Joel Freundlich。博士,Umdnj

2012年6月12日

CDD的亮点

“当您在鼠标模型中看到鼠标模型的活动时,您的设计和制作和迎来了这些早期阶段,真的很令人兴奋......我们在我们正在不断发展的结构活动关系的程序中所有时间都使用CDD Vault,了解如何小分子调节目标。我们能够跟踪这些改变的图形和数值方式,从而看到结构如何影响目标的抑制。这对我们来说非常有价值,以及在我真正特权拥有的许多不同合作者之间分享信息的能力。以无缝方式交换数据是非常重要的。并且存在巨大的公共数据,该数据已存档在CDD金库上。“

Joel Freundlich。博士。

Joel Freundlich。是Umdnj - 新泽西医学院的助理教授,在制药行业8年后,在学术界6年,博士学位,博士学位在麻省理工学院的有机化学中。

Entrevistado Por Barry Banin,Phd,De Conclaborative Discovery,Inc。总干事

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转录编辑了面试

巴里布尼丁。
我以为我会首先让你介绍自己并谈论你过去的研究和未来的研究。

Joel Freundlich。
我是一名助理教授的诺姆纳 - 新泽西医学院,医学系,医学系,医学系,新兴和重新再生病原体中心,我是Joel Freundlich。

我在生物科技制药行业度过了10年。在我的博士学位之后,我灌输了从工业角度进入药物化学的世界。经过大约八年后,我被介绍给疟疾领域,并在德克萨斯州A&M,生物化学和生物物理学部门返回学术界,作为高级科学家。我真的参与了使用化学工具来探讨寄生虫的基本生物学疟疾 - 疟原虫疟原虫。然后还与结核病感染有关的病原体 - 结核分枝杆菌。这真的是我的学术工作的开始,据努力利用化学方法,了解如何在治疗干预的那些病原体中药学上药学上的靶向验证目标,也只是为了增加对这些病原体生物学的基本了解。

巴里布尼丁。
您目前的研究的最终目标是什么,以及一些在短期和长期实现那些方面的方法?

Joel Freundlich。
我们寻求研究病原体如何调整到主机内的生活,然后,反过来,请参阅主体如何适应感染。最终目标实际上是在目标水平上理解这些调整,并在药理学验证的目标。

例如,人们可以尝试调查目标是否对感染是必不可少的,特别是在水平 在现场 模型感染,例如鼠标模型。验证这些目标非常重要,然后提供药物定义中的药物导致的分子。这使得与制药公司一起使用的阶段,他们将大量的药物化学努力放入优化我们创造的分子中,并试图在工业规模上进行真正的药物发现努力。

巴里布尼丁。
那么为什么和你如何使用CDD?

Joel Freundlich。
我们与CDD的关系已经回去了至少五年,我会说。当你第一次通过电子邮件发送电子邮件时,多年前只是看看软件,我真的很激动它。它只是以相当容易的方式跟踪结构活动数据的绝佳方式。我们一直在使用CDD,以便我们正在进行结构活动关系的程序,了解小分子如何调节目标。我们能够跟踪这些改变的图形和数值方式,从而看到结构如何影响目标的抑制。这对我们来说非常有价值,以及在我真正特权拥有的许多不同合作者之间分享信息的能力。以无缝方式交换数据是非常重要的。并且存在巨大的公共数据已存档在CDD上。拥有数据集是非常有价值的 SRIS筛查TB 在整个细胞时尚中,能够看看那些结构来查询子结构,并看看你得到了多少次点击,看看这些分子看起来像什么。我知道CDD是数据共享的巨大支持者,对社区来说非常有价值。如果我们希望利用每个人的疾病,以杠杆效力,忽视忽视的疾病区域将尽可能有效地分享数据,这将是至关重要的。

巴里布尼丁。
你提到了合作。您如何在内部协作地协同工作,在您已成为和外部的团体内,与其他团体一起?只是谈论你的一些合作,有什么工作,你可以在未来工作的是什么?

Joel Freundlich。
我绝对认为,在平等中,每个人都意识到每个团队成员正在制作的宝贵贡献,这是非常重要的。我真的不得不赞扬TB和疟疾领域的每个人,因为我认为他们真的学习了合作的重要性,以及最终产品如何依赖团队中每个人的贡献。你不能让自己对这些巨大重要的这些医学问题来做,并且合作只是以更快的节奏向前移动。

巴里布尼丁。
你已经在许多领域发表了一下,你早些时候提到了这一点,但只想在CDD如何有用或对TB研究有用,但也想要更多的深度对于诸如药物重估/重新定位的另一个领域,只是为了对比你专业的两个不同区域。

Joel Freundlich。
CDD提供了一个巨大的 宝贵的资源。 别人贡献的结构活动关系:有没有人制造这个分子并对TB进行测试,这对知识来说是如此重要。您可以搜索这些日子的文献和其他工具,这些工具比十年前或20年前的功率增加了力量,但CDD在归档数据方面在结核病领域一直很全面,因此这是非常有价值的。

在重新展示方面,肖恩·埃克斯和我之前发表的,肖恩和肖恩肯定在这个领域广泛发表。 CDD具有大部分数据存档,一个只是必须绘制结构并按下一个按钮,它真的在指尖。在这个阶段,我们不想重新发明轮子。我认为我们意识到小分子是工具。他们有价值,但我认为它们在这种化学探针方面最有价值,希望最终治疗的种子。因此,可以获得已知的药物,批准的药物和测定数据真的很重要,以了解人们是否筛查了对感兴趣的疾病,并看看实际数据看起来像什么。在看到真正的活动的情况下,这真的很重要,所以即使是一个批准的药物,也可以以某种程度上可以立即重新掌握,因为这是一个伟大的反疟疾。否则,它们仍然具有作为化学探针的价值。从Collins和Workman的定义远离我相信的,在那里他们将化学探针定义为非常非常具体的生物活动。我建议可能扩大定义,只要活动并不混乱,击中了许多目标,但我认为重新扫描也可以允许一次获得非常有价值的化学探针。

巴里布尼丁。
你能谈谈别人的研究,你认为有趣或显着且值得分享。

Joel Freundlich。
最近想到的纸质来自 Eric Rubin,Chris Sassetti,Kyu Rhee和Dirk Schnappinger等 (Wei Jr,Krishnamoorthy V,Murphy K,Kim JH,Schnappinger D,Alber T,Sassetti Cm,Rhee Ky,Rubin EJ。抗生素目标的消耗对增长造成了广泛的影响。Proc Natl Acad Sci US A. 2011年3月8日; 108(10):4176-81。)这只是一个优秀的论文,因为它看着目标脆弱性的非常有趣的问题。他们看着一个人必须敲下蛋白质水平的程度,以便在整个细胞测定中看到生长缺陷。它建立了来自Eric Rubin的实验室的工作以及Chris Sassetti(PMID:11606763,PMID:12657046,PMID:14569030)以及比尔比海和吉安·林希汉的工作(PMID:12775759,PMID:15784600),他们看着转座子位点诱变建立结核病基因的数据在给定的一套下是必不可少的 体外 或者。 在现场 生长条件。 Eric Rubin和其他人的工作是有趣的,并且在似乎是最脆弱的目标方面的兴起和思考,并使我们能够在结核病药物发现领域优先考虑我们的努力。而且我认为这是一个对这种漏洞的因素的基本有趣的问题,所以我鼓掌出版。

巴里布尼丁。
你能否谈谈你在这一年度在开悟的行业中有一个有趣的结果或经验。

Joel Freundlich。
我认为行业非常擅长在雕刻出核对的临界道路时做出艰难的决策,尽可能高效地是成本效益。他们提出有关里程碑至关重要的问题,以推动新的治疗性的哪些活动至关重要,这是非常重要的,并且是学者倾向于忘记的东西,持续到宠物项目。人们也可以争辩触手,持续有点稍长,有时会得到回报,但行业必须做出去的决定,以便随着时间和成本效益。

巴里布尼丁。
你暗示了扑链,有趣的个人经历是一个有趣的个人经历或你的学术职业中的“Ah-ha”时刻,结果对你来说特别有趣或令人兴奋?

Joel Freundlich。
我会尽量不要透露太多,这与出版物有关,但我想在你看到的时候 在现场 动物模型中的化合物的活性,我认为这真的非常令人兴奋。总有一个非常好的论据,即人们可以在TB领域做出感染的鼠标模型如何反映实际的人类感染 结核分枝杆菌。同时,在小鼠模型和人类中显示有效性之间存在非常好的相关性。我认为这是第一步,这是一个在田地和展示中产生效果的路径 在现场 活动。当您在鼠标模型中看到具有您设计和制造的化合物的鼠标模型的活动时,真的非常令人兴奋。

巴里布尼丁。
所以这是一个很好的票据结束它。感谢您的时间,乔尔和一个精彩的CDD聚光灯。


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