基因泰克和UCSF圖書館選擇--CDD網絡研討會視頻。

2016年6月1日

CDD的5月市政廳網絡研討會探討了如何選擇最佳的化學庫來改善pc蛋蛋彩票平台app發現過程。

在一個傑出的演講者小組的引導下,這個市政廳式的網絡研討會向我們的小組成員和觀衆提出了挑戰,要求他們認真思考哪些內容應該包含在一個最佳的小分子庫中,並考慮哪些是"普遍需要的"篩選分子。

點擊下方查看網絡研討會錄音。

下列人士參加了討論:

  • Michelle Arkin,加州大學舊金山分校pc蛋蛋彩票平台app化學副教授--小分子發現中心生物學主任。
  • 尼克-斯凱爾頓,首席科學家--基因泰克公司。

CDD在此向這些小組成員表示衷心的感謝--我們非常感謝你們在這次非常成功的網絡研討會中做出的貢獻。


在這次網絡研討會上,與會者提出了許多精彩的問題。遺憾的是,時間不允許小組成員回答每一個問題。因此,以下是上述錄音中未涉及的其餘問題和答案。

  • 問:共價抑制劑是下一代pc蛋蛋彩票平台app嗎?你的篩選卡組裏有什麼共價庫,什麼電泳劑?
    • 答:在最近幾種共價修飾劑被批准後,人們對使用共價修飾劑作爲pc蛋蛋彩票平台app的興趣肯定越來越大。基因泰克剛剛開始考慮在我們的庫中加入此類化合物。它們與主庫分開保存,只爲那些對共價修飾策略感興趣的特定項目進行篩選。到目前爲止,我們的重點是反應性相對較低的不可逆彈頭。
  • 問:對Nick:我對Genentech對"In Between"庫的做法很感興趣--這些是通過設計在結構上與其片段或HTS化合物有關嗎?
    • 答:這些化合物最初是作爲滿足某些基於屬性的標準的市售化合物的多樣化選擇,強調最大限度地增加存在的環類型的數量。在許多情況下,這些核心環系統也在我們的片段和類鉛庫中得到了體現。隨着我們已經發展我們的圖書館,一旦一個特定的支架的興趣是確定的,我們已經試圖選擇的例子,可能是適合我們的片段,中間和鉛樣庫。
  • 問:當大家都在一個小組時,圖書館和特區活動的工作與組織之間的合作有什麼不同?
    • 答:基因泰克的許多項目都涉及到與其他組織合作進行命中率和線索優化(你問題中的"SAR"部分)。這就非常強調建立基礎設施,使合作的所有成員都能獲得最新的數據。我們現在已經有了一個相當健全的流程,但確實花了很大力氣來建立。除了提供數據外,積極主動地進行溝通也發揮了很大的作用,以確保團隊中的每個人都能提供投入,並確保工作不會重複。
  • 問:你是否使用發現和發展連續體中後期階段的數據來完善你的圖書館獲取/創建方法?
    • 答:我們肯定會利用在命中和先導優化階段獲得的信息來影響我們添加到文庫中的分子類型(例如,避免使用高分子量、高cLogP化合物,因爲經驗表明它們的溶解度通常很低)。對組合中靶點類型的更普遍的考慮是選擇我們希望納入庫中的分子類型的更大驅動力。
  • 問:基於結構的pc蛋蛋彩票平台app設計在您的pc蛋蛋彩票平台app發現模式中的地位如何?您在您的武器庫中增加了(正在增加)哪些新的基於結構的pc蛋蛋彩票平台app設計能力?
    • 答:我們一直努力使我們的pc蛋蛋彩票平台app發現項目在結構上得以實現,但這種努力並不直接影響我們對篩選庫中化合物的選擇。在基於片段的pc蛋蛋彩票平台app發現領域,結構測定是後續過程的關鍵部分,我們確實會確保這部分庫中的化合物具有高溶解度,以便進行高濃度、浸晶實驗。
  • 問:化工廠商如何做才能引起你對化學圖書館的興趣?
    • 由於化學空間如此廣闊,對爲什麼一組特定的化合物可能在pc蛋蛋彩票平台app發現中引起興趣有一些假設(甚至可能有數據),這對使它們更有吸引力加入我們的圖書館有很大的幫助。

如果您喜歡這次市政廳PPP網絡研討會,請務必查看CDD網站,瞭解我們秋季網絡研討會的信息,該研討會由Evotec的Scott Snyder主持。


Asinex我們感謝本次網絡研討會的發起人,Mark Parisi,來自於 Asinex該機構在其轄區內設有若干公共和私人圖書館。 CDD金庫.


本博客由CDD Vault社區成員撰寫。CDD Vault是一個託管的pc蛋蛋彩票平台app發現信息學平臺,可以安全地管理私人和外部生物和化學數據。它提供的核心功能包括化學註冊結構活性關係、生物活性關係等。 化學品庫存電子實驗室筆記本功能!

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