斯蒂芬贝尔梅利埃尔:从Shoebox到云,然后和现在开始合作

2012年4月19日

CDD聚光灯亮点

斯蒂芬贝尔梅利埃尔

斯蒂芬贝尔梅利埃尔

斯蒂芬贝尔梅利埃尔是俄亥俄大学的副教授,化学和生物化学。他与美国的团体合作,全球合成综合方法开发和药用化学。他的研究课题是小有机分子治疗剂。

“…我坐在我的书桌上是一个鞋盒的盒子和它’S乘坐很少的四个文件卡,并且在这四个文件中的每一张文件中,我有一个绘制的结构’s得到了复合标识符,我们有人’在那里的名字作为制作该化合物和各种牌的人有点小铅笔标记表明我们向某人发送了这么大,或者我们在特定的测定中看了它。所以,你知道,实际上这是我真正喜欢CDD Vault的另一个原因,是我’m摆脱我的文件卡的鞋盒。”

 

斯蒂芬贝尔梅利埃尔s手册数据库- in a shoebox

斯蒂芬贝尔梅利埃尔s手册数据库– in a shoebox

采访于Sylvia Ernst,Phd,SR.董事社区增长,协作药物发现,Inc。

听全音频


编辑访谈成绩单

西尔维亚
谢谢斯蒂芬,可以告诉我们一些关于你的研究以及你如何到达你的研究,你’当然,尤其是,我们有兴趣了解更多信息如何合作。但首先,也许你可以告诉我一些关于你自己和你的研究,并介绍自己。

斯蒂芬贝尔梅利埃尔
好的。好吧,我’俄亥俄州雅典大学化学与生物化学系教授。我的研究区是合成有机和药用化学。我们在非常基础的研究方面做了很多合成方法开发化学。但是,从中增长了很多药用化学。由于我们是一个化学组,我们很少,如果有的话,如果有的话,生物化学或生物化学或药理学或者在我们的小组中的任何东西。如果我们,我们必须合作’重新做那样的事情,在那个地区拥有专业知识的人。

西尔维亚
有趣的。那么,你如何合作,你能谈谈合作者的类型吗?他们是,让’S Say,商业或学术界或国际或在您所在的地方,以及您如何分发工作?

斯蒂芬贝尔梅利埃尔
答案对所有这些东西都是肯定的。我有几家小型生物技术公司,我与之合作。其中一个是在雅典;另一个是在美国的另一边。我也与各种其他院士合作,在俄亥俄大学’在美国别处以及国际上也有合作。因此,有时这对我们来说有点困难的主张,试图处理像这样的项目所需要的各个方面都是在国际上以及在另一方面有合作者的国家该国等多个时区,等等。

西尔维亚
所以当你说协作时,每个实验室都在做什么样的任务?听起来你做的方法开发或一些药用化学,所以它更像是传统的分裂,即一些实验室为你合成的化合物做了生物学筛查,还是你在其他方面分享你的工作?

斯蒂芬贝尔梅利埃尔
这是传统的方法,我想我会说,在那我们做的设计和合成小分子,然后我们将那些送到其他地方的生物合作者。它可能在俄亥俄大学的位置,可能在世界的另一边,但我们将它们运送到他们的一些生物学测定或系统中,他们希望我们希望能够从他们那里获得反馈和我们然后将根据我们从中获得的反馈制作一些新化合物。

西尔维亚
而且,你提到了一些关于像的人,你没有 ’t称之为挑战,但它听起来像它’有时候更容易与真正靠近那些是进一步的方式的人合作。

斯蒂芬贝尔梅利埃尔
是的。那’肯定总是真的。

西尔维亚
所以你可以谈谈其他挑战或在合作时容易什么?

斯蒂芬贝尔梅利埃尔
那么与您自己大学与人们合作的简单事物之一是让我们的生物合作者获得化合物。随着实际的物理化合物,我们还必须向他们提供关于结构,稳定性和类似的信息,然后他们必须将信息获取回顾我们,例如:这在井中杀死了每个细胞’T更像是这种事情。或者,哦,它在井中杀死了每个细胞,所以更像是这些东西。在本地局面’非常容易。他们只是只是走到我们的实验室。他们将样品瓶子带回他们的实验室,我可能会在午餐或第二天咖啡看到它们,他们会告诉我,“哦,是的,我们看着你的化合物,看起来真的很好,” or “不,这看起来不太好,但我’ll下降抑制列表,”或者无论它是什么,“当我在课堂上看到你,明天在一个教师会议上”或类似的东西。所以那些东西真的很容易。当然,越具挑战性的方面就是你的’处理那些不在大学的人。俄亥俄州大学有点偏僻,所以让其他地方有时需要更长的时间,因此,例如,我在蒙大拿大学和蒙大拿大学的合作者,这两个大学都是胜利的道路,如果你将相对于UPS家伙等,下一天的复合物通常是两到三天的化合物。所以我们必须能够为以下方面规划:我需要在整个时间都能保持冷吗?而且,你知道,我们’vers非常擅长运送东西。

我现在在埃及有一个合作者,所以我们不仅要处理了另一个国家的运输化合物,但埃及仍然有点不稳定,所以通过任何一端的习俗让事情变得有点具有挑战性,但我们’处理这一点。我喜欢CDD的一件事实际上是它允许我们简化我们通常必须做的一些事情。例如,我不’T必须将复合结构的硬拷贝作为样本运送到它上面有一点代码,然后所有的代码都必须做到这一点就会转到CDD并查看代码,如果我们想查看结构或其他任何东西,请查看代码实际上对他们和我们来说真的很好。

西尔维亚
有趣的。以便’是一个我想问你的问题,但自从你提到过它以来,你还有什么用你在合作中使用CDD的东西吗?在这方面有什么意思吗?

斯蒂芬贝尔梅利埃尔
好吧,我猜这是其中一个’他们真的很好,我和合作者都是那么多史,他们说,“哦,你知道,我读了一些纸张,他们正在继续,并谈论分子的这种财产真正适合毒品,” and they’ll say, “嗯,你能计算这个属性吗?” and I say, “Hey, you don’不得不。您所要做的就是转到CDD,这些属性实际上是那里,所以只需点击分子,您就可以找到,例如计算的LOGPS和POLAR和SIGRE区域以及类似的东西。它有助于每个人都要看待这样的东西,就我们在分子中建立了什么样的物业,并且它真的很讨论自己和合作者之间的沟通–他们可以说,“哦,是的,我正在看这个分子,它有x重要吗?”我们可以谈论这样的各种东西,而我以前认为我当然不会经常这样做。通常,生物合作者唐’T始终对事物的化学性质有很多兴趣,因此提高了一种化学物质或类似的东西’我会带来的东西。但是现在,这些信息在那里为他们,他们可以简单地看着它,他们可以说,哦,好吧,我看到这件事的logp是三个,我正在阅读这篇文章中,这真的很重要。我们应该在看这个吗?我们至少可以对此进行对话。以便’s kind of nice.

西尔维亚
那’s good to know.  You’在你的实验室中可能使用很多其他技术,所以你几乎了解你有什么,你想要什么。您的愿望清单是否有什么CDD可能拥有的?’有你吗?你希望来自我们吗?您是否使用过其他技术或您认为自己真的是什么?什么可以帮助合作更多?你也可以说你’re totally happy 😉

斯蒂芬贝尔梅利埃尔
我真的很满意。我很少得到任何类似的软件或那样的东西’在我们工作的分子建模方面,我非常满意。我不’知道,你可能没有’想要宣传竞争对手,但我们使用了斯巴达,我们使用了一些像滑行和那样的薛定车的东西,就像那样的傻瓜。如果你没有,那些事情有时可能很难使用’它偶尔使用它。例如,他们肯定会对他们方面来说,这样如果你不’T一直使用它们或你避风港’在一段时间内使用它,你有一个学习曲线来弄清楚如何再次做事。 CDD,我真的不’T有那个问题,我真的,真的很喜欢。它可能没有,在那里各种建模能力,我不’知道我真的想这样做,因为我’我敢肯定会增加复杂性并使我更难使用,我难道’t使用它。所以我’M实际上真的很满意。我有足够的东西’我很满意它。实际上,一件事总是定期刺激我的是有时候当你的时候’仔细研究了你实际上必须几乎打开编辑窗口的分子,以便看到分子的结构,因为那里有一个大分子,它适合展现出来的微小小盒子’大。也许我需要一个更好的监视器,但你只能有点看看细节。它’s like, yeah, there’在那里的分子,我认为它必须在那里拥有结构,即使你点击它,你也可以稍微稍微略大’你还可以依旧到足够大’T真的阐述了很多重要细节。您实际上必须转到编辑窗口,以便有时查看结构。

西尔维亚
那’很高兴知道,谢谢。我会把它放在我们的名单上。这就是我们如何通过倾听客户的进步。我肯定会把这一点带到我们的产品开发。非常感谢你对CDD的所有好事,但我也想添加你是你说的竞争对手吗?’对我们完全没问题。当您合作时,您也需要使用您的合作伙伴和竞争对手–你的“共同光学”。然后’有时是一个有趣的道路,因为最终我们都需要彼此。我只是想从我的看法分享这一点。

显然,你的积极研究非常好。你有像突破的时刻还是在你的科学或你的工作中的一个突破性的时刻?有什么东西伸出吗?令人兴奋的东西?

斯蒂芬贝尔梅利埃尔
我不’t know that I’真的有一个“AHA时刻”。我像科学家和其他人一样读过各种杂志的文章,或者在网上的各种东西,他们谈论他们的啊 - 哈哈的时刻,我从来没有真正有过一个啊哈的时刻。我回顾一下,我说,“哦,哇,”这实际上是一个真正的决定。我觉得他们’至少对我来说,这是更具战略决策,我’我不再追求这一研究,我’我真的要专注于我们的其他东西’再做,因为它真的似乎有更好的潜力。

西尔维亚
那 is interesting.  Obviously, decision making is always the hard part and some people have the talent to make better decisions than others.  Do you have any advice on how to make good decisions?  It seems you have a pretty good track record on that so anything you want to tell the readers or listeners on how to make good decisions?

斯蒂芬贝尔梅利埃尔
大学教师’听我说。不,我’肯定做了一些不良决策。但我认为很多事情一直是我真正发现有趣的事情以及我真正发现有趣的事情普遍效果。我想如果有的话’是一段建议告诉人们,这是你发现真的有趣的事情,你会使他们以某种方式锻炼,因为你’你会花更多的时间,你’重新花费更多的想法,它将最终锻炼。如果你有一些你认为哦,你知道,这是授予机构的东西’去爱或者这是每个人的东西’这样做,所以我可以轻松发布,但我’我并不是那么热衷于它,但我觉得它’有一件好事,我想你’Re只是不与你看一下项目的方式一样工作,你说,“哦,这真的很酷”和你’然后,即使你认为没有人,那么就会真的坐在那里’S会为这个东西提供资金,但你仍然认为它’真的很酷。我认为最终你让别人为它提供资金,人们会发布它,事情会锻炼。我猜可能是’如果有的话,我的一点点建议。

西尔维亚
那’S精彩的建议,与我一起共鸣100%。谢谢你。那’这是一个真正的智慧之大,通常会是关闭面试的好时刻,但我也想问你,是否有其他你想分享的东西?你想说的还有别的吗?

斯蒂芬贝尔梅利埃尔
实际上,其中一个东西–你在这里有一个问题,你问过–您是如何管理数据的或合作的?所以我们的一件事’一直在做,正在经历并摆脱我曾经管理数据的方式。我坐在我的书桌上是一个鞋盒的盒子和它’S乘坐很少的四个文件卡,并且在这四个文件中的每一张文件中,我有一个绘制的结构’s得到了复合标识符,我们有人’在那里的名字作为制作该化合物和各种牌的人有点小铅笔标记表明我们向某人发送了这么大,或者我们在特定的测定中看了它。所以,你知道,实际上这是我真正喜欢CDD的原因之一,是我’m摆脱我的文件卡的鞋盒。

西尔维亚
所以你真的有一个手动进程。

斯蒂芬贝尔梅利埃尔
哦,是的,这是完全手册。我们’大约半途而废,现在将它们放入CDD的鞋盒。

西尔维亚
所以在你的演变中,你刚刚跳过Excel的一步,这是许多人坐在一段时间内的地方’有趣的是,你立即将跳转到数据库和协作技术。

斯蒂芬贝尔梅利埃尔
好吧,我从来没有真正喜欢Excel,有ChemDraw Excel计划,但ChemDraw保持改变他们支持的东西或他们没有什么’支持,有时它与Excel很好,有时它没有。我真的没有’根据某些软件制造商,日程表,根据某些软件制造商进行升级或不升级。我喜欢CDD的另一个原因是它 ’只是这个基于Web的产品,我不在那里’T真的需要拥有某个计算机操作系统或需要升级我所拥有的任何操作系统,以便我可以继续使用它和类似的东西。

西尔维亚
谢谢你指出它。这可能也是我喜欢的真正漂亮的事情之一。不仅仅是关于CDD,而是关于现在基于Web的所有事情,这使得生活如此简单。所以这很酷和你说话。谢谢你,斯蒂芬,为你的时间。


此博客由CDD Vault社区成员创作。 CDD Vault是一个托管的 药物发现信息学 安全地管理私人和外部生物和化学数据的平台。它提供核心功能,包括 化学注册结构活动关系化学库存, 和 电子实验室笔记本 capabilities!

CDD保险库:药物发现信息学您的整个项目团队将拥抱!