一种新颖的协作,快节奏的工作流程:从Twitter讨论到埃博拉上的微型漏洞

October 3, 2014

From the desk of  CDD CSO Sean Ekins, M.Sc., Ph.D., D.Sc.

我们都意识到非洲的噩梦,现在在其他地方,关于埃博拉病毒的传播。虽然到目前为止,但到目前为止,它已经杀死了一小部分,这一成千上万的数百人可能在疟疾和结核病的同期死亡,它仍然是致命的,传染性威胁有限的可用治疗方案。然而,在CDD,我们强烈地相信采矿药物发现数据的力量,加快新治疗的发展。我们使用这种方法对许多不同的传染性和被忽视的疾病,如 Malaria and Tuberculousis。因此,我们想知道我们是否可以使用类似的方法来攻击埃博拉病毒。特别是,如果FDA批准的药物可以重新妥善治疗埃博拉,我也感兴趣。事实上,这似乎是pc蛋蛋彩票平台app非常有前途的方法和来自两个单独的群体的研究人员都筛选了FDA批准的对埃博拉的活动的化合物。

我对本主题的探索还提供了pc蛋蛋彩票平台app有趣的小插图,进入各种新技术工具如何加快研究步伐。几个月前,我开始关注埃博拉,跟踪推特上的主题和使用的RSS源 ODDT mobile app:

ODDT

Yesterday I found a paper 我们的pc蛋蛋彩票平台app合作者彼得马德里博士和他的斯里国际同事。我很惊讶地看到他发现许多击中与埃博拉有氯喹和氨基喹。这两种都广泛使用抗疟药。我发布了pc蛋蛋彩票平台app推文:

TweetEbola

然后pc蛋蛋彩票平台app追随者五。 Schulz将我从Derek Lowe指向pc蛋蛋彩票平台app博客帖子,所以我在那里发表了评论。

Then an American Doctor in Haiti (Megan Coffee) responded:

CoffeeTweet

CoffeeTweet2

This paper by Johansen et al 描述了体外和体内活性的2个选择性雌激素受体调节剂。然后我推测这2类药物的常见药程:

EbolaTweet3

我决定从ChemSpider移动应用程序下载所有4个结构,然后将它们保存在移动分子数据表应用程序中 Tweeted them。 oddt应​​用程序可以处理来自推文的分子结构,它们显示为应用程序中的缩略图。

My next step was to build a common feature pharmacophore in Discovery Studio。这花了32秒才能产生具有4个疏水性特征和氢键受体的药物。然后通过先前计算的3D构象搜索几个数据集(包括 a set of FDA approved drugs from CDD Public 其中包含超过2000种化合物)。我发现,在每种情况下添加van der Waals形状有助于将击球数的数量限制为约120。这些搜索检索了来自Madrid等人的许多人中的少数人。,纸,特别是雌二醇是pc蛋蛋彩票平台app很好的合适。这很有趣,因为分子不是训练集的一部分。

Pharmacophore

正如我这样做的那样,我把pc蛋蛋彩票平台app页面摘要放在一起,是pc蛋蛋彩票平台app“微百合理”。我发布了这一点 document on figshare along with the results of the database searches and ultimately the original pharmacophore.

这代表了pc蛋蛋彩票平台app令人迷人的工作流程示例,其中Twitter上的对话导致对公开的重新发布数据的探索,可能揭示分子之间以前未发布的关系。他们还可以揭示埃博拉中的靶标,该艾博拉有pc蛋蛋彩票平台app结合位点,可以应对结构不同的疏水分子,如果其他类固醇也可以探索的是与雌二醇重叠的其他类固醇,它不会让我感到惊讶。当然,人们也许可能表明抗疟药可能是有用的,因为SERMS也可能是有用的抗疟疾。所有这些问题都可以将来进行测试。在平均时间迫切需要寻找治疗埃博拉的治疗方法。马德里等人和约翰逊等人的作品指出,已批准似乎有前途的FDA批准的药物。我想知道CDC,NIH,NCATS还是其他地方的任何人都在快速跟踪这项工作进入诊所。

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