Ontolobridge - 一种个连接科学词汇表用作和开发诗的新闻平台。

现在通过BioPortal Intology存储库提供

NCBI Bioportal(Link,需要登录)的Ontolobridge屏幕截图。
BIoPortal的Ontolobridge屏幕截图

Ontolobridge现在可以使用 生物波动!!该项目由斯坦福大学,迈阿密大学之间的合作U01授予资助,旨在弥合受控科学词汇和潜在本体创造者的普通用户之间的差距。

本体是对科学术语的描述及其与人类可读和正式(逻辑)定义的关系。因此,本体担任智能叙词,定义和相互关联科学术语。在大数据时代,正式的词汇表比以往任何时候都更重要,以便能够找到,访问,集成和重用数据集和其他数字研究对象,以便制作数据公平(可找到的,可访问,可互操作,可重复使用)。

OntoloBridge是一种新技术,可为本体开发人员提供更方便和半自动化过程,以在接受社区建议的同时更新和扩展其在策划的新条件的本体。

鼓励和处理社区投入是广泛采用本体的关键特征。科学家不得不在选择不太有利或不合适的词汇表之间或避免将数据的语义注释一起选择。 Ontolobridge允许研究人员直接与本体所有者联系,以请求将其直接工作流程和大型工作流程和科学界有益的新术语。

初始用户反应是深刻的积极态度。通过使用协作药物发现的生物测定注释工具,生物测定表达产生的反馈(www.bioassayexpress.com.),与Ontolobridge集成相结合,通过简化生物测定的语义注释来提高生产率。用户可以在飞行中提出本体论,在策展程序和本体专家之间启动反馈系统。

Ontolobridge目前用于生物测定本体(BaO),药物目标本体(DTO),蛋白质本体(PR),细胞系本体(CLO)和冠状病毒传染病本体(CIDO)。我们的团队正在进入扩大平台的范围到额外的本体。如果您希望您的本体与Ontolobridge合作,请联系 [电子邮件 protected]。 (如果您希望添加到Bioportal的本体,请联系 [电子邮件 protected])

关于这一补助金

U01 Grant支持NIH和授予机构之间的协同实质性计划。如Nihreporter所述的国家医学库奖励号码U01LM012630支持这个项目。内容完全是作者的责任,并不一定代表国家推进翻译科学中心或国家卫生研究院的官方意见。更多信息: //projectreporter.nih.gov/project_info_description.cfm?aid=9747967&icde=50608877.

 

关于CDD.

CDD(//www.selacapo.net/)旗舰产品CDDVault®,是您的化学注册,测定数据管理和SAR分析的现代Web应用程序。 CDDVault®是一个托管数据库解决方案,可靠管理和分享生物和化学数据。它让您直观地组织化学结构和生物学研究数据,并通过易于使用的Web界面与内部或外部合作伙伴合作。 CDDVault®最近不断地增长其技术,包括Eln,Model和API功能。可以在我们的资源页面上在线找到58个CDD出版物/专利的完整列表: //www.selacapo.net/pages/resources.

有关更多信息,请联系:

合作药物发现,(650)204-3084, [电子邮件 protected].

 

关于迈阿密大学Schürer实验室

The Schürer lab operates at the Department of Pharmacology in the Miller School of Medicine (http://pharmacology.med.miami.edu/) and the Institute for Data Science and Computing (iDSC) (//ccs.miami.edu/focus-area/drug-discovery/)在迈阿密大学。 Schürer组的主要研究主题是系统药物发现。我们整合和模拟小分子蛋白质相互作用,系统生物学“常规,”和化学数据,以改善疾病模型的翻译成新的功能小分子。使用分布式和并行化的大数据分析,生物和化疗化学工具,我们建立了复杂的模型管道,以了解和预测药物机制,并在癌症和其他疾病应用中特别关注激酶和表观遗传溴瘤读数蛋白的特定重点。在几个重点和更大的项目中,我们开发正式的本体(例如生物测定本体,药物目标本体),数据标准和最终用户多层软件应用程序。我们有几种从癌症到神经系统疾病的药物发现合作。

为了物理制作和测试最有前途的小分子,我们正在开发计算优化的合成路线,我们使用并行合成技术进​​行小型复合库。计算和化学方法的组合加速了临床优化和临床化合物的发育。

本集团参加三届全国联盟,综合网络蜂窝签名图书馆(LINCS)项目(http://bd2k-lincs.org/),知识(BD2K)程序的大数据(//datascience.nih.gov/bd2k)和照明可药剂基因组(IDG)项目(//druggablegenome.net/)。最近我们也是最近成立的NIH数据公共的一部分。

Schürer出版物: //goo.gl/TsNof9

联系方式:StephanSchürer,博士,迈阿密大学,+ 1-305-243-6552, [电子邮件 protected]

 

关于斯坦福大学的生物医学信息学研究中心

斯坦福生物医学信息学研究中心(BMIR; http://bmir.stanford.edu/)研究高级计算方法的开发和评估,以增强生物医学。 BMIR是展开数据注释和检索(CEDAR)的中心的所在地,提供模块化,休息可访问的软件,以加速科学元数据的规范,集合和出版,同时提高所得元数据的质量,数量和互操作性描述。从本体创建(Protégé),对本体和词汇传播(Bioportal),对语义元数据管理(Cedar Workbench),BMIR提供了数百万研究人员使用的转型开源产品和服务。

提供对所有项目出版物的参考 //metrics.stanford.edu/people/mark-musen.

媒体联系人:Mark Musen,MD,斯坦福大学博士,+ 1-650-725-3384, [电子邮件 protected]