为什么使用PIC50而不是IC50会改变你的生活

2019年11月21日
(最初于2014年7月8日出版; 2019年11月21日更新)

为什么使用PIC50而不是IC50会改变你的生活(出色的图像)

 

表格 Marc Navre,Ph.D.,
Facile Therapeutics,Inc。的联合创始人和总经理

 

大量CDD Vault订阅者使用值 IC50 存储和分析您的剂量响应数据 体外 。现在,CDD保险库自动计算的扩展支持 PCI50值的计算,我想说明IC50用户考虑使用 pIC50 相反,为什么他会让他的生活更轻松(在长期),他将简单地制定更好的人类。

我已经在两家小型生物技术公司工作,其中它引导了生物学和计算机科学,因此我可以“强制”使用PIC50值而不是IC50值。你可能会认为我从现在开始,我们会吃午饭吃虫子。有点艰苦的战斗,还有一个学习曲线,但六个月后,每个人都习惯了,同意它更好,我不会回去。哦,是的,它只是“需要做些什么”。

什么是IC50首先?

一个 IC50测量 它表明药物能够抑制混凝土生物过程的浓度为50%。例如,如果化合物A可以抑制50%的配体,以5nm的浓度浓度键合到特定受体,则它将具有5nm的IC 50值。密切相关的概念是EC50值,这是药物诱导生物学过程的力量。

那么,什么是PIC50?它只是摩尔IC50值的负数对数。观察:

  • 1μm的IC50为10-6米,表示PIC50 = 6.0
  • 1nm的IC50为10-9 m,表示pic50 = 9.0
  • 10nm的IC50为10-8米,表示PIC50 = 8.0
  • 100nm的IC50为10-7米,这是PIC50 = 7.0
  • 30nm的IC50为3 x10-8 m,也是10-7,5 m,pic50 = 7.5假产品

你看到了一种模式吗?您将自己致力于发现毒品......自从您在研究所的毕业标本上打开毕业的标本,您一直在使用PH值。当您在实验室工作时,您是否说该解决方案的酸度为10μm(10-5米)[H +]?当然不是。你在ph 5的解决方案谈到了一个解决方案。你没有打扰在你的头脑中稍后计算......即,你没有尝试将pH值从7.5转换为7.5到30 nm [h +]。这是因为您已经训练了对pH的思考,以及水溶液的酸度是对数函数。实验中的pH值范围为1至2至3,而不是10mm至20mm至30mm [H +]。

这正是您应该考虑IC50值的方式(或者在激动的是,测试了EC50值时)。依赖于酶或细胞剂量的抑制(或活化)是对数现象(相对于化合物的浓度),因此以这种方式看到数据更有意义。如果观察到大型制药公司的文件,则应注意大部分时间报告抑制为PIC50而不是IC50。

所以,你必须这样做,因为默克这样做了吗?不,让我们讨论为什么 正确的方法(以及为什么Merck,GSK等使用它)。

剂量响应曲线

当计算给剂量响应数据时,调节响应(例如0-100%,简化)与测试化合物的浓度(最终在摩尔中)。但是如果观察到曲线调整的等式(四参数物流函数,也称为Sigmoid函数),则计算出的是答案 对数 化合物的浓度。

 公平_colina。

在哪里并且是在化合物的浓度下测量的答案 x. 上部。 是否没有抑制剂的答案(也称为最大渐近肌瘤),和 底端 当酶(或细胞)完全抑制时(也称为最小渐近症)是答案。而且当然, IC50。 它是转折点(顶部和下部之间的中点),正在解析的值。

因此,曲线的调整实际上解析了Logic50,而不是IC50。如果您想知道调整错误,可以获得对称围绕IC50的标准错误(SEM)。但是,如果您开始更改IC50的PIC50的值,则该错误变得不对称,并且没有意义。

您必须再次进行AntiRog以获取IC50。现在与计算机和Excel一起轻松。所以“每个人都这样做”。但是,给予“简单的步骤”失去了很多东西。有利的是什么?这将如何改变你的生活?

首先,考虑数据的呈现,并在重要的数字中(注意重要的数字,右边?)。考虑呈现IC50值的一系列弱和强大之间的化合物。你的桌子可能是这样的:

 table_ic50。

很难在同一表中查看具有广泛权力的复合数据。通过大多数文本编辑器或文本处理器,非常困难地获取数字以围绕小数点对齐(他们应该做的更可读)。此外,有效的数字非常差异。这不是专业的。

以下是表格显示PIC50值的相同数据:

 pic50_cdd_vault。

看看是多么干净。全部对齐小数点而无需额外的努力,并且都具有相同数量的重要人物。更重要的是,你有更好的相对权力。您更喜欢在项目团队的会议上呈现什么?

现在通过线性IC50看看化合物I和J.,心态是“两倍强大”。但是看看PIC0S。差异不是那么大......那是对的。 IC50是对数函数......应该在对数差异方面被认为是差异。

当开始获得化合物的幂的平均值时,实现了另一个重要的优点。平均IC50值的正确方法是采用IC50值的几何平均值,而不是算术平均值。回想一下,n值的算术平均值是除以n的n值的总和。相反,可以通过确定来计算几何平均值 产品 n值并采用产品的根N.因此,如果三个值为4,5和6μm,则几何平均值是:

 几何平均数

请记住,与算术平均值不同(当然是5μm)的情况不同。但是,如果使用PIC50,您可以轻松计算IC50值的几何平均值。这是因为几何平均值也是IC50值的算术平均值。

当您为您选择化合物的浓度时,请考虑此对数思维 剂量反应曲线。一般趋势是在5:1 nm,5 nm,10 nm等的因素中工作。但是,正如您已经是专业人士,并且您在对数上工作时,最好在3个因素中工作,这是大约一半的对数。也就是说,1nm,3nm,10nm等。这使其在其对数曲线的剂量反应曲线中具有更好的间距。请参阅下图。这是一种实践,可有效地在体内研究中转化:通过在1,3和10mg / kg而不是1,5和10mg / kg中工作获得更好的分散体。

通过说明,观察以下图形。它是一种理论图,其中将数据调整到具有下部= 0,顶部= 100的IC50方程,IC50 = 100和山坡斜率= 1。在左图中的图表中,化合物的浓度是线性的(1,5,10,50等)。相反,在左侧的图表中,对数进行对数(1,3,10,30等)进行选择。注意右侧的图表的点均匀间隔,而左侧的一个是分组的。由于创建剂量响应曲线的目的是对“剂量空间”的多部部分进行采样,因此基于对数间隔的剂量提供更好的采样。这显示了更好的实验设计?什么图为您对结果的信心更有信心?您更喜欢显示项目审查?

 graphics_ic50。

 

 

不是它仍然相信吗?以下是5种具体原因,为什么通过PIC50更换IC50将改善您的剂量反应历史

IC50对PIC50的变化使其改变了您的数据思考和其实验设计。它会鼓励您忘记您的权力数据并停止思考算术量表。从根本上,依赖于剂量的抑制是对数现象,因此认为这种方式更有意义。

 

1. PIC50将鼓励您从对数进行体外测试中查看数据。

想想什么时候IC50值 - 您的电源数据。您使用系统进行调整曲线,所有这些系统都使用IC50方程。但是,如果您在纸张下面并查看调整的实际等式,您将看到它实际上是药物浓度的对数,用于确定IC50值的对数。该软件可以通知您IC50,但它正在将其从IC50的对数转换。

这个想法是,当你看看数据中的数据时 电子笔记本 实验室使用PIC50而不是IC50,从微摩尔抑制剂到纳摩尔的过渡是更软的,并且功率值之间的空间更相关。

 

2. PIC50将允许您容易地阅读来自体外试验的数据。

当使用PIC50时,实际上可以使用两种重要的数字来覆盖微摩尔和纳米摩尔功率。您在点之前的点和数字之后有一位数字。

这是什么好的?现在,您的观众可以专注于SAR,并停止做精神体操试图了解其IC50的价值观。 PIC50值易于理解观众,并允许您清晰有效地沟通。

 

3. PIC50将简单直观地平均来自体外散文的数据。

让我们说这有一个糟糕的论文日。您已获得以下三次重复相同的IC50确定:1 mm,10 mm和5 mm。如果计算算术平均值,则会平均为3.5毫米IC50,但这是错误的。平均IC50数据的正确方法是使用几何平均值,因为它与指数值合作,结果结果为3.7 mm(跳过复杂的数学后)。

但是,如果您使用PIC50S,您可以避免进行几何平均数学,并且您可以简单地获取PIC50值的算术平均值,因为您已经处于对数空间。 

您可以通过使用PIC50值的算术长袜进行IC50的几何平均值来完成困难的方式。

 

4. PIC50和对数思维将改善实验的规划。

甚至在开始使用测试管之前,使用PIC50将帮助您。

例如,您通常建立半十年稀释曲线,如1,000,500,100等吗?您是否观察到数据的点在对数标度的复合浓度的尺度上进行粘合,并且没有均匀间隔?这是因为在对数刻度上的一个和十个之间的五个不是中间。 

但是,如果您逻辑思考,在您鼓励您使用PIC50时,您将意识到1至十的中途实际上是三个。然后,您可以配置稀释度,使其是1,000,300,100,30等,这将使您的数据点沿着曲线落下时掉下来缓和空间空间。这是一个更令人愉快的方法来对浓度空间进行采样,并以相同数量的工作获得更可靠的数据。这不仅适用于体外实验,还适用于体内实验。

 

5. PIC50和对数思维将改进如何查看数据的可靠性。

报告IC50确定的可靠性是复杂的。可能熟悉标准错误,但其他常见形式较少,但更有用,看看数据的可靠性是95%的置信区间,这使得您的真实值在此范围内有95%的几率

如果使用执行曲线设置的现代软件,您会注意到它将通知IC50的95%置信区间,但不是标准错误。这是因为算术值(IC50)的标准误差与对数数据没有意义。使用此错误方法将为您提供不正确的结果,例如负IC50值。

什么是负IC50值?答案是你应该尖叫,因为没有这样的东西。这是在开始对数值上思考算术空间时发生的错误类型。

 

总之,考虑对数的值,并考虑在其发现工作中使用PIC50(或PEC50)值。真的......你可以改变你的生活。

 


此博客由CDD Vault社区的成员编写。 CDD Vault是一个平台 用于发现毒品的计算机 安全地管理私人和外部的生物和化学数据。提供包含的基本功能 化学记录。 , 这 结构 - 活性比 化学库存 以及能力的能力 电子实验室笔记本.

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