采矿PDB配体结构与CDD金库3D Vision(2/2)

2015年9月28日

检查CDD Vault中的PDB配体结构以进行3D Vision

来自CDD倡导者的客人博客。 DALE CAMERON博士
2分之一

最近的博文章因此,CDD宣布蛋白质数据库(PDB)的最新配体结构已添加到CDD Vault。这肯定是令人兴奋的消息,即这种独特而有用的数据可用性已扩展,但科学界实际上可以使用该数据?

图1示出了能够从CDD库中运行的许多示例之一。部分结构搜索,完全搜索和相似性搜索可以在CDD Vault中轻松完成。要检查一个有趣的骨干,请运行查询以搜索PDB中的相关结构,单击显示所有配体信息,包括PDB链接到可用结构复合物。作为一个例子,让我们来看看Trifluorazepine(TFP),是吩噻嗪的代表性抗精神病药。

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图1:存储在CDD保险库中的配体数据示例以及来自PDB的相关数据的摘录

搜索目标不仅是结构。目标,PDB代码,文本搜索配体,结构类型(X射线,NMR,电子显微镜),分辨率,沉积天等都包含在用于方便起见的许多选项中。例如,当您搜索包含“HIV集成”并“的结构化标题时,您将看到67个独特的配体记录。在这个简单的搜索中,您可以将一组配体放入HIV集成赛中的CDD Vault的“集合”,并通过您的私人CDD保险库与您的同事分享。

并且所有这些新信息都被共享为公共数据集,因此如果通过将CDD数据存储(公共,非公共)与PDB数据存储相结合来搜索结构的存在。即使您不知道,现在可以获得配体结构信息。很酷。

例如,如果您有兴趣识别新的锥形瘤抑制剂,请搜索CDD Vault的已发布的数据集,T. Cruzi.您可以看到超过300k的化合物已经测试了HTS筛选1。1将这些筛选结果与至少一个晶体结构的PDB化合物进行了组合,在一个“和”在CDD拱顶(每个目标的偏置中,找到了527个独特的化合物。如果您在PDB结构标题中搜索含有“锥虫瘤Cruzi”的化合物,氟康唑.用甾醇14.alpha.-脱甲基化酶(CYP51)复合材料,N-乙酰基-2,3-脱氢-2-脱苏酸(结合二丙烯酶),5-氟加管获得三个结构线索(配合物与二氢溶胶脱氢酶)。图2显示了可用于氟康唑的数据的快照。除了易于找到新抑制剂设计的有趣起点之外,还可以找到识别已知有趣蛋白质的目标的方法。如果将这三个化合物保存到CDD Vault作为集合,则可以使用同事分享结果,搜索更多,并查找更多PDB结构信息。

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图2:CDD Vault搜索中发现的氟康唑数据示例。 PDB代码,实验方法,原始出版日期和分辨率,PDB输入页面或PDB结构下载链接。

随后,搜索PDB返回与这三个引线相关的所有结构。 PDB中还有其他有用的数据,您可以在CDD Vault中第一次观察后遵循一个方便的链接。例如,呋喃基唑是三苯甲菌瘤,结核分枝杆菌分枝杆菌Leishmania infantom.还进行了CYP51结晶。比较所有这些结构,常见的设计元素变得显而易见,并且能够启动靶向广泛的人类病原体的新抑制剂设计。

同样,作为最终的例子(并基于您的科学兴趣找到自己的一个例子),N-乙酰基-2,3-脱氢-2-脱氧神经酸,其他靶标,包括三胞膜瘤酶,病毒和病毒细菌神经酰胺酶和人唾液酸酶。 5-氟加管酸也用大肠杆菌或人二氢溶胶酶结晶。与人性结合细节的这种规格和比较的比较可能在设计可能是特异性和低的新化合物中。

每个PDB CDD Vault条目都提供原始PDB页面的链接和直接下载链接到实际的PDB结构文件。这允许您访问更详细和3D结构文件。 PDB可以获得更多信息,例如3D显示,引文,详细的实验结果,蛋白质序列和蛋白质序列。

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图3:氟康唑的PDB页面与T.Cruzi(2 WX2)及其立体结构绑定。  (ソース1, ソース2)

我还宣布了第一个博客,但PDB结构生物信息学研究界(RCSB)财团它由其管理,丰富的有趣信息连接到许多其他数据源。公开发布的PDB CDD Vault数据集是CDD Vault中的联合数据分析的原始功率,以及带有所有指尖的非常有价值的PDB数据集。照常,CDD公众与...一样,CDD Vault拥有隐私,导入,导出,高级分析功能以及他们自己的协作功能。您可以自由地使用社区中只读数据集的数据集。如果您对您可以存储CDD Vault的其他科学兴趣的其他主要数据提案,请告诉我们。

1.ekins,s ..; lage de siqueira-neto,j .; mccall,l.-i .;萨卡默,m .; yadav,m .;思考,el; ea; ea; kellar,d .; chen, s。


此博客由CDD Vault社区的成员编写。 CDD Vault已安全地管理私人和外部生物和化学数据药物发现信息平台。那是,化学物质注册结构活动提供包含的核心功能。 化学物质的库存管理电子实验注意提供功能!

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