对于3D Vision,CDD金库中的矿山PDB配体结构(第2部分)

2015年9月28日

对于3D Vision,CDD拱顶的矿山PDB配体结构

来自CDD倡导者的访客博客:Dale Cameron博士
第2部分为2

在一个 最近的博客文章,CDD宣布将来自蛋白质数据库(PDB)的最新配体结构添加到CDDVault®中。这种独特和有用的数据的扩展可用性确实是令人兴奋的新闻,但科学界实际上可以与此数据做些什么?

图1示出了现在可以从CDD库中完成的众多示例中的一个。在CDD Vault中轻松执行子结构,精确和相似性搜索。为了调查一个有趣的骨干,只需执行查询以查找PDB中的相关结构,然后单击将所有配体信息带到包括可用的结构复合物的所有配体信息。作为一个例子,让我们看一下吩噻嗪化学类的典型抗精神病药的三氟血管杂志(TFP)。

PDB2
图1:存储在CDD Vault中的配体数据示例,具有来自PDB的相关数据的摘录

您不仅限于搜索结构。对于目标,PDB代码或配体的文本以及用于结构类型的过滤器(X射线,NMR,电子显微镜)和分辨率或存款日期是为方便而策划的许多选项之一。例如,简单地搜索包括“HIV集成零”的结构标题,显示67个独特的配体记录。在这个简单的查询中,一组与HIV集成酶结合的配体可以放入CDD Vault“Collection”并通过您自己的私人CDD保险库与同事共享。

并且,由于所有这些新信息作为公共数据集共享,因此任何搜索感兴趣的CDD Vault(公共或私有),就会与PDB Vault的搜索相结合,现在将提供有关配体的结构信息,而无需您甚至明确知道结构存在。非常酷!

例如,如果您有兴趣识别新的锥虫组抑制剂,则在CDD Vault中的公共数据集查询显示超过300K的化合物,在HTS屏幕中已经过测试 T. Cruzi..1 将这些筛选结果与至少一个晶体结构的PDB化合物进行搜索,揭示了527个独特的感兴趣的化合物(没有偏向于它们各自的目标),所有来自CDD库中的搜索都是“和”搜索。通过在PDB结构标题中搜索使用“锥锥瘤Cruzi”的击中来精炼搜索提供了三种结构引线: 氟康唑. (与甾醇14-α-脱甲基酶(CYP51)复合物), N-乙酰基-2,3-脱氢-2-脱氧 - 神经酸 (与反式唾液酸酶复合物)和 5-氟 - 杂种酸 (与二氢脱氢酶复合物)。图2显示了可用于氟康唑的数据的快照。现在不仅可以找到新抑制剂设计的有趣起点,而且是一种识别已知和有趣的蛋白质目标的方法。将这三种化合物存储为CDD Vault中的集合,允许您使用同事分享您的结果,并在PDB中执行进一步搜索以发现更多结构信息。

PDB3

图2:CDD Vault中发现氟康唑的示例数据:PDB代码,实验方法,原始发布日期和分辨率与PDB条目页面或PDB结构下载的链接相结合。

后续搜索PDB返回与这三个引线相关联的所有结构,以便如何进一步追求该信息的方式。 PDB中还有其他潜在有用的数据,跟进在方便链接之后的CDD Vault中的初始观察。例如,氟康唑也与之结晶 Trypanosome Bruceii,结核分枝杆菌Leishmania Infantum. CYP51。所有这些结构的比较可以揭示常见的设计元素,以开始靶向广泛的人致病生物的新型抑制剂设计。

同样地,作为最终的例子(并且您将根据您的科学兴趣找到自己的实例),N-乙酰基-2,3-脱氢-2-脱氧 - 神经酸已经用许多其他靶标结晶,包括其他锥虫唾液酸酶,病毒和细菌神经氨酶以及人唾液酸酶。 5-氟 - 杂酸也与大肠杆菌和人二氢酶结构域结晶。这种交叉物种信息和与人性结合细节的比较可能在设计特异性和潜在的毒性新化合物中是可能的。

从每个PDB CDD Vault条目,可提供与原始PDB页面的链接以及直接下载链接(用于实际的PDB结构文件)。这提供了直接访问更详细的信息和3D结构文件,两者都是即时可用的。来自PDB,提供更多信息,包括3D观看能力,引用,详细的实验,蛋白质序列等。

PDB5
图3:氟康唑绑定到T.Cruzi(2WX2)和结构的3D视图的PDB页面。  (source1., Source2.)

如我们初始博客公告所述,PDB由 结构生物信息学(RCSB)财团的研究协作 并包含大量有趣的信息,连接到许多其他数据源。通过公开可用的PDB CDD Vault DataSet,我们已经将CDD Vault中的协作数据分析中的固有权力耦合,并在指尖中具有绝对有价值的PDB数据集。一如既往,它是 在CDD公众中可用于社区自由读取...以及隐私,导入,出口,加上高级分析和独特的CDD Vault协作能力。如果您对可以存储CDD Vault的广泛科学兴趣的其他关键数据有建议,请告诉我们。

1. ekins,s .; Lage de siqueira-neto,j ;; McCall,L.-I;萨克,米; yadav,m ;;思考,E. l .;北极航,E.A .;凯拉尔,d。;陈,陈; arkin,m ;; Bunin,B. a .; McKerrow,J. H ;; Talcott,C. Plos Degr。倾斜。解释。 2015,9,E0003878。


本博客由cdd拱顶社区成员撰写.cdd拱顶是一个杂物发作信息学业学平静,可以安静地理位理和室外生物和化学数码。化学注册结构活性关键词,生物活性关键词等。 化学品库存电子实验室笔记本功能!

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