从TB Mobile到CDD模型的快速原型

2015年7月8日

从TB Mobile到CDD模型的快速原型

CDD CSO숀숀에킨스의책상책상,M.SC박사,D.Sc。

如果我进一步看过它是站在巨人的伊斯兰德 - 艾萨克牛顿

作为在药物发现中工作的人,您无法逃脱似乎是使用化学信息学,计算建模和机器学习的大量论文(和成长)。虽然每个小组要么描述他们构建的模型,但希望有一些验证,但很少讨论他们如何计划如何让其他人访问其他人。这可能严重阻碍了其他任何人实际建立或受益于这些早期的出版物。

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我们已经 思考这一挑战 为了 几年 并且已经能够获得SBIR Grant,以帮助制作模型可共享。在短时间内,我们在GitHub上进行了一些广泛使用的指纹ECFP6和FCFP6开放式访问,并使用这些与贝叶斯算法一起实现模型 TB移动应用程序 为了预测 分子的潜在目标。此移动应用程序是免费的,也可以使用模型的指纹,它还使用它们在应用程序中进行相似性搜索和聚类。因此,TB Mobile为我们提供了一种做出一些快速原型的机制。我们最近实现FCFP6指纹和贝叶斯算法 CDD保险库 已经导致了 CDD模型 在最近推出的 CDD可视化。这已在JCIM中的一篇新论文中描述(下载接受版本 )。

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这为CDD用户提供了访问CDD可视化的能力使用自己的数据或使用自己的数据在其私有CDD Vault中构建模型 CDD公共数据集 (或其组合)。我们还实现了以可以加载到当前可用的多个移动应用程序的格式的格式导出这些模型(如果需要) mmds. 来自Alex Clark博士的分子材料信息学。

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更重要的是,通过制作技术开源,我们可以允许其他人在我们的工作中建立。为了说明这一点,Alex Clark博士使用了 Chembl. 数据库建立 2000年计算模型 并制作它们 适用于社区.

虽然我们仍然有工作要使CDD金库中的建模工具更强大,但我们认为现在是时候让人们知道我们在这个域中所做的事情。我们的希望是,组将使用CDD拱顶来存储他们的数据,建立模型,准备就绪,以便发布其模型,以便可以与社区共享(如果需要)。


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