Ontolobridge - 连接用户和开发人员科学词汇的新型平台

现在可以在BioPortal Intology存储库上使用

NCBI Bioportal的Ontolobridge的屏幕截图(链接需要登录)。
BIoPortal的Ontolobridge屏幕截图

Ontolobridge现在开启了 生物波动 可用的!通过斯坦福大学,迈阿密大学之间进行普通U01奖学金的项目,并制定了迈阿密和协作药物发现的资金,以揭示受控科学词汇和潜在本体创造者的常规用户之间的差距。

本体是对科学术语的描述及其与人类可读和正式(逻辑)定义的关系。因此,本体成为智能的叙词学,可以定义和涉及科学术语。在大数据的时代,正式的词汇比以往以往任何时候都更重要,以找到,访问,集成和重用数据记录以及其他数字研究对象,换句话说(可找到,可访问,可互操作,可重复使用)。

Ontolobridge是一种新技术,可以更方便和半自动本体开发人员进程来更新和扩展您的本体,并在策划的新条件下,同时对社区的建议进行建议。

促进和处理社区的投入是对本体普遍介绍的关键特征。科学家不应该在选择之前忍受,选择不太有利或不合适的词汇或完全避免其数据的语义注释。 OntoloBridge使研究人员能够直接连接到本体主义者,以请求新的概念,这些概念将使他们的直接工作流程和整个科学界有益。

用户的第一个反应始终如一。使用Bioassay Annotation工具的反馈使用协同药物发现,Bioassay Express(www.bioassayexpress.com.),与OntoloBridge集成的集成一起生成,通过合理化生物测定的语义注释来导致生产率提高。用户可以提出“在飞行”中的本体论术语,并在策展程序和本体专家之间启动反馈系统。

Ontolobridge目前为生物测定本体(BaO),药物目标本体(DTO),蛋白质本体(PR),细胞系本体(CLO)和冠状病毒感染性病症(CIDO)提供。我们的团队是将平台的范围扩展到进一步的本体。如果您希望您的本体与Ontolobridge合作,请联系 [电子邮件 protected]。 (如果您希望将您的本体添加到Bioportal,请联系 [电子邮件 protected])

关于这个奖学金

U01 Grant支持NIH和卓越机构之间的社区实质性方案发展。 NIHReporter奖励号码U01LM012630国家医学图书馆支持这个项目。内容是作者的唯一责任,不一定代表国家推进翻译科学中心或国家卫生研究院的官方意见。更多信息: //projectreporter.nih.gov/project_info_description.cfm?aid=9747967&icde=50608877.

 

关于CDD.

CDD的展示产品(//www.selacapo.net/),CDDVault®,是您的化学注册,测定数据管理和SAR分析的现代Web应用程序。 CDDVault®是一个托管数据库解决方案,用于安全管理和共享生物和化学数据。它允许您直观地整合化学结构和生物学数据,并通过易于使用的Web界面与内部或外部合作伙伴一起使用。 CDDVault®持续开发其技术,最近具有ELN,Model和API功能。可以在我们的资源页面上在线找到58个CDD出版物/专利的完整列表: //www.selacapo.net/pages/resources.

获取更多资讯,请联系:

合作药物发现,(650)204-3084, [电子邮件 protected].

 

关于迈阿密大学的Schürer实验室

Das Schürer-Labor ist am Department of Pharmacology der Miller School of Medicine (http://pharmacology.med.miami.edu/) und am Institute for Data Science and Computing (iDSC)(//ccs.miami.edu/focus-area/drug-discovery/)在迈阿密大学。 Schürer集团的主要研究课题是全身性药物研究。我们整合和模拟小分子和蛋白质,系统生物学“室内”和化学数据之间的相互作用,以改善疾病模型的翻译成新的功能小分子。在分布式和并行化的大数据分析,生物和化疗化工具的帮助下,我们建立了复杂的模型管道,以了解和预测活性成分的动作机制,滥治和多药路,特别关注激酶和表观遗传溴读者蛋白癌症和其他疾病。在几个重点和更大的项目中,我们开发正式的本体(例如生物测定本体,药物目标本体),数据标准和最终用户的多层软件应用程序。我们在癌症到神经疾病的药物研究中有几种合作。

为了物理生产和测试最有前途的小分子,我们开发了计算优化的合成路线,并使用并行合成技术产生小物质库。计算和化学方法的组合加速了临床药物的铅结构优化和发育。

本集团参加三届全国联盟,该集成基于网络蜂窝签名的项目图书馆(LINCs)(http://bd2k-lincs.org/),知识的大数据(BD2K)程序(//datascience.nih.gov/bd2k)和照亮可药物基因组(IDG)(IDG)(IDG)的项目//druggablegenome.net/)。由于最新的我们也是最近成立的NIH数据公共的一部分。

Schürer出版物: //goo.gl/TsNof9

联系方式:StephanSchürer,博士,迈阿密大学,+ 1-305-243-6552, [电子邮件 protected]

 

关于斯坦福大学的生物医学信息学研究中心

斯坦福生物医学信息学研究中心(BMIR; http://bmir.stanford.edu/)关于改善生物医学的先进计算方法的开发和评估条约。 BMIR主持扩展数据注释和检索(CEDAR)的中心,该中心提供模块化,残留的可访问软件,以加速科学元数据的规范,收集和出版,同时提高所产生的元数据描述的质量,数量和互操作性。从本体创建(Protégé)关于本体和词汇(BioPortal)到语义元数据管理(Cedar Workbench),BMIR提供数百万研究人员使用的转型开源产品和服务。

参考我们项目的所有出版物,见 //metrics.stanford.edu/people/mark-musen.

媒体联系人:Mark Muses,MD,斯坦福大学博士,+ 1-650-725-3384, [电子邮件 protected]