录制CDD网络研讨会:捕获混合物 - 为实用化学世界带来信息学

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捕捉混合物 - 为实用化学世界带来信息学

记录在2019年12月19日

观看我们的网络研讨会特色Chris Jakober(Johns Hopkins),Leh Mcewen(Cornell),Alex Clark(CDD)博士,听到我们对新数据结构的工作,以便以机器可读的格式捕获化学混合物,以及这将对所有与化学相交的行业产生影响。 

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网络研讨会摘要

我们的行业一直在使用化学信息学,几十年来支持药物发现,用于描述有机分子的格式,如摩尔, , 和 英寸 。这些是理想化的概念,而不是实验室现实的描述:罕见可以用单一分子准确描述一种物质。

几乎每个样品都具有杂质水平,或溶解在溶剂中,或作为加合物存在,或者与其他物质明确结合。混合物通常在同一描述中结合确定性和不确定性:一些组分可以是具有精确测量摩尔浓度的明确定义的分子,而其他组件是估计部分或无定形附属物。

化学信息学社区尚未选择一种标准格式,用于描述机器可读,标准化和可互操作的方式中的混合物,大多数出版物返回使用文本描述。 电子实验室笔记本存货 数据库被迫在使用文本,专有格式或完全忽略混合构图之间进行选择。

我们将描述我们对两个新数据结构的工作:Mixfile和Minchi,旨在分别填补类似于Molfile和Inchi的角色。我们将描述我们预期基于混合物的信息工具将影响与化学相交的所有行业。

加入我们的专家小组成员,因为我们讨论了混合代表性的未来,包括:

 

拥有这些领先的科学家......

克里斯·雅加诺,毕业生讲师,约翰霍普金斯大学,Whiting Engineering学院

克里斯·雅加诺

研究生讲师,约翰霍普金斯大学,Whiting Engineering学院

Jakober博士 在过去的20年里,参与了学术界,政府和咨询的环境化学研究。他的重点是与空气污染控制研究相结合的分析和大气化学。其次,他对研究和化学管理的安全有热情。

他举行了研究,教学和行政立场 约翰霍普金斯大学是,加州大学戴维斯大学(UC DAVIS),俄克拉荷马州立大学,加州空气资源委员会和AIR SCIENCES,Inc。项目已经包括来自室内空气清洁装置的臭氧排放的监管努力,尽量减少动物监禁废物的影响水质,常常数(干燥)湖泊,温室气体排放核实和社区公共卫生空气质量评估的水质,颗粒物质控制方法。他最近担任UC戴维斯的化学卫生官。

他掌握了一个博士学位。来自UC戴维斯的农业和环境化学。他在众多期刊上发表了众多关于空气质量,水质和公共卫生保护的课程。他在户外所有东西的真正情人,他在牛牧场的兴趣保持了兴趣,并在时间允许时追求登山冒险。他是美国化学学会的积极成员,具有个人利益化学品安全信息管理和传播。

Leah Mcewen,化学图书管理员,康奈尔大学

Leah Mcewen.

化学图书馆员,康奈尔大学

Leah R. Mcewen. 是康奈尔大学的化学图书管理员,她管理数字图书馆和化学和相关研究和学习社区的信息服务。她是许多专业化学和数据组织的积极社区领导者,包括美国化学学会(ACS),国际纯净和应用化学联盟(IUPAC)以及研究数据联盟(RDA)。她目前是IUPAC出版物和化工学​​委员会的审议委员会,以及IUPAC国际化学标识符(inchi)项目的受托人。

在过去的几年中,她一直在建立一个全球利益相关者网络,促进化学数据报告,包括研究人员,出版商,图书馆员,存储库,Informaticians和系统开发人员。她跨部门和学科工作,与其他科学工会和数据倡议联系起来,以确定差距,发展集体工作流程,以促进整个化学企业和超越的公平数据交换。

亚历克斯,克拉克,研究科学家,CDD

亚历克斯克拉克

研究科学家,合作药物发现

克拉克博士 形成了 研究信息集团 在2014年的协作药物发现,随后向一支在一些边界项目上工作的退伍军人科学家团队中。这些封面化学,生物学,数据科学以及大量的跨领域专业知识。该团队正在主动原型设计新功能,以便将其集成到CDD保险库中,以及商业化的全新产品 生物测定表达.

在加入CDD之前,Clark博士为计算机辅助药物设计的所有方面都花了15年的建筑软件工具,包括处理大型分子数据库,大分子的小型数据库和3D可视化和建模工具的技术。他的特殊焦点正在解决数据采集问题,这是机器学习的经常被忽视的“步长”。

他有一个博士学位。在新西兰奥克兰大学的合成有机金属化学中。这些古典台基起源在从实验结果到信息学数据结构的翻译点提供了个人视角,这是目前信息学社区的最薄弱的联系。