挑战瑞克Keenan,Ph.D.

2016年10月11日

“另一件事是,大多数美国科学家们,我们有一些熟悉的计算机,我们一直在使用它们,我们有智能手机,但我们不想知道在计算上幕后发生了什么。我们只想使用它。所以它必须是用户友好和直观的。这就是让苹果如此成功的原因 - 他们没有发明任何这些东西,他们只是让它成为用户友好的。这是CDD Vault在进行评估时出发的地方–它是用户友好的,它是直观的感觉,我更容易使用。所以我认为这将是这个行业的关键。”


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瑞克·凯恩曼
项目领导者,Optikira
总裁RMK药物发现咨询

瑞克·凯恩曼  是一家高级药物发现科学家,拥有丰富的全球经验,适用于制药和生物技术公司,风险投资机构,慈善疾病基础和学术研究实验室。 Rick在Glaxosmithkline举行了职位,是GSK的CEDD的创始成员(外部药物发现的卓越中心)。在微生物学,肌肉骨骼和增殖性疾病卓越卓越的药物发现(MMPD CEDD)在GSK他与药用化学家团队的工作导致TPO受体激动剂的鉴定 Eltompag. (目前销售为Promacta)。在目前的角色(管理生物辐射生物辐射的研究合作并作为Optikira在新型眼科激酶激酶抑制剂上的Desconsty活动的项目领导者),Rick建议使用CDD万库在虚拟药物发现公司内发生的多个CRO项目的管理。 Rick实现了CDD Vault对不断发展的pc蛋蛋彩票平台app密集型制药业商业模式的优势,这些商业模式受益于开放的科学实践,并正在加速发现。


CDD倡导者 Shirley Louis-May博士 瑞克在他的许多行业职位上以及特别使用CDD保险库中的职业生涯促进开源pc蛋蛋彩票平台app政策的职业生涯促销,特别是特别是对虚拟药物pc蛋蛋彩票平台app管理的使用。

 

SLM:Rick,在您的漫长职业生涯和许多药物发现中的角色,目前作为虚拟公司Optikira的项目领导者,您已成为公开创新的冠军,新​​的pc蛋蛋彩票平台app共享举措和开源药物发现。你能告诉我一些关于当前药物发现努力的战略愿景以及CDD金库如何适应该愿景的战略愿景?

RMK:当然。对我来说很清楚,因为我正在进行各种项目领导工作的生物素。您提到了虚拟公司,这是一个虚拟公司的主要示例。我是坐在宾夕法尼亚州的项目领导者,项目经理位于克利夫兰,主要科学家不在加州大学旧金山和华盛顿大学的西雅图。我们必须合作,共同努力,我们必须有办法分享我们的pc蛋蛋彩票平台app。对我来说很清楚,这是一个很大的差距,pc蛋蛋彩票平台app分享,因为我们试图将研究团队和研究规划汇集在一起​​。

Biomotiv询问了我调查各种计算平台。我与Barry Bunin,Kellan Gregory和CDD团队的其余部分密切合作,在疟疾pc蛋蛋彩票平台app项目(GSK)上只有几年,所以我立即想到CDD。我测试了一些其他pc蛋蛋彩票平台app托管平台,没有接近CDD Vault的功率类型和功能。因此,我建议使用Biomotiv将CDD Vault作为他们启动的所有虚拟公司的平台。我认为Biomotiv组合中的至少一个公司正在使用CDD Vault目前,随着更多公司从Biomotiv开始,我相信我们将看到更多的CDD Vault用户。

 

SLM:您在评估许多计算pc蛋蛋彩票平台app托管平台时,您正在寻找哪些特定属性?

RMK:它必须是用户友好的,易于使用。它必须在Macintosh和Windows计算机上工作。结构图必须简单,能够执行子结构搜索和搜索,而不仅仅是在关键字和短语上,还可以在结构信息上进行搜索–这是至关重要的。帮助决策的巧合是巴里布内纳的实验室Bradley Backes,是Optikira的联合创始人之一。他之前也曾在CDD上致力于CDD,所以在科学团队中有几个人熟悉CDD拱顶,并赞赏其属性,使其变得简单。我也非常感谢Charlie Wearkal和他的团队在一开始的支持下的支持,比如通过各种方式来输入pc蛋蛋彩票平台app,获取pc蛋蛋彩票平台app返回,搜索 - 这一端的手持式持有对许多人来说很重要团队成员。由于我熟悉CDD拱顶,因此对我来说很简单,但不是对其他人来说。现在,大多数pc蛋蛋彩票平台app条目由程序管理组中的人员完成,他们可能不经验丰富的化学家,但仍然可以轻松使用该系统并生成所需的信息。

 

SLM:您是否使用标准类型的pc蛋蛋彩票平台app或输入的pc蛋蛋彩票平台app类型是输入的,如需要曲线计算或量化图像?

RMK:我们尚未在研究中得到,但我们开始在那种方向上工作,因为我们开始进行动物研究。具体地,我们需要能够在CDD拱顶中输入光学相干断层扫描pc蛋蛋彩票平台app。我认为CDD Vault已被证明是非常有用的另一种方式是我们正在进行外部勤勉。我们在视网膜炎的努力是吸引了一些潜在的许可方的注意力。在这个领域有一些大公司希望了解我们的研究能力,因为我们的pc蛋蛋彩票平台app在我们的CDD拱顶中如此良好组织,而且通过这些勤勉过程作为一家小公司。我们不必花费大量时间在组织文件和将所有pc蛋蛋彩票平台app放在一起。它在CDD拱顶都是那里。当您通过这些尽职勤勉的倍数时,如果不用于CDD Vault等计算平台中的pc蛋蛋彩票平台app的准备好可用性,它可能会成为非常耗时的锻炼。因此,这使我们的生活更轻松,而不仅仅是在管理研究方面,而且因为我们必须在团队内部和潜在的许可方分享我们的pc蛋蛋彩票平台app。

 

SLM:由于您在您的咨询能力下完成了许多公司的尽职调查,CDD Vault在多大程度上履行了公司需要考虑的信息要求,因为他们将其存储pc蛋蛋彩票平台app,例如协议的文件和记录创建的文件化合物或测定的新颖思想?

RMK:尽职调查是另一家公司的科学家必须在您向他们提出的科学效果中获得信心信心的过程。所以你可以向他们展示PowerPoint幻灯片和图形,但没有什么比向他们展示原始pc蛋蛋彩票平台app。那真的有帮助。那是科学家与科学家交谈。他们希望了解如何计算pc蛋蛋彩票平台app,pc蛋蛋彩票平台app来自哪里,他们希望有信心正确地完成了实验。这就是CDD保险库允许您做的。您可以向他们展示尽可能多的细节,因为您只需继续单击并单击,直到您就才能降至原始pc蛋蛋彩票平台app。虽然有些人在过程中更早更满意,但有些人更详尽的事情,但我们最终的工作量并非不同。这完全是关于让他们访问pc蛋蛋彩票平台app。在接下来的几个月里,我们将在这两次做这两次,所以我们会看到它如何在累积更多pc蛋蛋彩票平台app时,但我诚实地认为这比其实际结果更加艰苦。具有讽刺意味的是,分享pc蛋蛋彩票平台app现在是简单的一部分。难以与这些公司的所有相关成员安排会议,基本上协调每个人的日历!

 

SLM:为此,我知道在CDD Vault中,您可以在Vaultpc蛋蛋彩票平台app上生成报告。一些其他CDD客户端,我讨论过使用报告生成工具在联合会议之前提供大量信息。它们还使用pc蛋蛋彩票平台app通知系统,以便输入新pc蛋蛋彩票平台app时,该信息会自动向团队成员转发,以便在会议之间进行,有关该项目来回流动的信息。您已使用使用这些CDD保管库功能的公司吗?

RMK:目前,我们公司非常小,我们没有必要。我熟悉的公司在阿特拉斯州福利组合–我为四重体医学做了一些咨询工作,并标志着Tebe和他的团队–四重体医学是一家小公司。我认为他们只有四个人所以辜负这个名字。共享四个人之间的pc蛋蛋彩票平台app并不具挑战性。在Optikira,它是我作为项目经理的项目领导者和格伦加恩。只有我们两个人,我们与学术原则调查人员有一对每周一次会面。其中两个有化学背景,喜欢涉及CDD拱顶并查看原始pc蛋蛋彩票平台app。另外两个只想听到更新,而不是潜入保险库,所以我刚刚每周一度的更新,对它们足够好。我认为我们将在明年到一半的小组和一半扩展我们的小团队,并且在我们开始使用CDD Vault的更高级功能时可能在不久的将来。

 

SLM:嗯,我可以想象,在公司的早期阶段,您希望看到所有pc蛋蛋彩票平台app,因为您希望确保按预期记录事项,并且任何可能导致的任何格式问题在开始自动化任何进程之前检查pc蛋蛋彩票平台app错误。所以当它手动的小而易于管理时,它可能很好。但是,我知道CDD支持提供有关如何自动执行和验证过程的建议,一旦吞吐量超过手动处理舒适的处理。我认为这绝对是CDD团队提供的优势之一。

RMK:这是一个很好的观点,因为不同的CRO都有自己的各种计算平台。许多中国公司使用软件,这些软件将使化学pc蛋蛋彩票平台app更直接地将化学pc蛋蛋彩票平台app进入系统。但我们发现它并不像CDD拱顶那么好。这是一种笨重的。我不知道如何以更技术的方式说。

 

SLM:我认为关于CDD Vault的真正好事之一是,即使它源于化学中心格式,它也真的扩大了它描述了生物pc蛋蛋彩票平台app的方式。化学pc蛋蛋彩票平台app并不是很大改变,但生物pc蛋蛋彩票平台app不断地从简单的数字变化,以绘制到量化的图像和其中的所有相关pc蛋蛋彩票平台app。因此,生物pc蛋蛋彩票平台app能力的发展是CDD的真实优势之一。

RMK:是的,我们渴望利用我们前进的一切。我们在去年4月开始了化学业务,并没有在7月或8月后的晚些时候测试我们的第一个分子,因此我们现在只输入了不到一年的pc蛋蛋彩票平台app。但它对我们来说真的很好。

 

SLM:在这些虚拟公司项目之前,您是否在CDD工作?除了托管GSK疟疾pc蛋蛋彩票平台app的初始保险库中,您是否在GSK之前使用了CDD公共pc蛋蛋彩票平台app集或在CDD私人Vaultpc蛋蛋彩票平台app集上查阅外部合作的pc蛋蛋彩票平台app集?

RMK:否,GSK没有使用CDD来进行这些目的。他们用它为共享结核病pc蛋蛋彩票平台app使用了一点,因为CDD从盖茨基金会的资助和GSK在结核病中进行了一些工作。 GSK中的大多数项目都是独立的,没有太多的pc蛋蛋彩票平台app共享。我想在当天回来有更多的防火墙和安全的忧虑。我认为这些担忧都被CDD和其他供应商管理得很好,我认为世界的发展方式;你现在必须分享。过去你可以完全在内部做更多的事情,我不认为这就是在制药行业这些日子的生活。您必须在那里出来并找到方法将pc蛋蛋彩票平台app放在不同位置可以访问它的地方。六年前,当我最后一次时,GSK中有内部pc蛋蛋彩票平台app库,每个人都可以看到pc蛋蛋彩票平台app,并且还有不需要进入外部,但我认为现在也可能在GSK中改变了GSK。

 

SLM:作为与其中一些较小的公司合作的顾问并与大型药物合作,您是否遇到过的任何其他药物,以便您知道这是使用托管pc蛋蛋彩票平台app库解决方案或任何类型的pc蛋蛋彩票平台app共享技术?

RMK:我提到了我正在咨询的Atlas Venture公司,他们最近完成了为他们的SepiaPterin还原酶计划提供资金的交易。我知道标记和他的小团队为他们的pc蛋蛋彩票平台app托管在CDD金库中是非常有帮助的。我参与了季度化学咨询安排,作为三个化学顾问之一。标记总是有指尖的所有pc蛋蛋彩票平台app。他将在下午举办我们,推出CDD Vault,我们可以问他任何思想的问题。他只需对我们的快速搜索就会获得pc蛋蛋彩票平台app。这有助于向我卖掉它。我认为BioMotiv组合非常适合于阿特拉斯组合,因为新的投资组合公司播种的是由管理方面的非常小的团队(主要是虚拟),CDD金库是理想的车辆pc蛋蛋彩票平台app共享。

 

SLM:您是否查看了CDD保险库中可用的可视化工具?

RMK:我有。我在先前的项目中看了它。我觉得我需要使用它来了。我理解它是一个pc蛋蛋彩票平台app分析工具,您可以在两个方面的两个测定或属性之间的关系图中,可以让我使用几个月。我创建了几个图表,它强调了一些异常值,使我们能够确定pc蛋蛋彩票平台app已不正确输入,作为应该是纳米摩尔的微妙。因此,这些CDD Vault可视化工具有助于识别这些实例。但是,在我当前的项目中,我无法访问CDD Vault可视化工具。

 

SLM:再次好,而你在生成pc蛋蛋彩票平台app的早期阶段,您可能不会大量进入pc蛋蛋彩票平台app分析但目前的pc蛋蛋彩票平台app分析,是您的团队使用任何独立的软件进行统计分析和可视化?

RKM:不,我们现在没有使用任何东西。

 

SLM:我想知道,在我的经验中,通过任何外部pc蛋蛋彩票平台app分析包,有需要以某种方式将pc蛋蛋彩票平台app连接到分析,通过导入文件,解析格式,定义变量和pc蛋蛋彩票平台app类型等。只有你可以设置去。作为其他几个pc蛋蛋彩票平台app分析平台的前用户,总有连续性问题。较大的平台有更多的钟声和吹口哨,而不是在实践中使用,而是推动了我们与之合作的小公司的价格。所以我们的分析是不同的,比较更难。同样,通过每个新版本升级多个流行的应用程序,我的pc蛋蛋彩票平台app被识别不同,我花了很多时间导出和导入旧版本pc蛋蛋彩票平台app文件进入较新版本,只能继续我的长期分析。
我相信CDD Vault中可视化工具的一个主要优势在于它已经知道您的pc蛋蛋彩票平台app。您不必定义任何内容或将pc蛋蛋彩票平台app转换为新应用程序。这些的另一个巨大优势 可视化工具是分析之间的无缝连接 应用程序和CDD保险库。此连接允许您分析您的pc蛋蛋彩票平台app的任何部分,以及您可以访问的任何协作者CDD拱顶的pc蛋蛋彩票平台app,以及CDD Vault中可用的公共pc蛋蛋彩票平台app集。你很容易&使用非常高级的搜索工具同时搜索所有这些可用的pc蛋蛋彩票平台app集,然后将作为未来参考或分析的pc蛋蛋彩票平台app集返回的pc蛋蛋彩票平台app子集。

RMK:是的。我喜欢,只需点击一下按钮即可看到pc蛋蛋彩票平台app以可视化它。我记得它不是很贵,所以我必须制定一个案例,将CDD Vault可视化工具添加到我们的包中。

 

SLM:我认为查理将是一个很好的来源,以告诉你,除了X-Y图之外,您可以使用CDD Vault可视化工具进行多少。它直观地允许您使用颜色和尺寸作为pc蛋蛋彩票平台app的附加尺寸来探索X和Y中的多参数pc蛋蛋彩票平台app,以帮助点趋势,识别兴趣子集或标记异常值。

在我看来,可视化工具的真正力量在2D地块的生成中并不是那么多,但您也有(在同一屏幕上)的面板直方图分析您所显示的pc蛋蛋彩票平台app的所有各种属性。因此,虽然您在图中显示了2-4个尺寸中的pc蛋蛋彩票平台app,但右侧的面板显示了您可以探索的pc蛋蛋彩票平台app的所有可能尺寸。另外,绘图和直方图是动态和交互式的。如果选择绘图的区域,则在直方图中突出显示子集的属性,反之亦然。或者,直方图允许您过滤您在绘图中看到的内容到您选择的属性范围。因此,您可以控制更丰富地可视化并选择提供兴趣的pc蛋蛋彩票平台app的子集或允许您制定和探索假设。例如,如果要在绘制另外两个属性的同时查看某个pH范围内的化合物,则可以在所有化合物的2D图上唯一地将子集彩色,或者您可以在所选pH范围之外的所有化合物滤除。它是您的财产面板和您的情节之间的互动播放,即真正为分析带来了权力。正如我所看到的那样,这真的是CDD Vault的可视化分析工具的天才。

RMK:是的 - 我刚刚使用CDD Vault(实际上)的更多信息,因为我正在为一个新的化学家团队创造一份报告。新化学团队希望了解我们到目前为止所做的事情以及他们可以跳进去的地方,所以我只是打造并向他们发送报告。然后,我将向他们展示CDD保险库,并具有良好的开放讨论。我认为这会很好。

SLM:这正是CDD的支持成员可以帮助您的那种情况,并非常迅速才能全面地导航和基于药物化学家可能具有的问题来可视化pc蛋蛋彩票平台app。 CDD的Kellan Gregory是为CDD Vault的可视化分析工具开发的核心,是一个pc蛋蛋彩票平台appWIZ。当CDDS Expo展位的产品演示时,我喜欢在CDDS Expo展位期间观看他,因为人们提出有关CDD Vault中的公共pc蛋蛋彩票平台app集的各种独特问题。他可以毫不费力地弹出查询结果进入电子表格或创建一个剧情,这提供了一个非常简洁的回答问题的方法。您可以随时询问您的CDD团队的这种支持。

 

SLM:在瑞克关闭瑞克,从您的悠久的历史,您在全球制药公司的职位,从药用化学家的指导到更高的级别战略决策,然后在咨询学术界和私人机构之间进行更多咨询对于慈善组织,您是否可以评论您如何看待现场的pc蛋蛋彩票平台app的处理,并目睹了pc蛋蛋彩票平台app共享的增长以及您认为有助于促进这一运动,以潜在地提供可能加速的新科学模式发现治疗剂?

RMK:我认为整体而言,这是什么,被认为是一种不相容的是一个移动的酒吧。在过去,知识产权顾虑是人们不想分享任何东西,公司将在一切中专利。他们获得专利的基因序列,其不再被认为是可接受的–没有人的专利了。它们获得专利的X射线结构,其不再获得专利。现在很多东西都是共享的。 Brookhavenpc蛋蛋彩票平台app库在发布后一年后的结构份额,有时候会迟早。所以现在它觉得你仍然可以在这项业务中竞争,但你可以进一步竞争下游,早期的东西更加分享。

早期的努力是非常pc蛋蛋彩票平台app密集型的,您需要拥有可以处理这些大pc蛋蛋彩票平台app文件的车辆,这些大pc蛋蛋彩票平台app文件不仅仅是文本字符串,而且是化学结构,二维和三维化学结构,基因注释,以及您需要能够搜索结构以及在文本字符串上搜索。计算要求刚刚上升。虽然在公共领域中越来越多的pc蛋蛋彩票平台app(但是,例如,但例如,您拥有Pubchem和Chembl),这些都是公开可用pc蛋蛋彩票平台app库的车辆。现在,科学家的挑战是如何通过所有pc蛋蛋彩票平台app涉及。如何从所有其他物超所值的所有其他东西中拔出掘金,这并不是有用的。所以,有更好的计算工具现在只是必然。

另一件事是,大多数美国科学家们,我们有一些熟悉的计算机,我们一直在使用它们,我们有智能手机,但我们不想知道在计算上幕后发生了什么。我们只想使用它。 (笑声)所以它必须是用户友好和直观的。这就是让苹果如此成功的原因 - 他们没有发明任何这些东西,他们只是让它成为用户友好的。这是CDD Vault在进行评估时出发的地方–它是用户友好的,它是直观的感觉,我更容易使用。所以我认为这将是这个行业的关键。

虚拟公司现在已经有点了,五年或十年,我认为商业模式在这里留下来。 CRO行业已经发展了–当我开始30年前,有很少的化学CROS,现在大多数公司都依赖于或几乎主要是在他们的四墙外制造的分子。跟踪所有这些pc蛋蛋彩票平台app非常重要。越来越多的生物克罗斯船上,化学CROS正在进入全方位的服务CRO,在那里他们不仅仅是进行化学合成,而且他们会做体外测定测试和DMPK研究。这一切都是普遍的。它大大改变了这些领域。

所以我想我们正在圈回来。我认为,只能分享pc蛋蛋彩票平台app,能够跨越边界(无论公司结构是什么),公司正在不断发展。您可以完全虚拟到完全内部的发现努力,但您仍然必须能够共享pc蛋蛋彩票平台app。因为到底,药物发现过程中还有越来越多的切换。在习惯于从汤到坚果中都将在一家公司完成,现在通常是一个学术集团发现一个目标并将其移到一个小型生物技术公司,发现一个与目标绑定的小分子并将其携带到这一点它向更大的公司脱离了这项小分子的临床发展。每次,您都必须共享pc蛋蛋彩票平台app并显示您所做的内容。您必须向新的科学家团队交出工作的产出,并以简单的方式实现这一目标是课程。这只是业务现在的完成方式。


此博客由CDD Vault社区成员创作。 CDD Vault是一个托管的 药物发现信息学 安全地管理私人和外部生物和化学pc蛋蛋彩票平台app的平台。它提供核心功能,包括 化学注册, 结构活动关系, 化学库存 , 和 电子实验室笔记本 capabilities!

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