Ontolobridge - 连接用户和科学间交的开发人员的新颖平台

现在可以通过生物体内在的本体存储库获得

NCBI Bioportal(Link,需要登录)的Ontolobridge屏幕截图。
BIoPortal的Ontolobridge屏幕截图

Ontolobridge现在提供 生物波动!!该项目由迈阿密大学和协作药物发现的斯坦福大学协作U01补贴资助,旨在挽救受控科学词汇表的平常用户与潜在的联盟本体的创造者之间的差距。

本体是科学术语的描述及其与人类和正式(逻辑)的清晰辨定的关系。本体主张担任智能作一,定义和相互关联的科学术语。在大数据时代,正式的词汇表比以前更重要,以允许数据集和其他数字研究对象的搜索,访问,集成和重用,即制作数据公平(可本地化,可访问,可互操作和可重复使用)。

OntoloBridge是一种新技术,可以为Ontologies开发人员提供更舒适和半自动化的过程,以在接受社区建议的同时以新的治疗条款更新和扩展其本体。

鼓励和管理社区的贡献是广泛采用本体的关键特征。科学家不得不在选择不利或不足的词汇表之间或完全避免其数据的语义注释之间进行选择。 OntoloBridge允许研究人员直接与本体的所有者连接,以请求一般而言,这些术语受益于其直接工作流程和科学界。

用户的初始反应深受积极的。使用Bioassay Annotation工具的使用协同药物发现,生物测定表达产生的评论(www.bioassayexpress.com.),通过加速生物测定的语义注释,与Ontolobridge的整合一起允许提高生产率。用户可以推荐一瞬间的本体论,在本体中的策展程序和专家之间启动反馈系统。

目前,Ontolobridge服务于生物测定(BAO)的本体,药物靶标(DTO),蛋白质本体(PR),细胞系(CLO)的本体论和Coronavirus(CIDO)的本体论。我们的团队正在将平台的范围扩展到其他本体。如果您希望您的本体与Ontolobridge合作,请联系 [电子邮件 protected]。 (如果您希望您的本体添加到Bioportal,请联系 [电子邮件 protected])

关于这一补助金

U01补贴支持NIH与获奖机构之间的合作的大量计划发展。如Nihreporter所述的国家医学图书馆的特许权U01LM012630支持这个项目。内容是作者的独家责任,不一定代表国家推进翻译科学中心或国家卫生研究院的正式意见。更多信息: //projectreporter.nih.gov/project_info_description.cfm?aid=9747967&icde=50608877.

 

关于CDD。

产品CDD星(//www.selacapo.net/),CDDVault®是现代Web应用程序,用于其化学记录,测试数据管理和SAR分析。 CDDVault®是托管的数据库解决方案,以安全地管理和分享生物和化学数据。它允许您直观地组织生物学研究的化学结构和数据,并通过易于使用的Web界面与内部或外部合作伙伴合作。 CDDVault®不断扩展其技术,最近包括Eln,Model和API的功能。您可以在我们的资源页面上找到58个出版物/ Patents的完整列表: //www.selacapo.net/pages/resources.

获取更多资讯,请联系

合作药物发现,(650)204-3084, [电子邮件 protected].

 

关于迈阿密大学的施瓦​​尔实验室

El laboratorio de Schürer opera en el Departamento de Farmacología de la Facultad de Medicina Miller (http://pharmacology.med.miami.edu/) y en el Instituto de Ciencia de Datos y Computación (iDSC)(//ccs.miami.edu/focus-area/drug-discovery/)来自迈阿密大学。 Schürer集团的主要研究课题是通过系统发现药物。我们整合和中度小分子和蛋白质之间的相互作用,“omica”系统和化学数据的生物学,以改善疾病模型的翻译成新的功能分子。通过使用大数据的分布式和并行工具,生物和化疗的分析,我们建立了复杂的建模线,以了解和预测药物的作用,滥治和多酚级工理的机制,特别关注激酶和蛋白质蛋白酶蛋白酶的应用对癌症和其他疾病。在几个项目中,既集中于和更大的规模,我们都开发了正式的本体论(例如,生物学测试的本体论,药物目标的本体论),最终用户的数据标准和多级软件应用程序。我们有几个合作,用于发现从癌症到神经系统疾病的药物。

为了制造和物理测试小型最有前途的分子,我们开发了计算优化的合成路线,我们使用并行合成技术来创建小型文库的化合物。计算和化学方法的组合加速了对临床化合物的曲目和发育的优化。

本集团参加三届全国联盟,基于综合网络蜂窝签名(LINCs)项目图书馆(http://bd2k-lincs.org/),知识的大数据(BD2K)程序(//datascience.nih.gov/bd2k)和照亮可药物基因组项目(IDG)(//druggablegenome.net/)。最近我们也是最近创建的NIH数据共同的一部分。

Schürer的出版物: //goo.gl/TsNof9

联系方式:StephanSchürer,博士,迈阿密大学,+ 1-305-243-6552, [电子邮件 protected]

 

关于斯坦福大学的生物医学计算机研究中心

斯坦福生物医学计算机研究中心(BMIR; http://bmir.stanford.edu/)研究进一步改善生物医学的先进计算方法的开发和评价。 BMIR容纳扩展数据注释和检索(CEDAR)的中心,该中心提供模块化和休息可访问的软件,以加速科学元数据的规范,收集和出版,同时提高所得元数据的描述的质量,数量和互操作性。自创建本体(Protégé)以来,通过本体和词汇(BIoPortal)的扩散,直到语义元数据(CEDAR Workbench),BMIR提供了数百万研究人员使用的开源变压器产品和服务。

对我们项目的所有出版物的引用都在 //metrics.stanford.edu/people/mark-musen.

与媒体联系:Mark Musen,MD,斯坦福大学博士,+ 1-650-725-3384, [电子邮件 protected]