Kinome SAR为协同药物发现

2013年4月4日

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许多CDD用户熟悉 Chembl.是一种含有来自各种来源的药物化学,生物信息学和生物测定数据的生物活性药物的小分子的巨大数据库(文献,沉积数据集,其他生物测定数据库)。该数据库由欧洲生物信息学院(EBI)维护,基于来自惠康信托的奖励,导致在John Overington领导的EBI中的Chembl CheminoMics组。

在ChemBl中提供的许多有价值的资源是激酶Sarfari子集。如Chembl网站所述,激酶Sarfari是“集成的化学Modomics工作台,其集中在激酶上。该系统包含并链接激酶序列,结构,化合物和筛选数据“。该数据库的一种非常有用的资源,该数据库可提供用于激酶活性化合物的大量SAR数据,以在广泛的测定中针对各种激酶,其中大部分地手动开采并从文献中愈合。

虽然这种数据库和相关界面对激酶生物化学家非常有用,但它不适用于SAR评估,因为激酶药用化学家可能喜欢。要使此数据可用在CDD接口中,我们拍摄了激酶Sarfari的核心表,并将其与来自ChemBL数据库的另一个关键表合并,提供了一个字段,该字段描述了每个记录中使用的测定,比本土萨法利的细节更大细节。我们现在已通过CDD接口进行了可用的数据集。

在此新数据集中,我们创建了400个协议,其中每个协议代表Sarfari数据库中的400个Kinases中的一个。该组织允许用户由分子,子结构,激酶靶或测定结果进行搜索。这允许人们对单一靶点的各种分子的SAR进行研究,或者对多个激酶的一系列化合物的交叉反应性。

除了这种激酶生物活性数据外,Sarfari还可以提供另外两个其他有效数据集。第一个被称为“饥饿额”数据集。这些数据是特定的分子,但不是目标相关的。相反,它们通常在体外或体内PK或TOX数据上进行激酶抑制剂。这些数据已被提取为一个名为的CDD协议 呼叫数据。第二个数据集被称为“饥饿功能”数据。这些数据再次是特异性的分子(不是靶标),并且通常代表各种体内或离体实验的结果。这些数据已被提取到CDD协议中 功能数据.


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