环境的前沿。伦敦:伦敦春天; 2001. p。 469-80。

über柴油Zuschuss.

小型企业创新研究(SBIR)是能够共享生物数据的计划的一部分。如NIH Reporter所述的国家推进科学中心奖励号码#1R43TR002699-01支持该项目。此内容完全是作者的责任,并不一定代表国家推进翻译科学中心或国家卫生研究院的官方意见。

关于合作药物发现,INC。

CDD( collaborativedRug.com.)旗舰产品“CDDVault®”,用于管理化学登记,结构 - 活动关系(SAR)和安全规模合作。 CDDVault®是一个托管数据库解决方案,可靠管理和分享生物和化学数据。它让您直观地组织化学结构和生物学研究数据,并通过易于使用的Web界面与内部或外部合作伙伴合作。 CDD Vault中的可用模块包括活动和注册,可视化,库存和eln。

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