化学和生物报告系统:你是什么以及你需要吗?

CDD Post的特色图片&用化学和生物登记系统:你是什么,如果你需要一个"

作者: Barry Bunin,Phd

"1&

什么是注册系统?

化学和生物登记系统可以在实验室的阿森纳是有用的,想要简化他们的工作流程。顾名思义,注册系统有助于追求用于实验和在实验室中创建的新的化学或生物单位作为知识产权。注册系统的核心功能是能够生成(或镜像)唯一标识任何实体和批处理组合的唯一标识符。除其他功能外,这些系统还支持检测复杂化学和生物分子的信息的能力,包括其结构的细节,各种物理和化学性质和测定测试数据。

"2&quot列表CDD Vault eln博客帖子的符号

注册系统的优点

  1. 可辨别 - 实体登记最重要的原因也是最明显的:可变性。为了能够在任何时候找到特定测试所需的时间,节省时间并导致对研究人员的挫败感不那么沮丧。劳动力可以随时含有数百或数千分子和/或生物物质。这些包括试剂以及用于测试的实体作为组织的知识产权组合的核心。 
  2. 独特性 - 亲属和与化学化合物或生物物质合作的实验室的重要考虑是能够追求与唯一性有关的实体(批次,盐等)的重要细节,并且是歧义或重复误差的原因。注册系统可以指示研究人员在不知不觉中重复条目或检查不同形式的同一实体。这些系统还可以区分具有相似结构,子结构或序列的实体。
  3. 追踪 - 使用注册系统注册其实体的另一个原因是他们将化学和生物实体存储化学和生物实体以备将来跟踪。研究人员可以对实体进行查询,并查看有关结构的完整细节,包括关于立体化学或类似序列的信息。
  4. 遵守 - 最后,实验室必须遵守各国和联邦法规,并且良好的登记系统可以帮助确保实验室检查或审计没有任何意外。由于信息存在于单个中央位置,因此可以快速创建报告 - 考虑所有现有单位。
"3&quot列表CDD Vault eln博客帖子的符号

化学和生物登记系统如何比较?

粗略地讲的实体可以分为两类:1。化学分子和2.生物实体。一些注册系统专门处理类别,而其他注册系统则旨在覆盖两者。

化学注册: 包括用于输入单个连接和连接组的工具,以根据其结构和分配在实验室输入的每个连接的结构和分配唯一标识符的连接。这些系统包括用于在实验室中与连接和相关联的筛选数据之间的连接之间创建和显示关系之间的关系。此外,化学系统对某些化学数据库进行了进展,其简单地存储分子,而没有关于立体化学或相关的筛选数据的一些细粒细节。  

生物注册: 提供允许用户定义,注册,注册和报告的功能,并将其与蛋白质,酶,抗体,DNA,RNA,细胞系,质粒,蛋白质,鼻内和蛋白质药物缀合物等生物实体报告。它还包含用于管理生物实体之间的关系的工具,收集有关各个实体的详细信息,例如:促蛋白表达信息,并在可能的情况下产生实体的化学表示。

"4&

登记系统的特征

注册系统的一般优势包括以下内容

  • 高效和自动管理和跟踪单个化学和生物单位以及化合物的混合物
  • 寻找感兴趣的实体的快速和简单的查询
  • 将唯一标识符分配给生物分子和连接
  • 减少搜索连接的时间以及测试相同连接的未知形式的时间和资源
  • 有关在实验室实验中使用的各种单元的信息可以从单个系统访问
  • 用于绘制和命名结构的组合功能,在单个系统中添加和可视化注释和编辑结构
  • 大多数提供商可以将他们的注册系统无缝集成到现有的实验室基础架构和软件中
  • 能够创建审计跟踪和报告

 

化学登记系统的具体优势包括: 

  • 使用结构数据文件或SMILES字符串注册各个连接或批次连接的可能性
  • 将重复条目标记为错误
  • 能够基于连接结构捕获有关预测化学性质的信息
  • 注册相关联的关系与同一连接的同位素之间的关系
  • 根据结构,子结构和替代结构搜索连接
  • 多组件连接的注册和存储

 

生物登记系统的具体优势包括: 

  • 能够注册各个生物单位或批次单位
  • 收集不同生物样本的细节
  • 用于创建和共享复杂生物分子的工具
  • 用于进行序列相似性搜索的工具
  • 用于在不同分子单位之间创建关系的工具来确定下降和追求遗传学
  • 计算生物学特性的功能
"5&

商业登记系统

市场上有广泛的商业解决方案,可提供注册公司的功能。与许多商业解决方案一样,提供商可以将额外的,量身定制的功能和功能集成到其系统中。在大多数情况下,这些系统可以很容易地集成到现有的实验室基础设施中,包括库存软件,如电子实验室笔记本和实验室信息管理系统,以及一些可以自动化特定数据管理工作流程的API,这使得甚至节省了更大的时间。

市场上可用的解决方案包括:

使用显微镜的科学家
"6&

为什么注册系统比电子表格更好?

表计算有他们的好处。他们喜欢跟踪他们实验室单位的可行选择。但它们是有限的,当连接列表和/或生物物质的增长时,电子表格效果较小。此外,电子表格没有创造俯瞰化学家或生物学家。它们无法正确地绘制和呈现化学结构或序列。 

这也意味着研究人员可能需要使用单独的解决方案来处理他们的研究单位。例如,您可以使用电子表格进行化学连接的名称,然后使用单独的绘图工具来创建结构。这是一种切实可行的解决方案,但增加了误差的风险并浪费了宝贵的时间。此外,这些结构存储在Excel中,作为静态图像,其不得不没有交互性。最后,可以对执行各种化学相关计算的Excel功能进行编程,但这需要工作和应超过大多数实验室能力的专业知识。

"7&“列出CDD Vault eln博客帖子的符号

用水化学和生物注册系统的比较& ELNs

四肢恩纳 是用于样品登记和跟踪的系统。考虑到他们开发的目的,它们提供了一些类似的优点和特征,如化学和生物注册系统,尽管主要是在样品水平上。

提供LIMS和ELNS的功能的带宽可以包括用于样本,监护链,自定义报告功能,角色分配,任务管理,电子签名,交付管理,设备维护,客户发票和计费等的唯一标识符。这些系统还提供类似的优势,包括: 

  • 简单自动化的管理,从样品管理和管理中获取拼图率,并减少或消除文书工作。 
  • 通过更高效,自动化实验室流程和工作流程节省的时间和成本可以导致所有领域的大量时间和成本节省。 
  • 通过单个系统访问的信息。 
  • 四肢和ELN解决方案集成到现有的实验室基础设施中,包括测序装置,光谱仪和PCR机器。 

差异在于您的特殊性。如本文的开头所述,“注册系统的核心功能是生成(或镜像)的能力,可以唯一地确定任何实体和批处理组合。”构建注册系统,以使它们不仅管理实体本身,还可以管理它们的结构,序列和唯一注册号的生成,并将这些实体与所有相关的筛选数据相关联。 LIMS和ELS,除非他们被整合到注册系统中,否则没有这种类型的功能。

"8&

如何决定注册系统?

每个实验室必须单独投资登记系统的决定。如果您的实验室具有大量不同的连接和/或生物分子或与连接混合物,那么即时有用的系统(理想情况下,Web Access)通常是您对您的研究信息组合的有价值的投资。应该指出的是,某些实验室具有开发自己的系统或使用现有的开源选项的专业知识。但是,这些选项与某些缺点相关,例如。例如,对系统编程的唯一责任,维护(通常大部分成本随时间),确保符合法律规定,软件更新和补丁以及适当安全的实施。

对于考虑购买系统的实验室,这里应该考虑一些事情: 

  1. 您是否有预算购买系统并涵盖相关成本 - 安装,许可,员工培训,数据存储成本和持续维护?一些商业软件安装可以使用实验室预算的重要部分,因此计算确保固体效益成本比(ROI)的成本非常重要。
  2. 注册系统是否可以集成到现有的实验室基础设施中?如今,大多数提供商可以提供集成,但仍然可以检查您使用现有的第三方基础架构购买的系统是否正常工作或找出允许此功能所需的系统(手动,半自动或自动)。
  3. 哪些自定义功能,扩展或升级提供提供商?由于注册系统提供相同的基本功能,因此量身定制的功能可以实现差异。 
  4. 是否有任何方法直接与提供商联系?测试软件系统可以有助于找到实验室的设计和功能的正确混合。评估是否免费或收费?
  5. 实施需要多长时间?每个软件的实现需要时间,这也适用于注册系统。在从旧基础设施升级时,必须设定期望并有计划,以确保实验室流程的最小中断。装饰很快,很容易或尴尬吗?
"9&

结论

能够快速从数据中获得洞察力,提高生产率的能力既具有重要的,技术解决方案也很重要。工业和生物登记系统为实验室提供了重要附加值,该实验室与大量化学和生物单位和相关数据合作。作为更大的研究信息工具套件的一部分,这些解决方案提高了运营效率,降低人为错误的风险,节省时间并确保其工作的完整性和遗产。

证书

  1. 什么是化学品的注册? //info.selacapo.net/chemicalregistration
  2. 化学数据库 //en.wikipedia.org/wiki/Chemical_database#List_of_Chemical_Registration_Systems
  3. CDD Vault活动和注册模块 //www.selacapo.net/benefits/activity-registration/
  4. Biovia生物注册数据表 //www.3dsbiovia.com/products/datasheets/biological-registration.pdf
  5. 化学注册系统 http://openbabel.org/docs/current/Cheminf101/registration.html
  6. 良好的化学品库存系统的优点 //www.bioraft.com/resources/the-advantages-of-a-good-chemical-inventory-system
  7. 复方注册 http://www.corelims.com/v4Docs/Chemistry_Specific/Single_Compound_Registration/Chemistry_v4.htm
  8. Martin,E.,Monde,A.,Dureet,J.A.,Gualandi,F.,Peitsch,M.C.C.,&Pospisisil,P。(2012)。建设于研发化学注册系统。CheminFormatics,4(1),11。 //doi.org/10.1186/1758-2946-4-11

此博客由CDD Vault社区的成员编写。 CDD Vault是一个托管的 药物发现信息学 安全地管理私人和外部生物和化学数据的平台。它提供核心功能 化学注册, 结构活动关系, 化学库存电子实验室笔记本功能.

协作药物开发的标志(CDD)金库