清潔發展機制金庫更新:計算和模型。

CDD Vault更新標誌
2014年5月10日

我們介紹了CDD Vision,一個新的分析和可視化產品,在CDD Vault中建立預測模型,以及六個小的增強功能。我們很高興看到您能在這個版本中使用這些工具實現什麼。

協議中的計算----CDD願景的一部分。

這是CDD Vision的介紹性版本,它是CDD Vault的可選擴展。當CDD Vision在您的金庫中啓用時,您可以對協議讀數、化學屬性和數字常數進行自定義計算。以後的版本將帶來一個動態可視化套件,用於決策支持。要立即開始使用CDD Vision,請聯繫[email protected]以獲得早期採用者計劃。

計算被定義爲協議中一種新的讀出定義。

添加_計算的讀出定義

該版本允許您在計算中使用單一協議中的化學屬性和讀出物。即將發佈的版本將允許您在一次計算中結合來自不同檢測的讀出定義。

例子_公式

交互式公式生成器使您可以輕鬆定義您的計算結果,對於Excel用戶來說,它應該感到很熟悉。最棒的是,一旦創建,當新的數據被導入到協議中,或者由於結構被編輯而導致化學屬性改變時,計算結果會自動更新。閱讀計算教程

模型建造者--CDD願景的一部分

這也是CDD Models的入門版本,它包含在您的CDD Vision訂閱中。請聯繫[email protected]瞭解如何開始使用它。

創建模型只需要您選擇作爲訓練集的檢測方法並選擇活性化合物。使用您結構的FCFP6指紋建立貝葉斯統計模型,然後用於對您尚未篩選的化合物進行排名。

該模型被存儲爲一種協議類型,並提供ROC圖,以便您可以衡量其有效性。

大鵬

創建模型時,該模型將自動對您選擇的項目中的所有化合物進行評分。隨後您可以將其與其他項目共享,爲其他分子打分。每個分子都會收到一個相對得分、適用性度量和最大相似度數。

型號_讀出_定義

值得指出的是,最大相似度值與貝葉斯模型無關,併爲您提供了一種同時使用所有活性化合物進行相似度搜索的方法。

模型功能在很大程度上還處於測試階段,並將在未來一年內顯著發展。我們很樂意聽到您希望能夠用模型來做什麼,以幫助指導這一演變。閱讀CDD模型教程

其他顯著的變化

輸出版圖

當您準備挑揀或稀釋板時,您可以直接從"板"選項卡輕鬆下載母體化合物板圖。只需搜索板名,然後點擊導出板圖。導出的文件包含板和孔位置,以及分子和批次分配。

導出版圖

多個文件附件

對於信息、分子、板塊、運行、參考文獻和協議,可以通過使用計算機的文件管理器應用程序(windows下爲資源管理器,Mac上爲Finder)選擇多個文件,一步到位地上傳多個文件。所有附件的圖片在上傳後也會以預覽的形式呈現。

方便打印的地塊

劑量反應圖可以通過在導出到Excel時選擇"單色"選項打印爲單色(灰度)圖像。

Export_plot1

出口_plot2

更新劑量反應計算

交叉點以上的活動點不再需要用於劑量-反應計算。例如,當無反應超過50%時,仍可報告IC50。

更新的API GET調用

除了其他分子屬性和結構格式外,GET Molecule現在還能返回IUPAC和InChI結構。

pKa型

CDD報告最強的酸性或鹼性pKa值。我們增加了一個字段來表示計算出的pKa值是酸性中心還是鹼性中心。

Pka