CDD扩展了Gates Grant

2011年1月13日

账单&Melinda Gates基金会 最近延伸 它以前的授予CDD创建一个小说数据库,以激发合作努力,以发现更有效的药物 结核病(TB).

在过去两年中,CDD TB数据库(CDD TB DB)综合了分布在全球的学术,非营利,政府和企业实验室的努力,以加速他们努力发现对这种致命疾病的新疗法。

由于该项目现在进入其第三年的支持,这是一个突出前两年的一些成就的好时机。 CDD有:

  • 从超过58名重点实验室的顶级科学家和研究人员的担保参与专注于TB药物发现,包括20多个不同的科学协作项目。 CDD TB DB已成为大多数这些组工作流程的组成部分,使他们能够更好地了解他们的数据并更有效地利用它们的有限资源。
  • 促进了多个实验室之间的合作,要求与TB有关的实验和计算数据的安全交换,使他们能够选择性地比较它们的结果,避免重复工作,并制定更好的未来研究优先事项。这些合作允许以前脱节努力,开始融入“虚拟制药组织”的基础。
  • 担保了四个最大的全球制药公司的参与,以支持TB药物发现,并通过开放和安全的私人渠道促进他们与学术和其他非营利性研究小组之间的数据交流。
  • 数字化了超过30,000个独特的分子,以及来自发布,专利和社区来源的MIC,IC50和/或TOX数据超过300,000 TB的分析点;将它们策划到CDD TB DB内;并为任何人发表了他们,以便通过自由地查看和挖掘 CDD公众 [超链接],一个免费服务,即CDD主机为整个研究界的利益。
  • 使参与的研究小组能够利用复杂的数据分析策略,他们没有其他能力执行,针对每个组的需求量身定制。实施例包括通过计算方法识别潜在的目标机制,搜索使用药物模型进行测试的潜在化合物,将优先级聚焦在理想的分子特性,包括ADME,渲染数据集的复杂统计分析,并提供高级可视化能力。
  • 通过帮助塑造化合物和研究方向进行进一步调查,基本上贡献所有试点用户组的进展。

一些CDD最先进的功能在此结核病社区中首次亮相。例如,其中一个TB实验室正在使用CDD的软件来管理分布式项目的组合,就像在内部的主要制药公司一样。 CDD现在正在部署此功能,将“项目”称为所有用户。

CDD TB DB项目中的参与者称赞其价值:

  • Tanya Parish,传染病研究所:“CDD远远超过数据存档。对于我们所有的研究来说,这是我们的工作主管,并且随着我们加快额外的合作,它将更加重要。“
  • Joshua Odingo,传染病研究所:“CDD一直是金矿!”
  • Joel Freundlich,德克萨斯州A&M:“CDD非常简单地是我们在TB药物发现计划中杠杆的最佳软件工具。”
  • 托德Gruber,NIH:CDD允许“我做出快速决定哪种化合物继续学习…特别是在寻找新的脚手架。 CDD对于处理大量数据来说是非常宝贵的。“

我们期待着将CDD TB DB项目扩展了三年,并继续支持B.&MGF,我们感激不尽。

在该项目的过程中,CDD已发表与TB,忽视疾病和药物合作相关的几篇相关论文。所有这些论文都可以根据要求提供。

  1. Ekins S,Freundlich JS,Choi I,Sarker M和Talcott C,计算数据库,途径和化学信息学为结核药物发现,微生物学趋势,2010年印刷机。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21129975
  2. Ekins S和Williams AJ,Meta分析的分子特性模式和抗疟性“命中”和药物的公共数据集的过滤,Medchemcomm,1:325-330,2010。
    http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/MD/C0MD00129E
  3. Ekins S,Kaneko T,Lipinski Ca,Bradford J,Dole K,Spektor A,Gregory K,Blondeau D,Ernst S,Yang J,Goncharoff N,Hohman M和Bunin Ba,分析和击中了一个非常大的化合物图书馆的过滤筛查结核分枝杆菌,Mol Biosyst,6:2316-2324,1010。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20835433
  4. Rishi R. Gupta,Gifford,Em,Liston T,Waller Cl,Hohman M,Bunin Ba和Ekins S,使用开源计算工具来预测人类代谢稳定性和额外的Adme / Tox属性,药物元代谢,38:2083-2090 ,2010年。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20693417
  5. ekins s和威廉姆斯ej,当制药公司出版大型数据集:今天的丰富的财富或傻瓜金?,今天的药物光盘15; 812-815,2010。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20732447
  6. Ekins S,Gupta R,Gifford E,Bunin Ba,Waller Cl,化学空间:CheminFormatics的缺失碎片,Pharm Res,27:2035-2039,10010。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20683645
  7. Ekins S.和Williams AJ,致力于合作者:Pharmaceutical Research的众群,Pharm Res,27:393-395,10010。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20107873
  8. Ekins S,Bradford J,Dole K,Spektor A,Gregory K,Blondeau D,Hohman M和Bunin BA,结核病药物发现的协作数据库和计算模型,Mol Biosyst,6:840-851,10010。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20567770
  9. Bingham A和Ekins在制药和生物技术行业中的竞争合作。今天的药物迪斯科舞厅。 14:1079-1081,2009。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19835979
  10. Hohman M,Gregory K,Chibale K,Smith PJ,Ekins S和Bunin B,新的基于Web的工具,结合了化学信息学,生物学和社交网络的药物发现,Discov Discov今天。 2009年3月14日(5-6):261-70。
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19231313

此博客由CDD Vault社区成员创作。 CDD Vault是一个托管的 药物发现信息学 安全地管理私人和外部生物和化学数据的平台。它提供核心功能,包括 化学注册, 结构活动关系, 化学库存, 和 电子实验室笔记本 capabilities!

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