onloobridge - 连接用户和科学交流开发人员的新平台

现在通过BioPortal Intology存储库提供

NCBI Bioportal(Link,需要登录)的板载屏幕截图。
在Bioportal的Ontolobridge的屏幕截图

onloobridge现在可以使用 生物波动!!该项目由斯坦福大学,迈阿密大学和合作药物发现之间的U01 Grant资助的项目旨在弥合受控科学词汇的普通用户与潜在唯一的创造者之间的差距。

本体论是科学术语的描述及其与人类可读的正式(逻辑)定义的关系。因此,在本体中使用了智能词库,用于定义和连接科学术语。在大数据时代,正式的词汇表比以往任何时候都更重要,以找到,访问,集成和重用数据集和其他数字研究对象,换句话说,以制作公平数据(可查找,可访问,可互操作,可重复使用)。

Onlobridge是一种新技术,可以为本体开发人员提供更方便和半自动化的过程,以通过在接受社区建议的同时设计的新条款更新和扩展其本体。

鼓励和过程社区捐款是广泛采用本体的重要因素。科学家不得不在选择较不利或不合适的词汇表之间选择或避免所有数据的语义注释。 Onlobridge允许研究人员联系本体主管所有者,以请求新的术语,这些术语会使他们的直接工作流和整个科学界有益。

用户的初始反应深受了。使用Bioassay Express Bioassay Express注释工具产生的信息返回(www.bioassayexpress.com.)与Ontolobridge集成相结合,通过简化生物测试的语义注释来提高生产率。用户可以建议在飞行本体论术语中,在防腐剂和本体专家之间启动反馈系统。

Onlobridge目前用于生物测试(BAO)的本体,药物靶标的本体(DTO),蛋白质本体(PR),细胞系(CLO)的本体和冠状病毒感染疾病的本体论(CIDO) 。我们的团队正在将平台的范围扩展到其他本体。如果您希望您的本体与Onlobridge一起使用,请联系 [电子邮件 protected]。 (如果您希望将本体添加到BioPortal,请联系 [电子邮件 protected])

关于这一补助金

U01 Grant支持在NIHS和奖励机构之间合作的大量计划的发展。 u01lm012630授予国家医学图书馆的数量,如nihreporter所述,支持这个项目。内容只是作者的责任,并不一定代表国家推进翻译科学中心的官方意见或国家卫生研究院。了解更多信息 : //projectreporter.nih.gov/project_info_description.cfm?aid=9747967&icde=50608877.

 

关于CDD.

旗舰CDD产品(//www.selacapo.net/)CDDVault®是一种用于记录化学品,测试数据管理和SAR分析的现代Web应用程序。 CDDVault®是一个托管的数据库解决方案,用于安全管理和分享生物和化学数据。它允许您直观地组织化学结构和生物学研究,并通过易于使用的Web界面与内部或外部合作伙伴合作。 CDDVault®不断开发其技术,并最近集成了Eln,Model和API功能。 58个CDD出版物/专利的完整列表可在我们的资源页面上在线获取 : //www.selacapo.net/pages/resources.

有关更多信息,请联系:

合作药物发现,(650)204-3084, [电子邮件 protected].

 

关于迈阿密大学Schürer实验室

Le laboratoire Schürer fonctionne au sein du département de pharmacologie de la Miller School of Medicine (http://pharmacology.med.miami.edu/) et de l'Institute for Data Science and Computing (iDSC)(//ccs.miami.edu/focus-area/drug-discovery/)来自迈阿密大学。 Schürer集团的主要主题是发现全身药物。我们整合和模拟了全身生物学和化学数据的小分子和蛋白质,“OUMICS”的相互作用,以改善疾病模型的翻译成新的小型功能分子。使用分布式和并行数据分析,生物信息学和化疗化学工具,建立复杂的模型管道,以了解和预测药物,滥交和多药动学的作用机制,具有重点。特别是在激酶和蛋白质读取表观纤维蛋白酶,癌症应用和其他疾病。作为几个有针对性的和更大的项目的一部分,我们为最终用户开发正式的本体(例如,生物测定本体,药物目标本体),数据标准和多级软件应用程序。我们在发现药物中有几个合作,从癌症到神经疾病。

为了物理制作和测试小最有前途的分子,我们开发计算机优化的合成通道,我们使用并行合成技术来创建小复合库。计算方法和化学的结合加速了临床优化和临床化合物的开发。

本集团参加三届全国联盟,综合网络签名图书馆项目(LINCs)(http://bd2k-lincs.org/),“知识的大数据”程序(BD2K)(//datascience.nih.gov/bd2k和“照亮可药物基因组”(IDG)的项目(//druggablegenome.net/)最近,我们也是最近创建的NIH数据公共的一部分。

出版物Schürer : //goo.gl/TsNof9

联系方式:StephanSchürer,博士,迈阿密大学,+ 1-305-243-6552, [电子邮件 protected]

 

关于斯坦福大学生物医学计算中心

斯坦福生物医学信息学研究中心(BMIR; http://bmir.stanford.edu/)研究高级计算机方法改进生物医学的发展和评价。 BMIR是展开的数据注释和检索(CEDAR)中心的所在地,它提供模块化软件,休息,加快科学元数据的规范,收集和出版,同时提高所得的质量,数量和互操作性元数据描述。在本体(保护)的创建中,对本体论和词汇(BIoPortal)的扩散,对语义元数据的管理(CEDAR Workbench),BMIR提供了数百万研究人员使用的开源变压器产品和服务。

我们项目的所有出版物的引用都是在网站上提供的 //metrics.stanford.edu/people/mark-musen.

联系媒体:Mark Musen,MD,斯坦福大学博士,+ 1-650-725-3384, [电子邮件 protected]