Mendeley-CDD巴里-布寧訪談錄

2012年8月20日

Barry Bunin CDD CEO談基於網絡的安全藥物發現數據合作

 

CDD的靈感來源是什麼?

答案:我想做一些對科學家個人和整體藥物發現效率有意義的事情。我想做一些對科學家個人和藥物發現的整體效率有意義的事情。 這是一個有很多冗餘和浪費的領域--有些是必要的,但我看到了一種技術和邏輯的方法來避免大部分的浪費。 另外,我想做鼓勵合作的工作,合作是槓桿的同義詞,而槓桿是效率的同義詞。 我們認爲協作是扭轉藥物發現業務的宏觀經濟挑戰的關鍵。 我們希望創建一個平臺,其價值是通過更多的軟件、數據和協作來累積的。 最後,我希望這個平臺同樣適用於被忽視疾病,以及商業、合作藥物發現。

有了CDD,我們就有機會廣泛改變研究的方式。 這令人鼓舞,也令人感興趣。

如何融入科研協作工具的生態系統?Mendeley可以幫助人們分享研究的集合,還有Figshare的數字,Labguru的實驗室管理等。

答覆:CDD側重於生物和化學數據。 CDD側重於生物和化學數據。 我們與競爭對手的區別在於:(1)CDD是一個更容易歸檔和挖掘數據的系統,通常在Excel®(或.csv或.sdf)文件中找到;(2)CDD具有獨特的協作數據分區/共享功能。

在協作方面,它是安全的,但可以在常規科學家的工作流程中使用,用於共享從生物實驗中產生的一系列數據,小到一個對象(如分子或抗體)的單個實驗測量,大到高通量實驗的批量共享結果。

作爲基於網絡的,對於異質生物實驗,人們可以將大多數數據上傳到高度可配置的協議讀出中......包括主動超鏈接讀出,在私人或公共Vaults中。 CDD有一個與Pubmed集成的參考文獻模塊,我們有一個ChemSpider的鏡像,它可以鏈接到互聯網上超過30M的分子,包括Pubchem(都在CDD的安全環境中),我們有其他數據庫與CDD的鏈接,比如John Irwin的鋅數據庫。 你可以把CDD看成是Sharepoint、Box.net、Dropbox的內嵌版,只不過它不是一個簡單的文件共享系統,而是一個數據庫。 CDD可以將文件附加到對象、協議、協議的運行,或者是一個安全的留言板上,但如果完全採用CDD進行研發,它的價值會更大。 對於協作數據庫中的數據,我們經常用來解釋這個概念的一個比喻是,這有點像人們如何在Flickr中輕鬆地標記照片,除了說"可爱的小猫",人們爲每一組數據指定了一個項目(私人的、協作的或公共的),以有選擇地和安全地共享數據。 CDD有一個基於REST的架構,可以很容易地從應用程序中上傳或導出數據(.csv文件,.sdfile,Excel),並且與平臺無關(IE,FF,Safari,甚至是Chrome),所以我們可以通過一個獨特的網址安全地超鏈接到你提到的任何一個例子。 CDD的有趣之處在於,我們有多層次的安全保障(這已經通過了大藥廠和政府對私人數據的審覈),然而它確實有一塊觸及到了互聯網上所有令人興奮的協同創新。

研究人員如何使用Vaults?

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本博客由CDD Vault社區成員撰寫。CDD Vault是一個託管的藥物發現信息學平臺,可以安全地管理私人和外部生物和化學數據。它提供的核心功能包括化學註冊結構活性關係、生物活性關係等。 化學品庫存電子實驗室筆記本功能!

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