Jonathan Baell.教授“PAINS”从蒙纳士大学过滤

2013年10月7日

“人们只是在寻找具有一系列活动的化合物,并且真正出版筛选点击,好像它们是真正的优化候选人。这些事情可以是颠覆性的,它们看起来真实,所以这些出版物是有点被接受,不幸的是那里’很多噪音都在那里,很多污染,这是我们当然努力做到这一点,这不是为了出版而发表一些东西,而是在制作优化后发表它绝对真实。”


Baell.
Jonathan Baell.教授

领先的澳大利亚药用化学家和Larkins别教授Jonathan Baell,加入了2012年的蒙纳士药科学研究所(MIPS)。在他向大学任命之前,Baell教授乘坐沃尔特和伊丽莎霍尔研究所,他发挥了核心作用建立和领导一类药用化学组。

Baell博士有一系列研究兴趣,包括发现新的抗寄生化合物,用于治疗疟疾和被忽视的疾病,肽模拟物的设计和合成以及质量高通量筛选的选择标准的发展。

巴里布恩采访, 首席执行官协作药物发现,Inc。

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编辑访谈成绩单

 

巴里布恩

我想从一个更一般的问题开始,因为我最后一次看到你在这个公然界疾人业机构, 国际化学生物学会会议 in Kansas.

 

Jonathan Baell.

堪萨斯州’s right.

 

巴里布恩

我以为有人从澳大利亚看它,你可能能够对美国,欧洲和亚洲的努力进行一些公正的公正发表评论。我很好奇关于你对毒品发现的全球努力的发展,那么协调’正在发生,怎么样’S一直从你的角度发展。

 

Jonathan Baell.

从我的角度来看,它’真的非常令人兴奋,非常激动人心的时刻。几年前开始的概念似乎绝对是绝对的情况,该制药在内部的发现下降,因此可能是为学术机构提供机会的潜力,真的是这种情况。所以我’m sure there’现在世界上没有任何主要大学,现在是世界上的任何地方’在一些积极的讨论中或’T已经与Pharma的一些合作伙伴关系起来,那’肯定是这种情况 我们 在蒙纳士​​大学, 蒙纳士制药科学院。我们’ve 注册 与法国药品公司的服务器,似乎似乎是完整的感觉。他们可以在下游药物发现中提供免费技能和资源,而他们经常将学术研究所视为有吸引力的地方,他们认为政府资金基本上已经利用了一个公平的研究,所以也许他们可能会带来一些早期投资的风险早期生物学比通常是他们会的。以便’肯定是一个全球发展,这是非常好的。而且我认为,在学术界,我们所有人都受益匪浅。

 

巴里布恩

Chris Lipinski,在我们的SAB上,最初在你的有影响力的J.Med之后向你介绍给你。化学。 在痛风过滤器上出版 然后你做了一位客人博客,这是我们的博客 最广泛阅读的客人博客 on the topic…

 

Jonathan Baell.

极好的。

 

巴里布恩

......因为它与我们领域的货币有关专利。所以我’M只是好奇,那篇论文如何影响这个领域,为什么它遇到了一个神经?

 

Jonathan Baell.

好吧,那’一个好问题。我只是在客人博客上。实际上,我有很多乐趣这样做,这是一个机会进入你如何阅读过滤器的一些实际运作方面,以及你如何解释它们。在博客中,有选择在那里没有’与任何随后的出版物有关的机会。所以我’M实际上很高兴听到这是一个最爱。

痛苦的纸......好吧,它绝对袭击了一个神经,时间恰到好处。我们是来自学术HTS图书馆的HTS后续的早期初学者之一,这是墨尔本沃尔特和伊丽莎大厅研究所。首先开始于2002年,我们开始组装图书馆,我认为可能只有几个世界上的其他机构正在做一些类似的事情。可能无法以我们在做的方式这样做。尽管如此,在累计年的HTS竞争之后,我们一直在兴起这些化合物’完全相同的化合物,但它们看起来很相似,他们从未去过任何地方。这显然涉及这个痛苦的纸张,最终我只是说看起来那里’S必须是一种向阶级制定这些,一个子结构级,人们可以识别,他们意识到这一点’不仅仅是一个特定的模拟,而且与某个班级相关的任何东西都是坏消息。所以我们在2010年发布了这一点,我怀疑这一定是全世界的案例,到那时有几十个和数十人的HTS实验室可能正在筛选并完成了几年,它只是击中了一个神经。我认为他们一定是看到这些事情,这些干涉化合物的圈子(或痛苦,我们称之为他们),他们只是能够立即认识到:哇,这些是导致问题的事情。因此,它真的在学者中几乎瞬间占有,可能因现在在可能认识到其中一些但是不能承认其中一些但是不能拥有的学术界’真的很多关于他们的制药日。我知道Chris Lipinski,这对他来说是一种新鲜空气,因为他’S越来越愤怒地在其中一些完整的,高吞吐量筛选中遇到了实际责任。所以我这么认为’这可能是为什么它遇到这样的神经。

 

巴里布恩

所以,我想谈谈CDD保险库,我们的软件’已经发展。你为什么决定在蒙纳士一起参加你的合作?你对此目前的接触是什么技术?

 

Jonathan Baell.

好吧,看,我们以前在威力做过这个。所以当我们来找’看着LIMS实验室信息管理系统,我们雇用了一个不同的,这是一个竞争对手’S可能不公平地说出它是什么,所以我将特别专注于我们对CDD金库的喜爱。当我第一次来到蒙纳士时,我意识到这是一个学术环境,其中一个学术界,化学家制作化合物,生物学家获得测定,它真的需要一个集中式系统,LIMS型系统,但可以在学术预算中提供的。 ,所以我们做了正确的事情。我们在该地区的各种选择中获得了很多演示,我喜欢CDD,以及我的同事喜欢,是服务,友好的服务和支持,耐心在初步演示中,还有实际情况不需要很多耐心,因为它是如此用户友好,我真的很喜欢界面。我不得不说我没有’以任何方式对此感到失望。即使在一些早期版本中,几年前也许–一年前,我们想的早期功能,吉河会很好–自从被迁移到案件以来,今天在CDD拱顶中优雅地实施。因此,它很清楚,CDD是一个相当活跃的开发团队,回应人们的评论。所以,我要说友好的界面,可用性,我们真的喜欢基于网络的方面。所以我们’在澳大利亚大学的同事中,他们可以登录并查看最新数据是什么,发表评论。我们最终结束了重复的目标,目标化合物,我们’舒适的安全性紧张。所以,我会说我们真的喜欢它,以及学术环境的负担能力。我不得不说这可能总结一下。

 

巴里布恩

为此通话准备,我正在查看您的一些项目’就像提到的那样提到了一个PI3-激酶癌症项目,勃兰西尼项目,疟疾项目,所以我的问题既可以在其中的背景下学到那些有趣的研究项目,其中CDD Vault已经今天,其他合作可能会在未来受益,同时也谈论科学。我认为这些话题会涵盖科学和技术的良好自然结合。

 

Jonathan Baell.

是的。好吧,如果我现在要登录CDD拱顶,我会看到每天都会随着项目而增长的。一世’不太确定我们的样子’重新到达,但它看起来像我登录的20个不同的项目。所以,它真的是越来越广泛的用途。有趣的是,PI3-Kinase项目将是我的同事, 菲尔汤普森副教授。我不’相信他们已经将该项目上传到CDD保险库中。它’实际上是有时这些东西在学术环境中需要一段时间的一个很好的例子。它’不一定是瞬间的,每个人都直接加载数据。它可以花一点时间来改变一个’对一种集中化方式的心态。当然,T. Brucei是我自己的,这可能是 第一个项目我们开始在CDD保险库中运行,这样’现在充满了数百种对抗T. Brucei的化合物 和我们的同事谁在测试中 格里菲斯在昆士兰 和其他国家,上传到他们的结局和我们的生物数据’找到了很好的工作。我们确实有一个系统,我们有很多不同的Excel床单漂浮在一起,然后双边数据会改变或那里’D是有人没有的数据点’从科学的角度感到满意,然后我们’D必须确保Excel Master表更新,ET Cetera,ET Cetera。现在没有’发生了,所以我认为有几个人在看到那里,而且我们的优势是我们’RE越来越多地在CDD拱顶中获得更好的项目。

我猜的是,就像你所知道的那样’是一种被忽视的疾病或它’寄生虫导致忽视疾病,只是睡觉的疾病被咬伤传播。 t-s-e-t-s-e,兴趣,如果你看一下web的发音,它会给它赋予tsetse和tsetse,我们’回复太肯定了哪一个’正确。我仍然说tsetse,它’我的英文背景。但这是一个被忽视的疾病和那里’在慈善机构中兴趣试图为这种被忽视的疾病寻找治愈。另一个我们’Re即将上班,我们过去一点点工作,是Chagas病,再次由锥虫组造成。这些实际上是学术环境的很好的项目,因为学生可以公开谈论它们。没有与他们相关的IP问题,因为那里有’没有现实市场,所以融资机构– charities such as dndi. 这些化合物的进展–不要相信专利。疟疾,每个人都知道疟疾。它’不是真的被忽视的疾病。它’这些疾病之一,从慈善事业中奇妙地受益 比尔和梅琳达盖茨基金会。或许,他们真的会负责,这是我们希望在疾病中治愈疾病,可能在十年左右。那里’对疫苗有很多兴趣,但我们’对小分子角度感兴趣,我们发现了许多我们发现的小分子,这对p. falciparum,致病剂,并且也有很强的 配饰织物 目前对疟疾工作的人来说是非常兴趣的活动。我们’我们在MIPS的幸运,我们有一个 招收组名为C​​DCO 由......运营 苏格曼教授,他们几乎无缝访问了一些预测的AMDET和初步PK,您需要完成整件事。那’这三个项目,但在那里’s heaps of others.

 

巴里布恩

所以也许是因为那些aren的人’熟悉澳大利亚顶级科学发现的影响,(显然你赢了’涵盖所有这些,但我’我熟悉那里的一些工作,因为我的背景 组合化学), 喜欢 Mario Geysen的开创性工作 在澳大利亚发展 模仿 用于寻找表位的肽文库的别针。通过被忽视的疾病社区我’熟悉,你提到了一些工作’来自ron quinn的河流’与Griffith University的Eskitisitute合作,以及他们的一些合作。我相信那里’S也是澳大利亚疟疾研究的强烈历史。所以,我只是很好奇,听到你在闭合针织社区内部发生的一些更有趣的发现,这可能是因为被忽视的疾病或商业药物发现只能展示你的一些更有趣的事情’在澳大利亚的职业生涯中遇到过。

 

Jonathan Baell.

哇,好吧’s see. That’是一只艰难的问题。如果我有24小时才能思考它,我可能会谈几个小时和时间。直接脱离我的头顶,显然你提到了疟疾。疟疾,出于某种原因(并且很难了解为什么原因为什么),澳大利亚的疟疾研究真的非常大而且非常成功,我认为它’■实际上有多种原因。我们’无论是生物学,都有关键球员’s 格雷夫麦克法登, 莱恩蒂利和其他疟疾生物学家(http://www.ozemalar.org/)。因此,疟疾研究的不同领域的领先生物学家在基本上,疟疾寄生虫的作品基本上不断突破。例如,Alan Cowman具有悠久的突破性科学历史。他’然后吸引了明亮的年轻科学家’然后让职业生涯自己并取得了突破性的发现。你知道,Justin Boddey和Jake Baum的喜欢,他现在刚刚离开帝国学院。我觉得’是一个原因,另一个原因是Cdco等苏魅力的中心,他们真的是MMV的PK发动机(疟疾企业的药物),这样’真的是下游的东西。他们’直接参与化合物,特别是这种似乎一路走去的替辛蛋白样的过氧化物化合物。和我们’ve got the 澳大利亚军队疟疾机构 与迈克·埃德斯坦的北方,他们运行动物模型和 多得多。所以我认为整个组合都很好。

其他一些大的突破是宫颈癌疫苗,从悉尼和新南威尔士队导致加拉斯尼尔 Ian Frazer的合作。回到有点,我会被遗弃更不用说Relenza和Peter Colman和Mark Von Itzstein,Graeme Laver,他发现了抗流感化合物。哎呀,还有什么?它’多年来,众多发展众多。澳大利亚有什么感兴趣的是我们避风港’T.真正的药物Med-Chem研究发动机的益处,因此药用化学并未完全在后脚上,但往往在聚光灯中比在那里的国家’一个大的药物存在。但我们’肯定希望改变这一点,我猜我现在在莫纳什医药科学研究所的MIPS,已成为澳大利亚的一点Med-Chemowhouse。所以,我们’重复希望利用Pharma的上述发展,了解我们像我们这样的地方投资和协作。

你提到了我想的另一个发现领域吗?

 

巴里布恩

我提到的是因为我知道马里奥尼森’S对Epitope分析的工作......

 

Jonathan Baell.

是的,当然,这’s right. Actually it’在某种程度上,很多较年轻的化学家通过这里的大量化学家通常会在整个地区实现他的位置。其实,实际上,通过固相肽合成来回到Merrifield。很多人都不’T必须意识到涉及这些区域的突破性发现。 Mimotopes仍然存在,非常受欢迎。我不’知道人们是否熟悉这些固态小工具,实际上加载肽或其有机物或许多分子。

 

巴里布恩

你对青蒿素类似物提到的一件事抓住了我的兴趣’对疟疾的阿尔美霉素组合治疗的可用性有很大的兴奋。在历史上,抗性已经出现为各种疗法,所以我’M只是对疟疾管道的奇怪,有些有趣的下一个事情是什么需要或已经从你的角度下来的管道?什么’下次可能会抓住人们的眼睛,当我们回顾几十年的时候?

 

Jonathan Baell.

疟疾在所有方面都遭到袭击,因此作为一种药用化学家,我的主要兴趣是种类的小分子治疗,一个通知一些看起来非常好的突破性化合物。例如,那里’s a spiralindalone. 这来自筛选天然产品库。我认为它’诺特,诺华热带病研究所,我认为他们只筛选了大约12,000个天然产品。他们得到了这种自然产品,这是相对简单的,显然做了一些优秀的Medchem来获得 这真正有效的化合物和它’现在实际上通过诊所和它进行了进展’实际上看起来非常好。它’我们具有微生物和寄生虫,抗生素和那里的这些古典病例之一’首先是很多有趣的表型筛查,你以后发现目标。那’究竟如何发现该化合物。他们首先做了筛选,然后他们稍后重新开始寻找目标,我认为从内存中思考涉及ATP综合,但我’LL必须检查一下。你知道,同样的事情发生了 Bedaquiline,这种刚刚批准的抗结核药物去年才批准,当他们发现它影响了与之相关的质子泵时 ATP合成酶。 j&J, Johnson &约翰逊,回到1996年,筛选了70,000种化合物,提出这种化合物,似乎袭击了模型生物结核,并缩短了短篇小说,最终与Med-Chem达到了化合物,找到了目标,现在’S批准用于多毒性TB。

所以我认为其中一些是令人兴奋的事情,再次,这种过氧化物型化合物已经在很多真正聪明的机制生物学上制定了这一点。你知道,追求很多药用化学家的东西,也许是传统的制药前景,只是不会’靠近。过氧化物,谁会进入过氧化物?好吧,如果你’在它背后有一定的假设和研究理由,那么应该是追求这样的事情的人。所以那个复合的一些后代的几代人正在进行,看起来非常好,当然还有’s疫苗的潜力。我不’t了解对疟疾的疫苗面积,但显然’对某种半永久性治愈的兴趣非常吻,所以盖茨基金会正在对此进行大量研究。就在上周,我听说了在寻找合适的结合表位以产生疫苗的某种突破。有一整个遗传领域,转基因蚊子基本上杀掉了这种方式的传播。它甚至一直到最有效的方式一切都只是提供更好的物理障碍,简单 睡觉网。那么你’几乎遇到了对疟疾的每一个可想导致的攻击角度,一个人希望这一方法中的一个或一种结合真的,将在十年内完成货物。

 

巴里布恩

感谢您对疟疾的广泛思考。我想回到自己的研究,并思考或分享您在可预见的未来所看到的,所以如果您的研究在短期内的合作良好,那么说6到12个月或非常可预见的未来,您希望看到的有趣事情是什么,然后更广泛地思考5到10年,它可以是基本的科学或应用科学。分享一些你对你找到有趣和激励的东西,其他人也可能。

 

Jonathan Baell.

I’m主要是一个学术所在’S通过学生项目或资助项目的不同项目的持续鼓起。因此,对于那些而言,其中一个主要的司机正在得到那个poc。如果它’S MED-Chem集中的质量出版物,让J.Med。化学。例如,出版物。如果您与尖端生物学合作,您可以获得一些非常高的影响因子论文。这是我所做的一定的明确驾驶员,而是成为心脏的药用化学家,我一定会机会主义。所以任何真正看起来它的东西实际上也可以与治疗价值的某些东西相关联,然后看看进展路径。我们如何进步?我们可以,如果是这样,我们是否可以专利?所以在癌症领域,例如,甚至疟疾,人们也会有专利计划。所以在癌症的那一刻,在癌症的那一刻,我们的几个项目’阅读该路径,申请专利,然后这个想法将是在合作意义上的份额和进步。最后十年来,沃尔特和伊丽莎霍尔研究所当然肯定地锻炼身体。一世’只有MIPS大约一年。我们有一个项目,该项目从筛选击中BCL2,BCL XLS,一些癌症目标,这已经很好地与雅培和Genentech一起获得了许可,并进展了非常好的。它’刚开始发表。那’我看到的那种模型也可以在这里工作。

所以质量论文的结合,我说质量论文–全世界关心我的事情之一与这些痛苦有关。人们只是在寻找具有一系列活动的化合物,真正出版筛选点击,好像它们是真正可优化的候选人。这些事情可以是颠覆性的,它们看起来真实,所以这些出版物是有点被接受,不幸的是那里’在那里有很多噪音,很多污染,这是我们当然努力做的事情之一就是为了出版而发表一些东西,但在制作优化后出版它绝对是真实的。这将是我们的模型。出版,专利,如果有些东西看起来真的很令人兴奋,首先专利,那么也许在那个专利的18个月内发布,然后寻求许可。这是我们与传染病和癌症的主要焦点区域获得该结果的方法。

所以我们’刚刚开始与此处的同事抗生素抵抗研究中的一些项目。我们想要做的另一件大事就是在蒙上巴利(蒙纳士大,我觉得它’S为50,000名学生或其他东西)规模,开发了一个正确的内部复合图书馆。所以,而不是我–在今年年底,我们希望只有在过去的12个月内,我们的300种化合物储存在昆士兰州的艺术设施状态,称为昆士兰州复合图书馆’S所有条形码,樱桃挑选,他们’ve got an 回声系统狭窄,声学的股票样本,用于筛选测定准备格式。现在我们希望在使用的帮助下使用 CDD保险库软件 诚实地,扩大这一倡议,而不仅仅是我在我的小组超过12个月的300多个月内的化合物,而是每个小组在蒙纳士。并实际上在内部发现我们自己的小型筛选HTS。那’可能是我们真正想要发生的大图片的东西之一。那’这可能需要至少五年来达到蒙上巴尺度,可能是十大。但这将是我预见的最古老的规模的愿景。

 

巴里布恩

出色的。所以,目前我们’在2014年4月4日的下一届CDD用户和社区会议上规划下一个CDD用户和社区会议,以庆祝我们的10年周年纪念日。它’令人难忘,有点好笑,因为我们在愚人节成立’s Day so it’很容易记住,四天后。所以我们有一些确认的发言者。所以我们有Chris Lipinski,我们有杰里希普’与我们一起与我们一起使用这款盖茨基金会TBDA合作,涉及七大药与学者合作......

 

Jonathan Baell.

是的。

 

巴里布恩

......以及各种政府实验室。然后我们拥有鲍勃·沃尔克曼,这是一个使用两个不同的CDD拱顶,以及来自蛹药物和其他公知的科学家的罗斯克马斯队的两名生物技术。那些是我们发言的一些质量人物。所以,我想我的问题是,就像我们一样’Re计划这一点,有什么有趣的人或有趣的问题,这对聚焦人有利于’s attention where it’最重要的是,因为我们’现在重新设置议程和主题。所以,通常我们有人谈论会谈,我甚至认为也许有些人只会要求社区问题作为另一种转向它的方式,但只想在我们策划我们的下一个聚会时出现思想。

 

Jonathan Baell.

看看,在我的头顶上,我会说出一个大问题是我几乎刚刚被剥夺到学术界的一个问题和发布的能力,并再次解决这些颠覆性化合物。我试图传播具有筛选击中的化合物的消息,一种基于核心活动的基于目标的筛选,如果您根据基于细胞的活动进行分类,您也可能挑选偏离目标化合物。您经常需要获得500个纳米摩尔活动或较低的目标特异性结合,以获得有意义的基于细胞的活动。一世’在那里可能进入有点精细打印,但这种一般问题是我认为更广泛的社区仍然需要的东西。那里’他们越来越多的人进入筛查,他们’重复设计,所以对药物发现的那种基本方法的知识传播,即制药者会很清楚将是有用的。

让’S看我是否可以扩大一些较大的问题。我的意思是,大事真的仍然是私人,公私伙伴关系以及它的方式’在工作中,模特是什么,它取得了成功,在不同的需求方面延伸了公共方法的问题,还是工作真的很好?是它上下文依赖,所以它取决于项目吗?无论是取决于大学的文化还是实际的制药合作伙伴。我可以想象有变量。

另一件事我’有点感兴趣和我’d想听到更多,因为它’在欧洲,我们不在欧洲’在澳大利亚提到它是这个IMI倡议的进展’可能听说过。我知道他们有500万才能......哦,我’dentewors’S用极高的软管清洁我的窗户。所以我’ll block my ear.

 

巴里布恩

......像这样自发的事情经常上录制,它将在文本成绩单中出来,这是有趣的。但是是的,你提到的imi,听到了什么’来自一些欧洲努力的新努力,并且刚刚在美国和欧洲宣布的大脑映射研究举措。

 

Jonathan Baell.

是的,是的,是的,恰好。所以我’我有点好奇听到什么’发生在那里。他的意思是,这是一个感兴趣的东西,而Ron Quinn也可以对此发表讲话,他’S制作这个QCL,昆士兰州复合图书馆。它’真的是一个澳大利亚广泛的主动权和他们在哪里’绕过大学并鼓励所有大学存储他们的化合物,这就是我早些时候谈论的,蒙纳斯化合物将在昆士兰州复合库中储存,试图达到澳大利亚宽的基础,所以它有点有人澳大利亚筛选图书馆’对每个人的开放访问。该模型存在aren’T表明,生物学家将为所有大学图书馆访问这个公开的图书馆,如果他们得到一个击中,他们会与QCL的生物化学师交谈关于如何前进。我不’t know if you’在你的计划中有空间,但这将是一个有趣的谈话,因为这可能与其他国家不仅仅是澳大利亚的相关。但是,如果你想和我一起离开这个问题,我会很乐意’d乐意给一个小小的思想,巴里,并提出一些其他想法。一世’M只是试图想到社区药物发现环境中的问题。

 

巴里布恩

我认为这些是好主意和我们’d想拥有良好的科学家类型,种类的研究类型和地理位置,所以已经给了我一些思想的食物。一世’我几乎完成了我的主要问题,我’很高兴为您提供任何最后的想法。否则,我觉得这是一个非常好的聚光灯面试。

 

Jonathan Baell.

哦好。好吧,我’非常喜欢它,我几乎涵盖了一切,这是一个自发的过程,所以之后会有你的问题,我想哎呀,为什么没有’我提到发现或为什么没有’我提到这个。但是我’M对采访的自发性感到非常满意。

 

巴里布恩

那’是什么让它变得有趣。好吧,谢谢你的时间,乔恩在太平洋上做这件事。一世’稍后会和你谈谈。


此博客由CDD Vault社区成员创作。 CDD Vault是一个托管的 药物发现信息学 安全地管理私人和外部生物和化学数据的平台。它提供核心功能,包括 化学注册, 结构活动关系, 化学库存, 和 电子实验室笔记本 capabilities!

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