为什么使用Ppc蛋蛋彩票平台app而不是pc蛋蛋彩票平台app会改变你的生活

2019年11月21日
(最初发布于2014年7月8日; 2019年11月21日更新)

为什么使用Ppc蛋蛋彩票平台app而不是pc蛋蛋彩票平台app会改变你的生活(特色图像)

 

从桌子上 Marc Navre,Ph.D.,
联合创始人兼首席执行官,Accile Therapeutics,Inc

 

大量CDD Vault订阅者使用 pc蛋蛋彩票平台app 存储和分析其剂量响应数据的值 体外 测定。现在,CDD保险库的自动计算扩展支持 PCI50值的计算,我想说服pc蛋蛋彩票平台app的用户考虑使用 ppc蛋蛋彩票平台app 相反,为什么它会让你的生活更轻松(从长远来看),并让你成为一个更精细的人类。

我已经在两个小型生物技术公司工作,我正在寻找生物学和信息学,从而能够“强制”使用Ppc蛋蛋彩票平台app值而不是pc蛋蛋彩票平台app值。你会想到我从现在开始说我们会吃午饭吃虫子。这是一个艰难的战斗,还有一个学习曲线,但在六个月后,每个人都习惯了,同意它更好,不会回去。哦,是的,这只是平淡的“正确的事情”。

什么 is pc蛋蛋彩票平台app in the First Place?

一个 pc蛋蛋彩票平台app测量 告诉我们药物能够通过50%抑制特定生物学过程的浓度。例如,如果化合物A可以抑制配体的50%的配体与特定受体的浓度为5nm,则它将具有5nm的IC 50值。密切相关的概念是EC50值,这是药物诱导生物学过程的效力。

那么Ppc蛋蛋彩票平台app是什么?它只是磨牙中pc蛋蛋彩票平台app值的负日志。手表:

  • pc蛋蛋彩票平台app为1μm是10-6 m,这是pic50 = 6.0
  • pc蛋蛋彩票平台app为1 nm是10-9 m,这是pic50 = 9.0
  • 10 nm的pc蛋蛋彩票平台app是10-8 m,这是pic50 = 8.0
  • pc蛋蛋彩票平台app为100 nm是10-7 m,pic50 = 7.0
  • pc蛋蛋彩票平台app为30 nm是3 x10-8 M, which is also 10-7.5 m,这是pic50 = 7.5

你看到了一种模式吗?你在毒品发现中......你一直在高中敲门升级气瓶。在实验室工作时,您是否说该解决方案具有10μm的酸度(10-5 M) [H+]?当然不是。你在ph 5的解决方案上谈到了一个解决方案。你没有打扰在你的头脑中试图计算,也就是说,你没有尝试转换为7.5到30 nm的pH值[h+]。那是因为你训练了自己在pH中思考,以及水溶液的酸度是对数功能的事实。实验中的pH值从1到2到3,而不是10mm至20 mm至30 mm [h+]。

这正是您应该考虑pc蛋蛋彩票平台app值的方式(或测试激动剂,EC50值)。酶或细胞的剂量依赖性抑制(或活化)是对数现象(关于化合物浓度),因此可以更有意义以这种方式查看数据。如果您查看大型制药公司的论文,您将注意到它们通常不会报告作为Ppc蛋蛋彩票平台app而不是pc蛋蛋彩票平台app。

那么你应该这样做只是因为默克这样做了吗?不,所以让我们讨论它为什么 正确的方法(以及为什么Merck,GSK等使用它)。

剂量响应曲线

当您缩回剂量响应数据时,您将拟合您的回复(例如0-100%,以保持其简单)免受测试化合物的浓度(最终摩尔)。但是如果您仔细查看您运行曲线的等式(四参数逻辑函数,也称为SIGMOID函数),则正在计算的是响应与 日志 化合物浓度。

Hill_equation.

y是您在复合浓度下测量的反应 x. 最佳 是没有抑制剂的反应(aka最大渐近的)和 底部 是当酶(或细胞)完全抑制时的响应(AKA最小渐近)。而且当然, pc蛋蛋彩票平台app 是拐点(顶部和底部之间的中途点),您正在解决的价值。

因此,曲线拟合实际上解决了LOGpc蛋蛋彩票平台app,而不是pc蛋蛋彩票平台app。如果您想从拟合中知道错误,则可以获得对称围绕pc蛋蛋彩票平台app的标准错误(SEM)。但是,如果开始将Ppc蛋蛋彩票平台app值更改为pc蛋蛋彩票平台app,则该错误变得不对称,并且没有意义。

你必须回去并做反日志来获得pc蛋蛋彩票平台app。这几天与计算机和Excel这很简单。所以“每个人都这样做”。但是你在拍摄“简单的步骤”时会失去很多。有利的是什么?这将如何改变你的生活?

对于初学者来说,考虑数据演示和重要人物(您要注意重要人物,不是吗?)。考虑呈现pc蛋蛋彩票平台app值的一系列弱到有效的化合物。你的桌子可能看起来像这样:

pc蛋蛋彩票平台app_table

难以在同一表格上审查具有广泛职能的化合物的数据。通过大多数文本编辑器或文字处理器,非常困难地将数字围绕小数点(它们应该做到最可读)。您也是具有重要人物的地图。不专业。

现在这里是表格显示Ppc蛋蛋彩票平台app值的相同数据:

pic50_cdd_vault.

看看是多么干净。所有人都在十进制点周围没有努力,他们都有相同数量的重要人物。最重要的是,你得到了更好的相对职能感。你宁愿在项目团队会议上举行哪个?

现在看看化合物I和J.通过线性pc蛋蛋彩票平台apps,心态是“两倍的效力”。但是看看PIC0S。差异并不是那么大......这是正确的。 pc蛋蛋彩票平台app是日志功能......在日志差异方面需要考虑差异。

当您尝试开始获得您的复合级别的平均值时,实现了另一个重要优势。平均pc蛋蛋彩票平台app值的正确方法是采用pc蛋蛋彩票平台app值的几何平均值,而不是算术均值。回想一下,n值的算术平均值是除以n的n值的总和。相反,可以通过确定来计算几何平均值 产品 n值,然后采用产品的n根。因此,如果您的三个值为4,5和6μm,几何平均值是:

几何平均数

注意,它与算术平均值不同(当然是5μm)的情况不同。但是,如果使用Ppc蛋蛋彩票平台appS,您可以轻松计算pc蛋蛋彩票平台app值的几何平均值。这是因为几何平均值也是IC 50值的日志的算术装置。

当您为您选择复合浓度时,请记住此对数思考 剂量反应曲线。一般倾向是在5:1 nm,5 nm,10 nm等的因素工作。但是由于您现在是专业人士,并且在Log Land中工作,您将在大约3的因素中更好地工作,这是大致的半个日志。即,1nm,3nm,10nm等,这为您提供了对数剂量响应曲线的更好间距。请参阅下图。这是一种实践,可有效地转化为体内研究:您在1,3和10 mg / kg的情况下获得更好的展开,而不是1,5和10 mg / kg。

作为一个插图,看看下面的曲线。这是一个理论曲线,其中数据适合底部= 0,顶部= 100,pc蛋蛋彩票平台app = 100和Hill Slope = 1的pc蛋蛋彩票平台app方程。在左侧的图中,化合物浓度线性选择(1,5,10,50等)。相反,在左侧的绘图中,对数为对数(1,3,10,30等)选择的点。注意右侧绘图上的点是均匀间隔的,而在左侧幻灯片上,它们被聚集在一起。由于您的目标在创建剂量 - 响应曲线时是尽可能多地对“剂量空间”进行采样,因此基于日志间隔内的剂量提供更好的采样。哪个显示更好的实验设计?哪个情节让您对结果的更大信心?您宁愿在项目评论中展示哪个?

pc蛋蛋彩票平台app_plots.

 

 

仍然没有说服?以下是为什么用Ppc蛋蛋彩票平台app替换pc蛋蛋彩票平台app的5个具体原因将改善您的剂量响应故事

从pc蛋蛋彩票平台app切换到Ppc蛋蛋彩票平台app会导致您更改您对数据和实验设计的考虑方式。它会鼓励您对对数思考的效力数据并停止思考算术量表。从根本上依赖性抑制是对数现象,所以这更有意义对此来说是这样的。

 

1. Ppc蛋蛋彩票平台app将鼓励您对对数进行体外测定数据。

想想你的pc蛋蛋彩票平台app值 - 你的效力数据。您使用一些系统进行曲线拟合,所有这些系统都使用pc蛋蛋彩票平台app方程。但是,如果你在封面下得到,你看看实际的方程’s being fit, you’请参阅它实际上是使用药物浓度的日志来确定pc蛋蛋彩票平台app值的日志。该软件可能为您报告pc蛋蛋彩票平台app,但它’从Log pc蛋蛋彩票平台app开始将其转换为。

这个想法是,当你的时候’re看着你的数据 电子实验室笔记本 使用Ppc蛋蛋彩票平台app而不是pc蛋蛋彩票平台app,从微摩尔到纳米摩尔抑制剂的过渡更平稳,效力值之间的间距更相关。

 

2. Ppc蛋蛋彩票平台app将允许您以易于读取的形式呈现体外测定数据。

使用Ppc蛋蛋彩票平台app时,您可以几乎使用两个有效的数字来涵盖微摩尔和纳摩尔恒门。你’在点之前有一个数字,点之后的一位数’s it.

什么’这对此非常伟大?现在,您的观众可以专注于SAR,并停止做精神体操试图了解您的pc蛋蛋彩票平台app值。 Ppc蛋蛋彩票平台app值很容易理解,您将使您能够清晰有效地沟通。

 

3. Ppc蛋蛋彩票平台app将简单直观地平均您的体外测定数据。

让’s say you’ve差了一个糟糕的试验日。您已经获得了以下三个相同pc蛋蛋彩票平台app的重复:1毫米,10毫米和5毫米。如果计算算术平均值,则会获得3.5毫米的平均pc蛋蛋彩票平台app,但这是不正确的。平均pc蛋蛋彩票平台app数据的正确方法是使用几何平均值,因为你’重新使用指数值,结果结果为3.7毫米(跳过复杂的数学后)。

但是,如果您使用Ppc蛋蛋彩票平台appS,您可以避免做几何平均数学,并且您可以采取Ppc蛋蛋彩票平台app值的算术平均值,因为您’RE已经处于对数空间。 

您可以通过在pc蛋蛋彩票平台app上进行几何平均值来完成困难的方式,或者使用Ppc蛋蛋彩票平台app值的算术手段进行智能和简单的方式。

 

4. Ppc蛋蛋彩票平台app和对数思维将改善您的实验方式。

使用Ppc蛋蛋彩票平台app将在您开始在实验中取出试管之前有帮助。

例如,您通常是否设置了1000,500,100等的半十年稀释曲线?您是否注意到您在对数复合浓度尺度上的数据绘制数据时,您的数据点被丛生起来,并且没有均匀地间隔?那’因为在对数刻度上的五个不是中间的五个并不是一半。 

但是,如果你’重新思考对数,就像使用Ppc蛋蛋彩票平台app鼓励你一样,你会意识到一到十的半步实际上是三个。然后你可以设置你的稀释’S 1,000,300,100,30等,这将允许您的数据点很好地下降,并在沿着曲线下降时平滑点的间隔。这是一种更好的方式来采样浓度空间,并从相同的工作中获得更可靠的数据。这不仅适用于体外实验,但也适用于体内实验。

 

5. Ppc蛋蛋彩票平台app和对数思维将改善您如何看待数据的可靠性。

报告pc蛋蛋彩票平台app确定的可靠性是复杂的。你’可以熟悉标准错误,但另一个不那么常见,但更有用,查看数据的可靠性的方式是95%的置信区间,这为您提供了95%的真实价值在此范围内的机会。

如果您使用现代软件,请使用曲线拟合,您’LL请注意,它将报告pc蛋蛋彩票平台app的95%置信区间,但不是标准错误。这是因为算术值的标准错误(pc蛋蛋彩票平台app)没有对数数据有意义。使用此错误方法将为您提供不正确的结果,例如负pc蛋蛋彩票平台app值。

什么 is a negative pc蛋蛋彩票平台app value? The answer is you should scream because there’没有这样的东西。这是当您在关于对数值的算术空间中思考时发生的错误类型。

 

总之,考虑对数的值,并考虑在您的发现工作中使用Ppc蛋蛋彩票平台app(或PEC50)值。真的......它可以改变你的生活。

 


此博客由CDD Vault社区成员创作。 CDD Vault是一个托管的 药物发现信息学 安全地管理私人和外部生物和化学数据的平台。它提供核心功能,包括 化学注册, 结构活动关系, 化学库存, 和 电子实验室笔记本 capabilities!

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