巴里布恩 - 药物重新定位面板谈话记录

2011年7月20日

巴里布恩

巴里

好的,所以我’M将谈谈协作平台推动药物重新淘汰,这也是一种平台,通常用于药物发现是否重新展示,以及我们的合作的一个例子’一直与账单合作&Melinda Gates基金会一直在支持结核病研究,最近由NIH的研究人员提名’S的Intramural,Niasid和TB Alliance,对于这一生物的最佳实践奖,这是一个有趣的我们’重新支持全球合作的结核病研究人员’S迁入第二阶段,其中一些主要的TB研究人员,三个不同的大型药物推进那些TB项目,这样’LL是我谈论的三种案例研究之一。

所以简单地跨越主要技术的概念,它被称为 CDD保险库®在发布或专利之前强调IP敏感数据的隐私和安全性。它’由于握手代表的协作能力绝对是重要的,因为握手所代表的协同能力,使您可以选择性地与生物数据或生物数据选择性地共享化学结构,而不将化学结构降至单独的实验(即一个分子或IC50测量) 。因此,对于毒品重估的东西,您可以在您想要不同的大脑和不同的假设和预测甚至不同群体所做的不同假设和预测,这是一种让人们为一个组织工作的方式,即使它们’re不同的公司。因此,CDD的广泛愿景是,任何人都可以与其他人一起使用,无论他们是什么群体’在工作中,我们’在云中一直这样做七年..这 MM4TB协作 是一个有趣的例子,有两个大药店,Astrazeneca和Sanofi-Aventis,与大约30个不同的组织一起工作并工作 一个凝聚力组在拱顶中使用协作项目 (在某些情况下具有大药物遮蔽结构)。 GlaxoSmithkline在CDD和Novartis上共享Malaria数据和CDD上的结核病数据(两者都使用了安全的保险库,协作和公共功能)。例如,许多学者,筛选中心,在那里他们可以在那里进行不同的教授,其中具有不同克隆蛋白的不同克隆蛋白质与化学品供应商库。因此,筛选中心可以使用CDD库而不上传化学库20不同的时间,他们只是将其上传到Vault,每个生物学家都有一个独立的安全协作项目。如果您有权查看所有20个项目,您可以在所有数据上都可以挖掘所有数据,相反,如果其他人可以访问1个项目,他们只会看到数据访问该数据并没有关于其他19个项目存在的数据。我们已经制定了一种简单的方法,因此研究人员可以在他们的自然科学工作流程中进行合作。

传统技术的扭曲是协作能力,因此该图表的重点是从个人中思考它’透视和组织’例如,如果要仔细检查并在协作之前检查并确认结果,或者如果您想要从三个不同的实验室查看结果,但它们只能看到它们的三分之一,但是如果要仔细检查并确认结果,则需要仔细检查并确认结果。然后,当您早期听到对象是ki或一批分子的情况。以便’s the place where we’ve been innovating.

那么这与可能有资产的组织如何与他们想要与其他学者或其他具有互补功能的公司重新灌注的组织相关?所以,如果您想到了毒品发现过程的经济学,一家大公司’没有将能够将每种药物一直带走,我们昨天有很多人听到的是在第二阶段后有清洁的安全性或Tox概况的化合物,但也许是Weren’足够有效或没有足够大的市场机会来保证更昂贵的三期试验。

那么如何允许所有伟大的工作和潜在活动,可能是一个罕见或被忽视的甚至是另一个伴侣进一步采取的少数商业指示,以及如何从代表知识产权代表知识产权的数据方面弄清楚这些团体可以作为一个人一起工作吗?

所以那里’审查。这只是为了给出一个海报儿童的公共空间的一个例子,用于药物重新定位或重新播放沙利度德,其中有十个我们的数据’愿意分享公共空间。现在,在公共空间中的每一个例子,那里 ’s将是私人或协作空间中的数据的20倍。因此,我们的同事之一Sean Eikins最近发表了关于重新定位批准和被忽视疾病的批准药物的审查。我认为有两个有趣的表格仅仅是分享为AK1,一个受体拮抗剂’被寻找耐药艾滋病毒感染和抗癌症,对抗菌病,因此这些都被低吞吐量筛查方法发现了,只要基于您的背景和您的背景和您的药物的背景和知识,就会有机会来看待这一点可能有其他想法。

第二个好的桌子只是通过较高吞吐量或甚至发现的例子 siliico. 方法,特别是我想提及这个约翰霍普金斯集团我们’再婚,David Sullivan,他实际上拥有一个物理化合物图书馆,这些物理化合物在CDD中的结构,但实际的微型电压板可用于他在自然纸上发表的电镀和运输成本。 Brian Roth还早些时候发表了一篇论文的旧药物的新用途,所以这是一个已经有点是多年来势头的一个地区,与之前的幻灯片一样,而不是谈论每个例子,我’LL只是给人们一两个人思考这一点,并能够为他们提供适用于其他地区的药物资产的想法。如果人们想要更多信息,他们应该只是给我发电子邮件或肖恩’纸上的实际作者。

因此,在该出版物中使用CDD进行药物重新定位的示例’■首先使用诸如使用2D相似性搜索的TB筛选数据设置的数据。您可以在CDD中进行次结构和Tanimoto相似性,他可以自己做其他更复杂的药效线方法。您可以在公共部门中的数据集之间寻找匹配项,如FDA药物,然后是FDA药物 找到一种像你的命中一样的分子是一个已知的药物 所以一个项目,任何项目都不是药物重新定位,潜在地批准努力可能是!

这是因为在公共空间中(即使大多数数据在私人保险库和协作保险库中),我们已经从CDD中搜索了FDA站点子结构,这些信息他们对用于重新施用/重新定位的药物以及示例的信息比如我们所拥有的复合供应商或学术供应商,例如,来自北卡罗来纳和科罗拉多州的GPCR基因 - 家族宽的SAR数据或脂质数据,因此搜索者可以在您正在努力的常规观点之外思考。而这是唯一的,现在是我们’一直在这样做七年,我们有很多牵引与生态系统的不同部分,我们拥有这个瑞士的位置“如果你愿意”在我们索赔没有知识产权的地方,我们的整个信任是基于我们的事实’重新与他人合作,他们可以开车。我们’LL提供技术。我们的商业模式是CDD为您的私人使用的订阅,然后免费提供公共空间。

因此,仅仅为了分享另外两种案例研究,而且该技术和互补团体一起工作和选择性地分享数据。所以骑着观察的共同陷阱,维拉帕米将逆转癌症治疗的抗性,疟疾研究人员也发现这是真的。我们昨天听到疟疾的疟疾问题之一就是那里 ’s 抗氯喹 ...因此,如果您可以组合那样提供像维拉帕米的复合,您可以逆转开普敦大学的抵抗力和凯利·奇格尔教授发现,仲胺四个原子远离芳环的这种副结构也将逆转阻力。因为他在UCSF和McKErrow教授进行了博士后,他们愿意一起工作,他们愿意一起工作,我们发现了79场与子结构的比赛,联系他们并在人类红血中有测定的彼得史密斯细胞发现将逆转阻力的化合物’重要的是,如果您了解合成,那可以省几个月或季度或数年。但是,来自Chris Lipinski的另一件事与我们的第一个数据集的已知药物及其治疗适应症,我们发现18种已知药物与这个子结构和MS Discovery Chred Excled,并且看到有两种几乎在组合使用时完全反转阻力–超过七倍的阻力。所以可能需要数年或数十年的时间表。如果你是一个具有抗性疟疾形式的孩子,那可能是非常有趣的。所以我分享这一点,因为a)没有技术选择性地共享数据,但b)它也不会发生’t发生没有连接不同的资源,其他人只是谁’t have available.

因此,在今天的现代场景中,这是我早些时候用Astra-Zeneca和Sanofi-Aventis与斯图尔特科尔州的榜样,这是这个项目的PI,而且这个小组正在共同努力一个Vault,使用不同的项目选择分享并共同合作,所以它’在我看到未来的领域的那种地方。

所以在那里切换齿轮一点点’很多信息可以帮助吸毒发现’不是那个专有的 ’甚至已发布,例如Abbott NMR警报和PFizer Lint警报等警报,这些警报挑选出芳香的亚硝池或硫磺化合物,您可能想要了解并最近我们非常自豪,我们共同发布开源模型和描述符相当于昂贵的商业模式,这开辟了Pharms之间的集体协同作用的可能性,以及您可能想要档案化合物的学术界 对疱疹表示 或者对于人类肝脏微观组织稳定性而不分享专有结构,就像你匿名患者一样,你不’对于任何方法来逆转工程师。因此,我们有两种匿名信息的方式。首先是基于结构的模型,所以你不’甚至必须共享结构,您只需共享模型。此海报仅显示统计数据相当于顶级商业描述符和模型。这种数据集特别有趣,因为当Pufizer达到Parke Davis,Pharmacy Upjohn,ET Cetera时,它们至少是我的知识,Adme和Tox数据集的最大集合,因此这些预测与数据一样好或糟糕设置它们是基于的,这些数据集是最强大的,如果不是世界上最强大的话。

因此,获得商业组织的第二部分完全舒适是选择性共享能力,因此这可以与一家公司一起使用,只需与其他公司一起使用,他们可能希望在许可药物重新定位候选人或其他毒品候选人中,但如果你描绘了分子,看起来很有希望’在哪里,您可能希望在药物发现过程中进行下一个测定。

所以只是为了总结,人们思考自己的个人努力,这项技术可以改变游戏和软件实际确实会影响效率,以及我们的效率’已经完成了它,所以人们可以在不必担心通过法律或业务发展周期等待六年或12个月时合作,而不是当某事’发现(通过同时协作),您可以更多地担心这一点– and so that’s where I’d想用它包装。


此博客由CDD Vault社区成员创作。 CDD Vault是一个托管的 药物发现信息学 安全地管理私人和外部生物和化学数据的平台。它提供核心功能,包括 化学注册, 结构活动关系, 化学库存, 和 电子实验室笔记本 capabilities!

CDD保险库:药物发现信息学您的整个项目团队将拥抱!