对于3D Vision,CDD拱顶中的PDB配体结构删除(第2部分)

2015年9月28日

对于3D视觉,减少CDD拱顶中的PDB配体结构

来自CDD倡导者的加斯特博客:Med博士。戴尔卡梅隆
第2部分为2

在一个 最近发表的博客文章 CDD宣布将最新的配体结构从CDDVault®中的蛋白质数据库(PDB)列入。这些独特和有用的数据的延长可用性确实是一个令人兴奋的新闻,但科学界究竟可以用这种数据做些什么?

图1示出了现在可以在CDD库中完成的众多示例之一。在CDD Vault中可以轻松执行子结构,准确性和相似性搜索。为了调查一个有趣的骨干,只需执行查询即可在PDB中查找相关的结构,然后点击将包括PDB链路的所有配体信息带到可用的结构复合物中。作为一个例子,我们考虑三氟血管素(TFP),是吩噻嗪的化学类别的典型抗精神病药。

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图1:存储在CDD Vault中的配体数据示例,具有来自PDB的相关数据的摘录

它们不限于搜索结构。关于目标类型的文本搜索目标,PDB代码或配体以及用于结构类型的过滤器(X射线,NMR,电子显微镜)以及解决或存款数据是抑制您舒适的许多选项。简单地搜索包含“HIV集成零”的结构标题,例如,67个独特的配体数据集。使用这个简单的查询,您可以将一组与HIV Integrya的配体录制到CDD Vault“Collection”中,并与您的同事分享您自己的私人CDD保险库。

并且随着所有这些新信息被划分为公共数据记录,在CDD仓库(公共或私人)中的任何搜索都与PDB仓库中的搜索相结合,现在提供有关配体的结构信息,而不会明确地了解结构存在。非常酷!

例如,如果您有兴趣识别新的触发体抑制剂,则CDD Vault中的公共数据集中的搜索显示,HTS筛选中超过300,000个连接 T. Cruzi. getestet wurden.1 将这些筛选结果与至少一个Crystal结构的PDB连接进行了组合,您可以获得527个唯一的感兴趣的联系(没有相对于您的各个目标的失真),单一“和”在CDD Vault中搜索。通过在PDB结构标题中搜索使用“锥虫瘤瘤Cruzi”的命中来改进此搜索提供了三种结构信息: 氟康唑. (与甾醇14-α脱甲基酶(CYP51)复合物), N-乙酰-2,3-脱氢-2-脱氧神经酸 (与反式唾液酸酶复合物)和 5-氟 - 杂种酸 (与二氢甲酰脱氢酶复合物)。图2显示了可用于氟康唑的数据的快照。现在是一种轻量级,而不仅仅是设计新抑制剂的有趣起点,而且是一种鉴定已知和有趣的蛋白质目标的方法。当您将这三个连接作为CDD Vault中的集合保存时,可以使用同事与结果分享,并在PDB中执行更多搜索进一步的结构信息。

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图2:氟康唑的示例数据,由CDD保管库中查询找到:PDB代码,实验方法,原始发布日期和分辨率与PDB条目页面的链接或PDB结构下载组合。

PDB中的后续搜索返回与这三个修剪相关联的所有结构,以给出如何追求该信息的印象。 PDB中还有其他潜在有用的数据,在遵循实际链接时,遵循CDD拱顶的初始观察。例如,氟康唑也是如此 Trypanosome Bruceii,结核分枝杆菌Leishmania Infantum. CYP51结晶。所有这些结构的比较可以显示常见的设计元素,以开始设计新的抑制剂,旨在旨在广泛的人致病生物。

类似地,用许多其他靶标结晶,N-乙酰基-2,3-脱氢-2-脱氧神经酸,包括其他序列体Sialid酶,病毒和细菌神经酶和人唾液酸酶。用大肠杆菌和人二氢酶结构域结晶,5-氟丙二酸也结晶。这种交叉特殊信息和与人的结合细节的比较可能对于特定和潜在的毒性,新的联系的发展可能是有用的。

每个PDB CDD Vault条目都是原始PDB页面的链接和可用的直接下载链接(用于实际的PDB结构文件)。这提供了直接访问,以便立即可用的更多详细信息和3D结构文件。在PDB中,提供更多信息,包括3D显示功能,报价,详细的实验信息,蛋白质序列等。

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图3:氟康唑与T. Cruzi(2WX2)和结构的3D视图相关的PDB页面。  (source1., Source2.)

如我们初始博客公告所述,PDB由 结构生物信息学(RCSB)财团的研究协作 并包含大量有趣的信息,连接到许多其他数据源。通过公共可用PDB CDD Vault数据集,我们已经耦合了CDD Vault中的协作数据分析的固有权力,并在您的手指提示中使用即将有价值的PDB数据集。一如既往,它是 可供社区自由在CDD公众中读取...以及隐私,导入,出口,加上高级分析和独特的CDD Vault协作能力。如果您对可以存储CDD Vault的广泛科学兴趣的其他关键数据有建议,请告诉我们。

1. ekins,s .;位置de siqueira-neto,j .; McCall,L.-I;萨克,米; yadav,m ;;思考,E. l .;北极航,E.A .;凯拉尔,d。;陈,陈; arkin,m ;; Bunin,B. a .; McKerrow,J. H ;; Talcott,C. Plos Degr。倾斜。解释。 2015,9,E0003878。


此博客由CDD Vault社区的成员编写。 CDD Vault是一个托管的 药物发现信息学 安全地管理私人和外部生物和化学数据的平台。它提供核心功能 化学注册, 结构活动关系, 化学库存电子实验室笔记本功能!

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