这是pc蛋蛋彩票平台app客人博客。 Jonathan Bale博士(Wehi癌症治疗研究中心药物化学集团负责人

2010年3月8日

CDD希望注意有用的发展。这次,最近宣布J. Med。它是化学纸。Chem.会员克里斯托弗Lipinski,“用于从筛查库中去除PAN测定干扰化合物(疼痛)的新子结构过滤器,并在生物测定中排除”文件宣布。本文认为,药物发现社区不会浪费红色兴奋剂资源。我们突出了科学推进背后的一些个人考虑因素,澳大利亚沃尔特和伊丽莎霍尔医学研究所的科学推进背后,以及提出作者的赞助商博客参赛作品,我很高兴除了强调这项重要工作之外,我们还邀请来自社区的其他人为此或其他及时的主题做出贡献。

“专利申请和发行专利现在值得测试/站立以及学术领域的高质量手稿。”

-Jeff Orb 2009.

如果翻译研究是你的乐趣之一,那么这个报价肯定会产生你的耳朵。简而言之,认识到高附加值研究的难度似乎是促进权力。只有在专利中保护的化合物受到保护,才有价值,并且知道该过程将干扰及时出版。

和定义,专利意味着新颖性和实用性,对于某些人来说,聪明才智也意味着聪明才智?有没有更好的方法来表明我们的钱用于纳税人?这一概念应该得到奖励和鼓励以及翻译研究。

当然存在问题:任何具有倡议的专利律师都可以应用临时专利的镇痛或羧基-2- yol醋酸盐的镇痛或解热特性,并且很高兴地收回几美元(临时专利的几美元,但后来这将是丑陋的)。专利尚未被凝视,与众许有不同,他们不必以一种能够评估所涉及的科学意义的方式编写。在授予专利后多年来,您可以获得合理保修,即工作有新颖性和有用性。这可以是确定翻译轨道记录中的令人讨厌的指示器。它只是炖。如此明显的解决方案是评估具有更高的出版物的专利。

不幸的是,王室,学术化学和生物学联系在Hotakama。与其他强劲的婚姻一样,这个非常好评的联盟也存在pc蛋蛋彩票平台app问题,但现在它被公布了。

具体地,将光应用于初级竞争测定并在次级结合测定中证实,最后涉及发现成功与基于细胞的测定的化合物的发现。小文献搜索揭示了相关化合物生物活性的声音证据 - 总是好迹象[具有大量可用模拟但没有生物学的课程相比之下。这绝对是一张黄牌。请参阅此有用的链接。Christopher Lipinski,Melior Discovery博士。您还可以看到与已知药物的相似之处。因此,一款华丽,在明确的IP空间中制作一些类似的产品,申请物质专利,及时宣布合理的期刊,煮沸! !! !! !! 。 - 翻译轨道记录开始看起来很好。

但是,有pc蛋蛋彩票平台app问题。这些化合物实际上并不毫无价值,并且可能原谅您的任何测定的错误测量。即使筛选组不含已知的反应性基团,下pc蛋蛋彩票平台app癌症治疗剂也是蛋白质反应性,并且可能对发育可能很少希望。

例如,脱烯基罗胺。它们通常是有色,螯合金属,并与多种方式侧链亲核试剂和肽骨架 - 罗丹蛋白本身的蛋白质和pc蛋蛋彩票平台app或多个反应性位点和pc蛋蛋彩票平台app或多个反应性部位反应!在一些罗丹林中,可以通过光诱导反应性,但不能诱导。不是一些罗蒙丁,但其他罗奈,反应性可能会引起光线。更糟糕的是,它们只能注册为蛋白质的击中,并将其注册为另pc蛋蛋彩票平台app未被用作选择性控制。基本上,这些讨厌的东西可以通过多种不同的测定协议确认,并且可以显示为成熟的实际击中以进行进展。由于易于获得,这些在硅筛选命中套件中是常见的,并且显示为类似证实的活性物质,并且它们似乎在硅筛选中同时验证。即使湿筛选,甚至干燥筛网,也可能不幸的是,这些化合物比其他可能存在(或可能不存在)自身的其他弱化合物,您可以选择。

最初HTS,制药业绝对熟悉许多这些筛查袭击作品,多年来,它们不可避免地被认为是“禁忌”选择。学术研究人员没有这样的历史奢侈品,整个情况加剧了,学术研究人员可以轻松地突然进入HTS。

你应该知道。这些超级聪明的假阳性(SSFP,某人?),这些泛测定干涉化合物(痛苦?作为pc蛋蛋彩票平台app问题,我们有一些努力识别这些痛苦,我的同事是我的同事。Holloway和我最近已经了解所有人我们的结果并宣布了我们在医药化学杂志中的调查结果。我们很高兴,但我对这项研究感兴趣,它有谦虚。

Rodanin只是我们识别的400个潜在痛苦课程中的pc蛋蛋彩票平台app。然而,这些大部分是单线稀有的化学和学术研究人员不应威胁要学会认识到最糟糕的罪犯;这些都是明确的,并且容易认识到它是由少数课程的主导。

那么如果你发现疼痛呈现有前途的生物数据,你会怎么做?我本能的反应是执行“反射罪”协议(而不是非常有效的手风琴):避免匆忙,并自动观看近亲。

但是,这种反应应该是强烈的合格:目前,它是未知的痛苦之一,虽然不众所周知,“这可能会干扰我的测定,如果没有,试图回答这样的问题可能有用?事实上,我欢迎学术毒品发现社区,帮助您更好地了解痛苦,以更好地定义痛苦的当前和未来的课程。例如,我想知道我们正在讨论的融合四氢喹啉是如何对蛋白质反应的。发现这一点的第pc蛋蛋彩票平台app人可以很容易地宣布结果。

对于你们中的一些人来说,这可能为时已晚,你的学生可以准备好完成并发布。我认为每个人都对这些需要同情,但至少提到潜在的问题可能是在你的手稿中写的吗?如果你很抱歉,你不像有前途的领先地绘制你的痛苦吗?

更一般地,将化合物作为真实的测定阳性报告化合物的出版物应该理想地附加到有说服力的数据。这是一种特异性,可逆的结合证据,在十几种良好的探针和功能性生物标志物反应(生物化学,细胞性中,细胞性优异的透明SAR。它不需要)。如果文献充满了不同的测定中击中不同目标的类似化合物,则红旗上升和玩家从场上发送。具有讽刺意味的是,没有这样的文献的事实,它使它只是处理罕见的化学(出于其他原因,以其他原因见上面的链接)。文献不一定是基于筛选,但它甚至是下来的,事情很好。

如果指出这一点,或者至少没有指出它们非常优化,我会完全放松,完全放松pc蛋蛋彩票平台app结构上可疑的筛选,请注意你是(但我对罗丹宁和其他一些东西感到满意)。这仍然是pc蛋蛋彩票平台app相当有用的公众意识运动,您将在这些方面看到我们集团的未来工作。

在实际意义上,识别疼痛(对于Sybyl用户)的最简单方法是使用文章中提供的SLNS运行DBSLNFilter,如实验部详细说明(PDF如果转换为麻烦,请与我联系)。对于智能用户来说,我们希望尽快提供这种形式的过滤器。

目前的目的是使这些过滤器完全使用CDD功能。

在我们的论文中,在广泛的补充信息清单(图S1)中,我们提供了我们认为的所有痛苦的结构表示。准确性较差,但对于无法处理文本过滤器的人来说是有用的。但是,这个角色不仅仅是。文本过滤器的严格定义提供了识别未识别疼痛的关键。为此,您需要在面包纸中描述的解释。

让我们来看看“Cyano_imine”的痛苦。您可以轻松了解这些痛苦按字母顺序列出的位置。

氰瘤引力

在这里,()中的数字在我们的图书馆中告诉我们这些数字。然后将该数字链接到辅助表S7以按族大小的顺序滤波,因此在第S24页中,易于布置Cyano_Imine_A的精确SLN定义。可以更常用的补充表S9,因为该表包含“测定计数”的分解。此表还按照我们图书馆经常发生的顺序列出疼痛。因此,很容易获得以下数据。

潘恩的桌子

这里,例如,Cyano_Imine_B非常麻烦,命中2至6个测定的比例为275%,如果没有击中(“ebaell”值)!超过30%是坏的。所有30%以上都是Bad-Cyano_Imine_c更糟糕的。难以猜测腈和亚胺与蛋白质核官的攻击是pc蛋蛋彩票平台app问题。

那么你为什么不排除这样的群体?首先,Levosimendan含有氰基胺_b,但如果需要口服活动和长半衰期,那么该IV的PK仅仅是活性药物自然射击。http://indianpediatrics.net/july2009/593.pdf)。其次,很难假设未发表的官能团的所有组合,直到它们在测定中找到它们。无论如何,我们现在不希望这些作为筛选,我们不希望这些到我们的图书馆。

那么,你是如何命名这些痛苦的?现在,毕竟课程在结构上定义,某些苯胺(AnIL_),烯烃(烯醛_),腈(氰基_),亚氨胺(氨基_),腙(HZONE_),吡咯(吡咯_),杂种络合物,它已经清楚地清楚地清楚存在诸如环(Het_),含有硫(Het_thiO_)的杂环的主题和含硫代羰基的化合物(TiO_)。我试图在似乎是最有问题的基础上的路线名称......因此“Cyano_Imine_”。

让我们多一点例子。

进一步痛苦

“Het_thio_”描述了存在疑似(末端或外部)硫的任何杂环,并且还描述了环融合。然而,例如,如果存在erg环烷烃,则这优先于。如果存在S-N加入,则此问题的特征表示为自己的命名(“Thio_n”)(如“het_thio_n_5a”)。有时,像“萘酷”一样,我们一直在几个不同的课程中,并决定在易于公认的系统中提供自己的名字。我们的过滤器有七个课程,包括萘内,其中四个属于Napth_amino_组。因此,在这种情况下,它不存在于“HET_”根目录下。与Thio_Carbam_eNe类似,硫代羰基优先。

请注意,我不声明绝对精确性,我应该真的是下面的“het _ thio _ 6_ franc”。但你得到了我的漂移。

硫吡啶.

为什么我在这里解释一下?这是因为这些过滤器无意中使用,但它们习惯足够好,这就是为什么。例如,假设某个研究员击中了这一点。

额外的氰瘤引力

目前严格定义的过滤器无法识别,“该化合物表明该化合物表明它没有痛苦。”然而,这种化合物属于Cyano_Imine_类的化合物,这些化合物显然有问题,毫无疑问,这本身就是pc蛋蛋彩票平台app有问题的痛苦。如果学术研究员熟悉我的命名系统,他们很容易找到这一点(当我们提供的功能基础过滤器未被用作重罪形式时,它指出了一些真正的讨厌的东西可能无法识别出来)。

好吧,为什么我没有扩大定义?例如,我们去除含有硫或氰基甲瘤的所有化合物。 Alpha版本过滤器经常通过这种方式定义,但几乎所有事物的外观都不当,事实证明,可能的系统越来越多地删除(这种人类的自然趋势有时被认为是pc蛋蛋彩票平台app大型企业,可能会减少获得真正的筛选多样性)。例如,我考虑将所有含有腙定义为问题的问题,但腙似乎与问题的问题经常有关,也是非常一般的化合物,这是因为存在。但是,如果你进一步看,很明显含有含有含有的某些含有含量的亚类。事实上,我们最成功的药物计划之一开始含有含有腙的浓化合物,但这是因为不同结合元素之间的替代结合未在商业上表达。我们能够快速优化PK可溶性腙结合。

因此,我们最终采用了一种纯粹的基于循证方法来定义结构类,并制定了更具体的子类,使Ebaell的百分比显着更高。

最后,这是pc蛋蛋彩票平台app技术问题。我们定义的480个或更多课程不一定是全部痛苦。这些类化合物被定义为疼痛,并且在这个阶段,不仅上课必须是测定中的问题,而且类似的复合也在不同的测定中击中不同的目标,所以要求必须有pc蛋蛋彩票平台app文件必须有pc蛋蛋彩票平台app文件文件(混合特权结构和痛苦的有趣情况)。此外,从某种意义上说,它也是一种悖论,但这些标准需要首先发布误报。 )在论文中,我们搜查了最常见和最明显的候选人的文献,所以只有少数经典课程被促进痛苦状态,而本课程的文本则赋予这些课程的名称。由于这些原因,我目前正在呼吁pc蛋蛋彩票平台app假设的痛苦,以及补充图纸中列出的许多其他课程。

我们希望我们的过滤器能够帮助科学的药物发现研究人员,并导致更好的点文学浓缩,以进行间接有效的治疗发展。

现在,遗憾的是,科学文献中的误报的出版是洪水。

然而,那些住在玻璃房子的人不应该扔石头。这些痛苦中的一些最近饿了和同事。他们可以被任何人宽恕。好吧,几乎任何人都是。许多人不会原谅大药人(我们的一些着名的痛苦有理由相信他们可能是新的)。

如果你成功地在一家大公司获得了生物活跃的化合物(不一定是pc蛋蛋彩票平台app小型生物技术而不是旋转,而且还有pc蛋蛋彩票平台app拥有大型企业体验的SAB成员,您可以相信您至少有一些特殊的东西。这是翻译研究的研究人员的罕见活动,并与潜在验证的临时专利完全造成鲜明对比。事实上,对于那些研究机构来说,基于快速SCIFINDER搜索所显示的痛苦所揭示的大量专利,这对于这些研究机构来说,这需要巨额费用。

在我们的实验室,这声称这等于或高于生物学家的自然论文。相反,如果您无法许可知识产权,可能有必要询问为什么无法获得许可。

许可的知识产权应该是您的推广委员会的真正支持者。更重要的是,这是用于测量翻译结果的最终特定指标。


此博客由CDD Vault社区的成员编写。 CDD Vault已安全地管理私人和外部生物和化学数据药物发现信息平台。那是,化学物质注册结构活动提供包含的核心功能。 化学物质的库存管理电子实验注意提供功能!

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